I had a dream this morning

In the dream, I was in a hospital.

I asked a nurse for a bed because I believed that I would be sick very soon.

"When will you be sick? Are you in pain now?" She asked.

"I am fine now, but I will have abdominal pain in about two hours", I replied.

"Come back when you are in pain." She refused my request.

So, I grabbed a book from a table and sat down in the room, waiting for my pain to come.

Then,

I woke up. It was 7 am.

I ate my breakfast and everything seemed fine. I went to school and started the day by reading slides about Presentation programming.

Then, I felt pain around 10 am.

My body does tell. I should listen more carefully.

一月第三周总结

这周的周一是MLK日。这天天气不太好，我也起的晚。一开始我的心情并不是很好，因为我没能早期，并且在醒来之后赖床一个小时。这样就错过了早上计划好的锻炼。但是经过自己的努力，我在晚上的时候，找时间去了健身房，完成了自己的锻炼计划。这一天我还去帮Doree溜了狗并且去系里工作了3个小时。这3个小时的工作我非常的投入。虽然3个小时并没有使我完成所有的任务，但是专心工作所带了的投入感，让人心安。

一切从周二开始变得更加美好。 青在上午5点45的时候起床，也叫起了我。我去跑步，她去Ramsey Center 去做Cyclying 。 之后，我完成了我所计划的所有事情：和David 一起做ICA 分析，查看对平滑降噪过的数据和未经平滑降噪的数据做ICA 会有怎样的不同的结果。这个事情持续了一周，大概每天都会跟David见面做一下这个事情。周五的时候有了初步的结果，然后汇报给导师。跟导师一起看这些结果，让我对这些结果有了更深的了解。另外，Lingxi总是能问一些问题，让我们也跟着学新东西。

周二是我和Freya的Pizza night，我们到Your Pie 买了两个Pizza ， 一人一个。我要了辣椒酱底和双份鸡肉。觉得量变小了。以后我们可能不再去吃了。

周三是会议日啊。有Presentation学习会，有fMRI学习会和实验室例会。这个星期的实验室例会因为两个倒是都有事情，所以取消了。我们实验室的第一次例会，得等到下个星期了。不过，另外两个会都挺有成效的。Presentation 学习会，我们商量了一下大概怎么利用三到四周的时间完成Presentation 的介绍，并且让每个人都能掌握一些基本的阅读代码的能力，从而能够自学。我花了点儿时间给大伙准备了点儿作业。下一周，我会讲一下我是如何编写这些代码的。

fMRI学习会，主要是教会Nic和David使用新的 ANFI preprocessing Pipeline 和相关代码处理 fMRI 数据。Nic 观摩了Cindy如何使用 Pipeline，并且打印了代码去阅读。

周四，没有会议，是完成自己工作的时间。我完成了BPD数据的绘图，并且跟Jennifer讨论了一下。她建议我把从ROI导出的最大与最小值也绘图出来，然后再把所有的ROI 按照左右脑分开，再看看结果。这部分工作我还没有做，我看看今天是不是能做一部分。然后剩下的在下一周的前一两天完成。这一天，我还给OIE， Health Center和Career center大了电话，预约了OPT workshop，取药和与职业咨询师面谈。 这一天过的很充实，但是到晚上的时候很困。

周五，有时好几个会议。先是stats meeting，制定了几个星期的计划。我下星期要报告一下我的BPD数据，征求一下统计系教授们的意见，看看还能怎样分析这个数据。Jenae 跟我说，上次她给我的数据把坐标搞错了，因此得再重新画一次图。她会给我正确的数据。我答应要周日给她结果的。今天已经是周日了，记得要完成这项工作。

然后就是上面说的，跟导师还有Cindy, David, Nic and Lingxi一起看ICA数据。 Kara的孩子 Corner 病了，因此没有与我们碰面。

这一天我有点儿Mentally fatigue，或者说心理疲劳。表现就是不想工作，不能集中精神。于是我下午干脆就放纵自己看GR一个小时。不过这样一来，本来这周应该完成的工作，就得放到下周了。青说这是因为我没有喝咖啡的原因。如果真的是这样的话，那也算是有解的，哈。

周六，是长跑日，我花了两个小时零九分钟，跑了15.6英里。比计划的慢了一点点。希望下周的时候能快一些。跑完步之后，我做了一个小时的瑜伽。这个课程叫做 阴瑜伽，非常的放松，也对我的肌肉有一些拉伸。然后就是吃和休息。青买了28磅的无花果，作为我的Power Food。无花果单位质量的热量高，100克里面有300大卡。5个无花果就有100克，一把而已。无花果还有好多纤维素。总之，是一种天然的高能量的健康跑步食物。

这一周，我跑步三次，去健身房三次。总共跑步30英里，用时总共4个小时。在健身房把全身的肌肉都锻炼到了，除了腹肌。下一周我要记住在每次健身房锻炼之后，加上腹肌。

这一周，我除了周一和周日之外，起床时间都在6点钟之前。晚上睡觉也基本达到了9点30左右上床。一切都按照计划，越来越好。

上周跟Dr. Woods 通信两次。还没得到进一步发的消息。

下一周，我要开始写论文。准备周五Stats meeting的PPT。准备Presentation meeting。BPD 数据处理完成。开始修改UG07 的文章。

以上。

一月第二周 总结

一月的第二周，其实是新学期的第一周。
作为新学期的第一周，可谓天公不作美，开头不顺。
从周末晚上开始，一场大雪飘下，把整个佐治亚州都洒满了银装。
佐治亚这个美国南方的州，可是对下雪没什么准备的。别说是厚达将近六七英寸的雪了，就是一英寸的雪下来，各个学校也要听课。果然的，下雪加上雪后的继续低温，让积雪到现在也没有融尽。这也给学校的新学期的投三天带来了停课，之后的周四周五也是早上10点才上班。这对学生们来说是个好消息——谁不愿意多放假呢？

但是，雪没有挡住我跑步。
这个星期我跑步四次，两次 easy run， 一次Speed work， 还有一次long run. 加载一起，本周我一共跑了27.5英里。
因为下雪的原因，健身房没有开，我取消了力量练习的计划，代之以跑步或者休息。周五的时候我参加了一次BodyPump，作为唤醒身体肌肉的联系。从下一周开始，我就要开始跑步与肌肉训练交替进行了。

这个星期，我完成了既定的一些数据处理，并且发给了导师看。
我和David meeting 了一次，指导他进行数据处理。
我给Dr. Woods 发了信，并且计划下一周再发一次。希望能尽快的得到Onsite-interview。
本周我读了一篇paper （太少了），收集了三篇和BPD相关的paper。
本周，学会了根据已有的Brain atlas 信息制作ROI mask。

这一周在我家和好友聚会了两次，一次是我发起的，一次是青青发起的。我发起的那次是周一，从想到这个idea，到招集朋友们来家，也就两个小时。上学吃火锅，过得真快活。青发起的这次是周五时计划好，周六的。周六大家锻炼后，好好的犒劳一下自己。两次都很成功，也很高兴。

本周去了一次Korger和Trader Joe's买吃的。

我还跟玉新继续保持通信，另外有给一个大学同学冷奇和大学时认识的朋友杜哥写了信。


End notes：
本周计划做但没有做的事情是：学习Python.

下周最重要的事情是，BPD 数据处理和相关文献的阅读，整理和收集。

Generate anatomical ROI mask based on available atlas in AFNI

Here, I want to share a c-shell script I wrote last Friday (20110/11/14) . The script creates a mask which mask out all the brain regions except amygdala (amyg.), auditory cortex and Brodmann area 10. The three brain areas are the regions of interest (ROIs) of my study. The ROIs are based on the probabilistic cytoarchitectonic map called CA_N27_MPM (See Eickhoff et. al., 2006 [PDF]). This map comes with a widely used software package for Analysis of Functional NeuroImage, AFNI. And the commands used in the script are also from AFNI. The script was written to call tcsh. So, AFNI and tcshell are required. It can also work under other Linux and Unix shells if you do not have tcsh installed. Just change the first line of the script to call the shell you like. You can download the script here or copy the code below to any text editor and save as a ".sh" file. Use chmod to make it executable before you run it.

#!/bin/tcsh

#-xef

# I learned how to do this from http://afni.nimh.nih.gov/afni/community/board/re
ad.php?f=1&i=34988&t=34988#reply_34988
# Also see: http://afni.nimh.nih.gov/pub/dist/doc/program_help/whereami.html
# Qingyang Li
# 2011 01 14
#
#
# This script create 3 ROIs, Amygdala, Auditory cortex and Brodmann Area 10 (fro
ntal cortex). The there ROIs were labled as 1, 2, 3 in the resulted mask
# For BPD study, amyg. is the area of interest, Auditory is the control, BA10 mi
ght be related.
# The selection of atlas was following the sugestion by Poldrack, 2007(DOI:10.10
93/scan/nsm006)
#
echo ""
echo "22003_bpd2_stats_warped+tlrc must be availabe in the current directory with
the script, or it won't finish"
echo
echo

echo "#### Step 1: create anatomical based ROI###"
whereami -mask_atlas_region CA_N27_MPM:120 -prefix 1 #amyg. CM
whereami -mask_atlas_region CA_N27_MPM:150 -prefix 2 #amyg. SF
whereami -mask_atlas_region CA_N27_MPM:215 -prefix 3 #amyg. LB
whereami -mask_atlas_region CA_N27_MPM:130 -prefix 4 #TE 1.0 Auditory
whereami -mask_atlas_region CA_N27_MPM:195 -prefix 5 #TE 1.1 Auditory
whereami -mask_atlas_region CA_N27_MPM:230 -prefix 6 #TE 1.2 Auditory
whereami -mask_atlas_region TT_Daemon:90 -prefix 7 #BA 10

echo "### Step 2: combine ROIs into on file"
3dcalc -a 1+tlrc -b 2+tlrc -c 3+tlrc -d 4+tlrc -e 5+tlrc -f 6+tlrc -g 7+tlrc -expr 'step(a+b+c)+2*step(d+e+f)+3*step(g)' -prefix roi_mask_HR

echo "### Step 3: resample the high resolution ROI mask"
3dfractionize -template 22003_bpd2_stats_warped+tlrc -input roi_mask_HR+tlrc -clip 0.5 -preserve -prefix roi_mask_LR # here we need a functional dataset as template (22003_bpd2_stats_warped+tlrc)

Some endnotes:

1 The BA10 is from TT_Daemon, that’s because I can not find BA 10 or prefrontal cortex in the CA_N27_MPM atlas.

2 Region of interest (ROI) analysis of functional MRI data is very common these days. The key step to carry out an ROI analysis is to generate an ROI mask. The mask is then applied to the fMRI data, raw or processed, to out put only the information from the voxels within the ROIs. Data in the voxels outside the ROIs will be masked out of the analysis. This is a great way to reduce the dimensionality of the fMRI data.

Generally speaking, there are two ways to generate ROIs. 1) The ROI is based on the functional activation map. It’s a bottom-up, data-driven approach. 2) The ROI is based on the anatomical structures. This approach need some a prior knowledge of the study. For example, if you are doing an auditory perception experiment and you are interest in brain activity in the auditory cortex, you can then create a mask to mask out unrelated brain regions and leave only auditory cortex’s data (yes, if you’re doing a real scientific experiment, you will also need another region as the control ).

To create an anatomical ROI, you can a) draw ROIs on your subject's high resolution brain image; b) output ROIs based on existing atlas. Method a) needs training: it’s not easy to eyeball brain structure if you are not trained. I myself is lack of this kind of training. The script I created is method b).

3 if you want to know how many voxels there are in each ROI, you can use 3dmaskavd command.

3dmaskave -mask roi_mask_LR+tlrc -mrange 3 3 roi_mask_LR+tlrc

The command above will tells you how many voxels are in the ROI with a value 3 in it. (change -marange 3 3 to -marange 2 2 if you want the info of the ROI with a value 2 in it)

updated on 20110117: changed the last command, add options for 3dfractionize
updated on 20110118: added end note 3

小孩小孩你别馋，过了腊八就过年

 

现在，国内应该已经有过年的气氛了吧。

身在海外，住的地方也不是华人聚居区，因此每年春节的气氛，几乎没有。没有气氛，那就制造气氛吧。

明天是腊八。我的记忆中，腊八就是过年的开始。

当我还是小孩子的时候，每到腊八，妈妈就会让我和妹妹一起帮忙剥蒜。剥蒜的事情我经常干，只是今天不同，除了需要剥很多之外，还要格外小心不能把蒜弄破了，弄伤了。还要把那些本身就有伤的挑出去。妈妈说，做腊八醋的蒜必须要白净，是不能有伤的。

蒜剥好了，白白胖胖的一大堆。妈妈找一个玻璃瓶子，通常是装糖水罐头的那一种广口瓶，把这些蒜都装进去。蒜们挤在一起，好不热闹。然后妈妈就开始往里面到醋。我看着那褐色的液体慢慢上升，试图把所有的蒜们都隐藏在自己的帷幕之内。不过还是有蒜露出小脸儿来，透过玻璃瓶子望着我。妈妈把瓶口密封，拧紧，放到窗台上，说：“这些蒜会变绿，等到他们全都绿透了的时候啊，就过年啦！”

接下来的日子，我和妹妹就会时不时的跑到窗台望一眼，蒜果然在变绿，更绿，完全绿…… 嗯，等等，我并没有注意到蒜们是什么时候完全绿的。接近过年时太多好玩的东西，我的注意力都被吸引走了。我猜蒜们是在我跟小伙伴们一起放鞭炮的时候变绿的吧，一定是……

再次见到蒜们，是大年夜。年纪小，守岁守的哈欠连天，连饺子出锅时震天的鞭炮也没能提起我的兴趣。饺子上桌，腊八醋也在小碟子中被端上来了。碟子中还有绿色的蒜。啊，腊八蒜！我几乎就要伸手去抓了，却被长辈的眼神制止。是哈，年夜饭的饭桌上，还是不要造次了。 夹了一颗，尝了一口，辣，还蒜，口水一下就流出来了。再看看剩下的那一半蒜，真的，连里面也是绿的，而且，是碧绿。真是，又好吃又好看。

年夜饭的饺子，是旧岁的最后一餐，也是新年的第一顿饭。这顿饭，年年是素饺子，腊八醋。腊八醋不仅仅是佐料，它就是年的一部分。

这个周末，我和青青到了超市买了醋和蒜。昨天虽然不是腊八，但我们已经等不及，做好了一瓶。青青问我，这个放在那里呢？我说，窗台。

我从青青手中接过腊八醋，放到窗台上时，忽然想起了妈妈说给我的那句童谣：小孩小孩你别馋，过了腊八就过年… …