2012-11-10

觉醒 之五




【原文】
You do not become good by trying to be good, but by finding the goodness that is already within you, and allowing that goodness to emerge. But it can only emerge if something fundamental changes in your state of consciousness.

In Zen they say: "Don't seek the truth. Just cease to cherish opinions." What does that mean? Let go of identification with your mind. Who you are beyond the mind then emerges by itself.

【译文】
努力变好不是你成为优秀的原因,你要做的就是发现已经存在于自身的好,并且让这好的种子发芽开花。但是,发芽开花并不容易,你的意识状态要有根本的变化才行。
禅语有云:“不用求真,唯须息见”。这是什么意思呢?就是说要放弃你思维中的自我认同,超越思维的真我才会显现。

【心得】
用力过度的想在这个世界上得到确认,这是人们都在做的事情。人们靠着各种外界的认同来确认自认的存在。但是真我的存在其实是与外界事物无关的,与认同无关的。抛弃需要获得认同的想法,才是认识自己的重要的一步。

2012-11-05

[习惯养成]2012第43周记:飓风Sandy

10月底11月初的这一周,正是飓风 Sandy 降临的日子。网上有人把Sandy音译成三弟,这个三弟可真是,给纽约带来了不小的麻烦。

关于Sandy的警报,早在这周之前就出了。纽约市被标记成了ABCD四种区域,A区是要疏散的。而我住的罗斯福岛属于B区域,如果事态过于恶劣,也可能会是实行疏散的地区。但是最终我们也没有疏散。

28日的时候风就已经起来了,但是我还是跑到了Elmhurst,主要目的是买一个保温水壶。有了这水壶,冬天出行的话,就有热水可以喝了。买了水壶之后还在老北方喝了粥才回家。回家路上听说地铁晚上7点就会停运,于是觉得事态可能会严重,于是就跑去Whole Foods去采购。结果那里人太多,于是自己就没有了买东西的兴致,而且估计家里的吃的至少可以坚持三天,于是我就回去了。
现在想来,这次这样掉以轻心还来自于去年飓风Irene来是的经验:那次也是警告了半天,结果睡了一觉就风平浪静了。 有了这样的“宝贵经验”,我也就放心的空着手从商店回家了。不过回家前特意跑了一次办公室,把电脑取了回家,想着万一风后不能去办公室的话,还可以在家里工作。

周一,没有出门,公司的邮件也说了不要去上班,不但周一不去,周二也不去。在家里听着风声,处理了一些邮件,然后就开始让电脑跑Matlab程序。窗外的风很大,与树叶的互动就像是王小波描写过的那样,大意“风跟树抢夺叶子”,而那叶子则像“旋风卷起的纸钱灰”,好像要把人撞开似的。晚上的时候停了电。我出门看了看,我们这幢大楼好像只有我们这边停了电,另外半边则好好的。
停电了,我也没有手电筒。拉窗帘的时候看到east river的水暴涨啊,都快要上岸了。我看了一会儿觉得再看下去自己会承受不了,于是乎放下窗帘睡觉去了。

周二,在停电中醒来。拉起窗帘望了望East river,水位下去好多。于是放心多了。之后起床吃饭,发现虽然煤气是有的,但是煤气炉是电打火,没电便生不起火来。我不想吃凉的饭食,于是就找自己的打火机,结果翻箱倒柜也没有找到,只得到楼下碰运气。风还没有退去,但却没有了雨。楼下有一家好像是日本还是韩国人开的杂货铺子,居然开着门,我常去的那家小卖铺,门却没有开。在杂货铺子买了一个打火机,就回来做了饭吃。
没有心思工作。电脑早就没电了,跑的Matlab程序也没有跑完。手机还有电,也有信号。于是就在手机上看各种消息。看了一会儿,决定去岛上四处转转。看到了几棵断树在路边,河床上有不知从哪里飘来的大块枕木。风很大,吹透了我的衣裳。我决定回家。回家的时候是顺风,我被巨大的力量推着得小跑。而对面走过来的人就没有这么幸运了,他们行动艰难,个个都锁着脖子,攥着领口,得前倾着身子才能前进。回家的时候看到我们楼在从地下室往外抽水,也许这是停电的原因?
我回到家之后看到地上有一张通知条说电力回复可能需要几天的时间,我了个去,这还了得,我这手机马上就要没电,跟外界断绝了。虽然我一共有五块电视,但是手机是个吃电的老虎,两天就能把电吃没了。仔细再一看纸条,说楼下的老年人活动中心有电,大家可以去充电。我二话没说,背着自己的充电器,电脑,手机就下楼去了。我去的时候人还不多,我找了一台可以上网的电脑,查看消息。然后把我的电脑和手机都冲上电了。天黑的时候,我跑出去买了蜡烛。买蜡烛的时候正好碰到梦非和盛夏也在,于是就让她们把蜡烛先拿回家,我继续去老年人活动中心,充电。王禺和罗桑也去了。他们俩好像有一腿,不过与我无干。这天罗斯福到的Tram通了,他们去曼哈顿吃饭了。我由此以为曼哈顿平安无事呢,也受到了公司的邮件,让大家能去上班的去上班。
我大概7点半回家,点着蜡烛做好了饭,正要吃的时候,来电了,好高兴。

周三,在后第一天去工作。到了Tram的时候,发现自己没有带钱包,正在沮丧,却发现今天的Tram免费乘坐,省了我往回跑的时间了。今天Cameron不能来上班,Mike说Cameron住的地方受灾严重,不能出行。跟Mike meet 了一下,说了工作安排。然后却发现所有的工作都无法进行,因为我们的电脑服务器都因为停电的原因都下线了。我这才知道曼哈顿从40接往下都还没有回复,唐人街情况更糟糕。不过这对我来说很好,正好趁着这个时候好好的整理一下工作上的待办事项,和Chao-gan讨论了NKI-TRT paper。下午又和Adriana讨论,同样是做计划。今天Sharad和Ranjit还有Zhen都来了办公室,不过交通很糟糕。zhen用了6个小时才到办公室:坐公车堵车很严重。她不得不中途下车走了2个小时到的。Sharad打车堵在了桥上,最终不得不走路来。Ranjit则是一直走路来的。
这天去了Gym,在跑步机上慢跑30分钟,然后10分钟的椭圆机。

周四周五,曼哈顿仍旧没有恢复正常。周四的时候做了一些在我的本地电脑做的工作。Cameron来上班了。中午和Sharad去了印度自助餐的一个地方吃饭。晚上去买了米。周五给家里打了电话,购买了吸尘器的filter。然后就是写paper的方法部分。

周六去了法拉盛,在法拉盛图书馆办理了图书证,借了王小波的《黑铁时代》。然后买了DHA给表妹寄出去。这可是拖了太久才办的事情啊。终于动手了,心里很高兴。饭是在盛津吃的。晚上回来的时候意识到自己需要预约签证了。先把自己的DS-160给填上了。

以上。

2012-09-23

[习惯养成]2012第39周记:Long time no see


很久没有写东西了。可以归因于太忙。也可以归因于自己的效率问题。无论如何,这周开始有重新开始写一下自己一周都做了些什么。慢慢坚持吧。

这一周是一段假期之后的工作重新启动。有很多东西需要跟上。大家都陆续回来了。Sebastian也完成了他的考试从德国回来了。Zarrar来CMI要在这里工作三个月。做EEG 的Cory也会时不时的来CMI。周中的时候一个朋友来访,一起去里法拉盛吃饭。早睡早起进行的比较困难。晚上很难睡着。我看是时候好好锻炼以劳筋骨的时候了。这样就能早睡了吧。

工作

一. 本周总结
这个星期工作的时间不算多,但是周末自觉加班了。完成了一下这些事情:

  1. 学习一些git的基本命令,把自己的一些code 备份到了github上面。
  2. 和Mike,Cameron and Chao-gan 讨论了一下该如何重新分析数据。初步方案是要去除开头10秒的数据并且加入slice timing。然后用CPAC进行预处理。之后的工作用自己的code来进行。(需要形成一个计划文本。现在发现自己忘得差不多了。)
  3. 研究了一下slice timing correction,做了一个笔记在这里
  4. 敦促Dan开了一个CPAC的论坛。以后用作CPAC的技术支持的地方。
  5. 开始用新版CPAC处理ABIDE数据。
  6. 在Gelert上重新安装了CPAC。目前CPAC处于自己的 home。更新了Rocky和Gelert上的flirt。目前只是我一个人再用我的更新。其他人如果需要用的话,必须修改其bashrc.在适当的时候会发信部署。
  7. Dan一起跟在马普的Boris Sofie 通过Skype聊了一下CPAC的安装和使用。


二. 下周计划

  1. 继续处理ABIDE数据
  2. 帮助Zarrar处理fcon_1000数据。 no slice timing.
  3. 处理NKI_TRT 数据.
  4. EEG system Training.
  5. 在周二前在IPN上部署CPAC.


三. 结果预期:
周末时应该完成

  1. ABIDE 数据的分析,包括group analysis
  2. Fcon 1000的数据处理。这个要让Zarrar来完成。
  3. 完成NKI TRT的分析计划,保存笔记。
  4. NKI-TRT预处理和之后的down-sampling并且计算derivatives和ICC的code也要完成。
  5. EEG training 要写一些心得。
  6. Figure out CPAC在cluster的全局部署改如何做。
  7. 在IPN上部署CPAC。应该需要用户设置一下其bashrc。



个人事务


一. 人际关系
曾经在UGA 我所在的实验室交流过的德国女孩Friderika 给我写信,要我接待她的一个朋友,郭超慧,19到20日到纽约。20日晚上跟郭超慧会面,聊天吃饭。她曾在北大跟周小林做过实习和毕业设计,应该是07年。所以八卦了一下北大的同学和老师。也有聊到Friederike。她们两个都快毕业了。跟超慧聊谈让我想起了不少在北大时候的事情。之后我给我的导师韩老师发了email,更新了一下我的近况。

二. 娱乐
看了几集Game of throne的第一季
看了电影:《real steel》,《moon rise kingdom》,《光棍儿》和《痞子英雄》。前三个都非常好。
三. 个人提升
开始用永锡介绍的方法,使用Evernote记录晨间日记.

需要做的事情


  1. 回国准备:开列回国所需的物品清单和todo
  2. 开Gym卡,开始锻炼增重。
  3. 保证下班时间。
  4. 早睡早起。
  5. 寻找合适的礼服。

初稿: 2012.09.23 13:16 pm








2012-06-23

2012第25周记:被Josh的总结所启发


似乎周记要详尽一点,才有用处。不但要有总结,还有有计划,还要有展望。这样的记录,不仅仅可以用作以后的参考,还可以用来做下一周的指南

工作
    这一周,主要是在跟Josh做BaseCamp,继续CPAC的文档和重建。我的主要任务其实是给CMP写文档,还有就是给CMP的各个Stages写testing 程序的 文档和Shell。目前,我只是草草的完成了前面一向。这里面有很多我不是特别懂的地方,但是我这个星期里面
  1.  学到了用Markdown 语言写Python程序的Docstring,并且通过特定的程序将Docstring转换成RST文档,再通过Sphinx 自动将RST文档转换成网页,这样的话,可已将Docstring转换成网页,这样就有了网页格式的文档了。
  2.  写了两个CMP stages的文档
  3.  学会了使用git。目前使用的还不是命令行,而是Mac下面的客户端。这样,我所有的开发工作都是在我的Mac上进行的。我的DropBox将满,已经放不了太多东西了。我所有的code基本上都放在了Mac上面的Project 文件夹。这个文件夹会在rocky和Github上有备份。其实也可以考虑google code的。
  4. 给Steve和Dan简单讲解了C-PAC的配置并且让他们开始自己运行C-PAC了。
  5. QC了一下Rockland Sample数据,Visual Inspection并没有发现特别差的数据。
  6. 下载了ABIDE数据, Yale和San Diego的数据,还没有来得及做任何操作。应该给这些数据做备份呀。
  7. 检查Pedsns和IPN的kswapd0过载的问题,基本的原因是太多的内存被拿去做了cache,导致内存不足,系统变慢,然后Kswapd0出来整理内存。 kswapd0不是系统变慢的原因,系统变慢和kswapd0过载同是内存不足的症状。值得注意的是,这个问题在Rocky和Gelert上都存在。

    下个星期,应该做的事情有
  1. Get ABIDE data ready for Adriana
  2. Talk to Ranjit about multi-site and multi-session suport of CPAC
  3. Get Dan report
  4. Meet with Kate and Mike about Debellis' project
  5. Process Twin's data
  6. Get data ready for Digit-Span & Development project 
  7. Write Doc for more CMP stages
  8. 督促Dan写User Manual
  9. 督促Steve做更多QC。

    到周末的时候,我应该可以完成这些
  1. 完整的ABIDE data Ready for Release/Process
  2. CPAC ready for Multi-site
  3. Dan gets his report
  4. Twin's data processed
  5. Data organized for Digit Span & development Project
  6. Start next step of Debellis study (MalTreatment Project)
  7. Have Dan Started User Manual first Draft.
个人生活方面可以记录的并不多
  1. 看了电影 
    • 那些年我们追的女孩 you are the apple for my eye
    • Snatch
  2. 买了个手推车
  3. 跑步两次
  4. 每天做俯卧撑至少50个,有时做两次。
  5. 参加了公司的party,照了些照片。
  6. 继续读了 《fifty shades of Grey》
  7. 另外注意的是要查H1B的情况,争取能把签证需要材料全部都弄好。
  周末,青青就会从巴西回来了,好开心!


2012-06-10

彩虹

罗斯福岛上太阳雨
雨后美丽的彩虹

配上大烟囱, 哈哈。

我心里的彩虹,
系你在那头。







嘟嘟和小七在床上

呵呵,真羡慕兔子们呀, 吃了睡,醒来跑,跑累了再吃再睡。
只是不能每天陪他们多玩一下。
这么睡着的兔子们看上去真安静。




2012-02-25

[习惯养成]周总结 2012/02/19~02/25



前面三周没有写。原因是懒筋作怪。


周总结。


自从NKI-TRT数据发布以来,我似乎工作状态都不是太好。自我感觉是睡眠时间不够的问题。需要更早的上床睡觉。
锻炼停了好几个星期,这个周四,终于把自己弄到了健身房,去锻炼。

这个星期一直在做的事情就是Kate的数据处理。周三的时候订计划,周四周五run first level analysis。今天run second level和3rd level。一些phenotiping的东西要准备好。
FSL还是相当好用的。

本周在看的书是《nothing to envy》
接下来一周,仍有很多数据要处理。

觉得男人的情绪也有周期性的起伏,最近一段心情就不是特别好。

2012-01-28

[习惯养成]周总结 2012/01/022~01/28

=====周总结======
不小心就会变成工作狂啊。

龙年的第一周。老实说,我并没有很好的开端。
周日,也就是大年三十,我胰腺炎发作了。整个一天是在床上读过的。禁食禁水。吃了两次止吐药,两次止痛药。在止痛药得作用下频频睡去,在疼痛得作用下又频频醒来。醒着得时候就看在youtube上看袁腾飞和《康熙来了》。这和关公刮骨疗毒用的止痛法一样,分心法。不管怎么说,到了晚上8点钟左右的时候疼痛减缓,喝了几口水,没有吐,证明胃口可以接受一点点食物了。于是扶墙下楼,买了运动饮料和Smoothy饮料上楼。先喝运动饮料,补充水分和电解质。然后是smoothy,给胃一写可以用来消化的东西。因为白天的昏睡,晚上反倒不困,于是在youtube上看了个电影。

工作的事
周一
没有请假,跑去上班了。自觉仍然很虚弱。但是在家里待着自觉也待不住。去了NKI,一天都用来跑数据。顺便备份了一份数据到机器里,带回IPN去处理。后面这部做对了,因为Sharad‘s Pipeline在Cluster上很快就把空间吃光,得重新处理。
Ranjit今天开始工作。

周二,在NYU
上午是各种会和Brownbag。中午吃了西红柿蛋汤和泡菜。然后接着跑数据。晚上的时候Dr. Arno Klein的学生发来email说我们得MPRAGE有artifact。这个artifact我也注意到了,只是心里面奇怪了一下,没有质疑。没有专业素养啊。
周三,去NKI。
本来是要和Steve弄QC的事情:老板说需要弄个Documentation。对Sharad’s Pipeline也要弄。结果上午办公室网络断了,没有干成神马活。对MPRAGE问做了一下spatial filtering,试图消除artifact,未果。这个小意外又额外消耗了时间。我又重新还是在cluster上处理数据。在IPN上太慢了。主要是因为despike的原因。multiband short TR数据就是这样的,数据点多(voxel x volume)。
同Chao-gan和Mike谈了一下paper idea。要对手头的数据做一写intensive的分析。当然,是先要搞出来ICC maps。
还收到了Kara和Jinae的信,又要重新作图,为了HBM上的那篇文章。结果干到晚上2点多。
周四
Brian 给大家讲贝叶斯。我听的云里雾里的。I don't speek Math... ...
终于有一部分数据出来了,给Mike看了,并且做了个ICC map。需要更多的数据呀。DTI, rest 1400。 Stan还没有把数据push给我。心焦。
周五,
不停得骚扰Stan,向他要数据。没有回应。
开始处理DTI数据。现在DTI处理和reg是分了两个.sh script来作。这样的话,就得写另外一个script来讲两个粘合在一起呀。在cluster上,还得写一个小script来提交任务。
6点下班。Happy hour。我不能喝酒,就出来给家里打电话。妹妹告诉我,家里的外债会在今年都还清了。我自己得借贷也应该会在今年还清。我想这是龙年最好的事情吧。

阅读
看了Dr. Biswal 写的关于resting state fMRI的个人历史。总结了一下二十年的他的工作。他是这个领域的开创者。用Chao-gan的话说,没有他,就没有我们现在做的这个领域。就这篇文章来说,可以说是傲骄四溢呀。

给自己的一写忠告
要做好三件事情:那就是吃睡玩。我之所以大年三十生病,原因正是三个:
一没吃好,总用面条糊弄嘴。
馄饨面好吃又简单,却不该常吃。即便是过年也不要放纵自己的嘴。便宜了嘴,身体受不了。
二没睡好:经常过了半夜才上床。
晚睡,早起,精神就不好。工作多更应该注意休息。睡不好,把锻炼身体的时间都占去了。记忆力,注意力都会减退的。
三没玩好:
我不会玩儿。积累的工作压力无从释放。不知不觉亚健康了都不知道。

要好好的活着。

2012-01-21

[习惯养成]周总结 2012/01/015~01/21


这一周,感觉很紧张呀。
周一是节日,我去加班了,同Chao-gan一起。发现周末的时候办公室好像没有暖气,但也不冷。
周二的时候在NYU,Brown bag,post-doc meeting,Journal club。
周三的时候在NKI工作。
周四周五在CMI。 Typical。
周六在家里工作了一天。

这一周目标是NKI TRT数据处理完毕,然后做ICC map。结果没有完成。没有完成的原因是因为数据处理的Pipeline没有最终完成。
我主要做的工作是
1) 把所有的原始数据放到一个地方集中保管存放。使用script生成数据处理的目录结构,然后在合适得文件夹中使用soft link 链接到原始数据。这样就能保证数据与分析分开管理。
2)在IPN server上和gelert cluster上试验Sharad's的pipeline,把Sharad叫到我身边一起工作了两天,基本上script可以使用了。但是gelert却down了! 我多数数据都在上面。希望周一的时候它能活过来。
3)按照Jennifer的要求做了几个图。她在做paper的revision
4)给Melanie做了 inter-rator reliability的分析。结果她给我得数据有误。周四得时候给了我新的数据,但我到现在都没有时间来进行再次处理。
5)跟UMN 的Steen Moeller 往来通信,试图解决Matlab recon的问题。到现在位置得到三次code得update。希望这次之后就一起OK了。
6)跟 Junqiang, Gordon, Wang 和NKI得 Dr Matt Hotpman取得联系,问了DTI相关的问题。Matt指出我的DTI处理结果看上去有问题。Gordon给了个解决方案,还没有试验。
7)Deface 了一些Anat MRI数据,交给了 Dr. Arno Klein。
周六也工作了一天。好累。明天好好休息。神马也不做!

青青穿了汉服去上课,回来给我发了照片。不错

娱乐,基本上没有做什么。接着读《unbroken》这书好长,这都好几个星期了,我读了一半都不到。
锻炼了一次。
健康:
这周睡得都很晚,有三次3 am才睡,8点就起床了。

朋友:
Lingxi和Nic快要来NYC啦。


然后,今年很有可能我有生以来第一次一个人过春节吧。
春节快乐!

2012-01-14

[习惯养成]周总结 2012/01/08~01/14


这一周总的感觉是累。很多事情都没有能安排好。整天疲惫,脸上又起包了。苦逼的一周。
需要时间来重新来校正一下自己。要开始锻炼 并且track自己每天的工作时间!
这周是OHBM的abstract deadline。我没有提交任何东西。Chao-Gan, Brian 和 Lingxi 提交的abstracts 把我列为了co-author


工作:
看了一下自己上周的工作计划,完成度在80%左右。
1 DTI 数据
全部用recon处理了一遍,36个文件中17个失败。
剩下的数据,已经生成了FA maps,下一步是要把他们进行空间对准,然后是ICC map。目前进度是空间对准又问题。
2 Sharad‘s Pipeline
 对比了fcon bash script和Sharad's pipeline, 结果一致。
 顺便升级了自己改编的那个bash scipt到最新版本,可以使用非线性对准。
3 得到了更多的REST_CAP 数据,需要进一步处理,然后生成ICC map,mike
4 拿到了一些REST_645 和REST_1400的数据,下一周要开始处理他们,需要弄一个data repository
5 开始recon eye movement 数据
6 给了Josh 安装软件的code。下一步需要处理DTI数据,使用nipype
7 修改了paper,交给了J,有两个比较难的问题我不知道怎么回答。


其他需要做的:
why DTI recon fail?
why 4022_2's eyemovement_645 data look odd?
这一写总结,把下周要做的事情的大概也整理出来了。不错。
找到UG07的原始数据,plot histogram, 确定是否有express saccade


阅读: 接着读《unbroken》


其他:
回家的路上遇到两个艺人在N车上表演。一个base一个吉他,各有一个音箱。不记得他们时在哪一站上的,估计是在Union Square。反正他们一直在我们的车厢弹,弹了得有7,8站,至少半小时。我本来说自己不要在地铁上随便给人钱了,可是他们弹了一曲超级马力,立即就把我征服了。一路上他们还弹了The Beatles 和Michael Jackson,还有许多好听的歌。一周一来的stress就这样,被两个街头艺人大约半个小时的表演,一扫而空了!


看了机票,计划下周二三买票,2月份飞去NC看mm。


加油!

2012-01-07

[习惯养成]周总结 2012/01/01~01/07

从今天起,周总结要写得简短些。


工作
本周的focus是 NKI TRT数据。
Data processed by Sharad's pipeline,modified fcon_1000 bash scripts. ICC maps generated to assess inter-session reliability for ALFF, fALFF, RSFC maps (seeds: PCC MT MPF FEF IPS and...)
DTI data are being reconstructed. will gen FA maps and ICC maps for FA.
 Touble-shooting Sharad's pipeline

学习
DTI preprocessing

阅读
<Unbroken>

Others
Hongying went back to China. Chao-gan, Xiaomeng, Qingqing and I went to Flushing to give him a farewell party.
Qing went back to NC. School starts next week.