2011-12-31

[习惯养成]周总结 2011/12/25~12/31



25日圣诞,生病了,在普林斯顿大学的医疗中心住了院。
周一的时候不痛了,要求出院。医生有所不满,认为我们不相信她。但我自己自信自己不需再住院。遂签了出院状,一切后果自负,与医生医院无关。也不知道这样会不会影响医疗保险。 当天开车回家。
周二请假,在家休息。开始正常进食。
周三上班,去NKI。主要做两件事情:一传数据,NKI trt数据。二,在JHU的server上安装软件。好几个软件都需要从source code 开始,build然后安装到自己的home--因为没有权限。
周四,主要是配合Sharad折腾pipeline处理数据,和recon NKI TRT数据。
周五,主要是ICC maps on NKI TRT数据,讨论BASC结果。给洪英践行。

最近阅读 《unbroken: 》
最近没有锻炼。

2011-12-24

[习惯养成]周总结 2011/12/18~12/24

今天晚上是平安夜。

这个周总结不太好写。原因是我每天都没有能写晨间日记,而基本上所有的日记都是刚刚补上的。这样的话也就少了很多细节。
女友来纽约的第二周,我的生活已然节奏稳定了许多。上一周我的周总结根本就没写,因为女友最重要,写字这样的事情可以放在后面。
上周末做了包子,送给同事几个。
这一周我没有锻炼身体。因为没有早起,而下班后有不想太晚回家。
我看了一本小说陀思妥耶夫斯基的《温顺的女性》,在读书中文网下载的版面还原PDF,观者制作。。看小说比看其他类型的书籍快好多呀。书中是两个小说,一篇就是书名,另外一篇《小英雄》。这种第一人称视角的小说读来像内心独白,或者是透过别人的眼睛来观察世界。同时又有自己的观察和判断。比较喜欢这种阅读感觉。
这一周的工作主要还是BASC和pipeline学习。周四的时候去了NKI学习retro recon。周五的时候老板说下个星期要push许多数据,完成recon。
认识了一个新人,来和Mike做master Thesis的学生。会共同工作一段时间。
给青青过了生日,买了首饰做礼物,还有花和好吃的蛋糕。去了粥之家吃饭,感觉很好。
说道吃饭,还去过一家在4 ave 和 10 St上的一风堂吃饭。比较贵,但是味道很好的日式汤面。
周五晚上驱车到New Jersey,到朋友家过圣诞。一起吃了火锅。
Brett 催我的paper了。我要尽快完成。
具体的回忆我基本上都写在了补充的日记里,就不在这里回顾了。
好长时间没有跟家里打电话了。早上跟妹妹聊了一下。

新年快到了,应该考虑做一个年度总结了。也可以大概计划一下,做一下展望。下周回顾一下自己所有的日记吧。
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周一:Compcor code
周二早上9点到达IPN。
首先是Camille 报告她的工作,resting state fMRI与智商的关系。说实话,我没有特别听进去。
Postdoc meeting。Mike参与了回忆,跟大家做了一下年度的总结和展望。一个是要get postdocs involved in grant writing,一个就是强调大家method重要,但不是全部,为了职业做考虑,还要把自己的研究纳入到一个主题中去。
BASC。Manu帮助我和Hongying进行数据处理,写了T-test 的code。我处理了NYU tRT数据,用不同的correction theme。需要找时间来把所有的数据整理一下然后向老板报告。
周三:和Sharad一起工作,学习Nipype。一起go over了Nipepy的网站,了解了一下Nipype是怎样工作的。
准备需要在Josh的server上部署Nipepy,以及相关的数据处理软件,进行数据分析。
晚上和女友一起逛Union Square的集市,她丢了毛线帽子,然后去forever 21又重新买了一个,不同的颜色。我看好了可以给她买生日礼物的店。不过最终礼物不是在那里买的。
周四
NKI学习 recon
在jhu.edu的server上部署各种程序。学习从source code安装程序,很有意思。
青青的生日。
周五
Basc
跟老板开会,为下一周工作定方向和任务。
来祖祖家过圣诞,吃了火锅。



2011-12-11

[习惯养成]周总结 2011/12/5~12/10


身体:
本周锻炼3次,周二没去是因为前一天练得很累,早上起晚了。周三没去是因晚点,生生的把时间给误过去了。
周四开始采用一套新的锻炼流程,周四和周五上下身各了一次,到在肌肉有酸痛感,明效果不
周五下午开始鼻子不通气,要感冒。因此肌肉酸痛也是感冒症状?

读书
完了出的往常。女友子版,不知道是不是全本。作者的写法不是严谨的做学式的写史,而是有戏说的成分。读着就是一个。我看作者的目的也就是个。
重新复习了若干时间管理/精力管理/读书方法/自我提升的网文。

社交:
开始在renren和QQ上花点儿时间。我平时用的社交工具都是国外的,国内的朋友都无法登录。以前很排斥国内的网站和聊天工具。现在仍是。但是不能因为排斥工具,连国内的朋友都断了联系呀。重要的是人。
比如知道了宝成在民航学院教书,而且仍然单身。知道了miaomiao在参与最新的那本FMRI 数据分析手册的翻译。
同实验室的同事祖父去世,却不能回国奔丧。悲伤之际给我打来电话诉说。我很欣慰有朋友在遇到事情时想到我。亲人离世令人悲恸。但愿早日走节哀。好消息是他的夫人也怀孕了。先人升天,后人入世。一悲一喜,何等人生!
同Clare聊天,她参加NYC runners club的一个训练课程。每周几天下班后去跑步训练。十次训练$100.

工作:
BASC
是代码搞好了。红英也把数据准备的差不多了,我们下星期可以开始处理了。准备做海马。

Kate的数据
先是用AFNI处理对准做的很差,试验了用REST,结果很好,但是得先把数据传输到IPN。这个工作我还没有做,因为在两个只能靠VPN链接的服务器之间传数据,是非常让人头疼的。
于是又试用了Fcon 的代码。这个运行到一般的时候,服务器硬盘满了。我不知道代码的完成度有多少。80几个被试,并行计算的,也很难知道谁完成了谁没有。我看比较容易的方法是把所有的结果都删除,然后再重新来一次。

Rockland short TR TRT数据
拿到手了第一批数据,都是T1像和用来做基准的REST fMRI (CAP)。Short TR的数据还没有到手。先完成了自动从Dicom到NIFTI的代码,并且运行成功。下一步是修改预处理的代码,可能涉及到重新调整目录结构。把目前的Session/runs的层级目录调成Session?run?/ 形式的单层目录,以求对Fcon 代码的最少改动。 
我还得对我自己修改过的Fcon 代码进行注释工作和版本控制。不然的话,版本一多就乱了。现在的版本,在Gelert的short_TR 和Debellis目录下各一个,在IPN的Ipsetica_nyu_trt目录下还有一个。这是目前能想的起来的。

BrainNetViewer, 
同事Chao-gan 编译了Linux和Mac版本。回头也许编译一个windows版本吧。
我在虚拟机里面装了一个matlab,也可以干这个事情。

FSL
还是没有搞清楚如何用它做t-test。用Gui是行不通的,至少比我想象的还要麻烦。FSL的作者建议我去ongflameo的命令行去做这件事情。我还没有开始弄。应该给Chao-gan发信,跟他说一下。

Compcor
Brian 写了Compcor 的程序,我修改了fcon script,把它用到了数据理流程里面。周六的工作就是做了件事。用改动过的代码处理了24个被。下周上班的候要去看个数据。

最后,发现我的记时工具置的很有提,当每个任务都设定一个project,这样,在看周总结候,才会更明了。个工具,要更好的研究一下。

2011-12-03

[习惯养成]周总结 2011/11/27~12/3


  • 本周锻炼4次,一会儿还要去,凑成5次。
  • 本周认识了Zarrar,他以前同我老板工作过,现在仍然有和坐。目前在Yale
  • 本周工作出了一小点儿插曲,不过顺利解决。需要感谢的人:Brett LulloChaoGan和老板。
  • 本周Maarten回国了。
  • 本周帮助Vilma做表,帮助Amy RoyJennifer groupsurface map
  • 本周阅读:脱轨的王朝
  • mm还有一个星期就来找我啦!
  • 本周进入了12月。11月一共消费了524刀。比以前要多写,主要是因为感恩节放假的是后出去玩了一下。

=====周 1127 122 ======

周日,27日,本来是应该改文章的,可是硬是没有工作的心情。下午接近傍晚的时候刀了36街附近的一个名叫Green Fig的咖啡馆坐了一下,要了一杯茶,跟一个目前有些抑郁的朋友通过G-chat 聊天聊到咖啡店关门,希望她能尽快振作起来。
晚上的时候修改了一下数据处理的流程程序。
周一,28日。主要用来为一篇paper的表格来添加数据。比较枯燥。终于在下班前给搞定,发出去了。
今天认识了Zarrar。他来参加Maarten的告别晚餐聚会。他跟我们介绍了他的工作,我们也互相介绍了我们的。他是CWAS的作者。
周二,29日。
BrianbrownbagMedium Angel correction。原理我没太听明白,结果比较有意思。PC1Global Signal 高度相关,但不是百分百这样:有一个被试的PC2Global signal强相关。Medium Angel correction是用来替代global signal correction的。
Melanie meeting问了我许多关于实验设计的问题。后来我跟我的老板Mike谈,他认为以后这些问题直接转给他就行了。我也乐于这么做。
Mike从周三起出差,我去跟他聊了一下我的工作重点。(Compcorconnectome mapperfcon pipeline),可实际我这周没有碰这些东西。靠。
Manu meet了一下,了解了要用BASC所需要注意的事情。我给帮助红英学会使用这个script,不过我之前得先改一下。
我用虚拟机clonewin7忽然报不是正版,花了点时间研究了一下问题所在,最后只能盗版激活。可恶。

周三,30
处理Kate's 数据,发现这个数据的regression matrix会比较复杂,首先,不能把Scrambled face这个条件放进Model,其次,mixed designregressor还真不知道怎么做,需要去AFNI论坛上去问问高手们。
拿到了Swiffer Sweep,在家里试了一下,狠好用。配有湿巾和干巾,擦地变得方便多了。
周四,121

决定带个牙刷放到办公室,可以去Gym时候用。于是早上去健身房的时候,在CVS买了牙刷子。
处理了一下Melanie的数据,结果还算不错的。帮她做了一下随机分配控制组和实验组。
然后开始出了Kate's 数据。这些数据我开始用的是我在UGA带来的pipeline处理,检查发现数据有问题,很多人的EPI像与Anat像之间有比较大的位移,自动对准算法不能解决这个问题。
 IPN整得连不上,很可能是因为它连上VPN之后,其他局域网内机器就看不到它了!!干道半夜1钟了。我还是很高兴我当晚解决问题。给老板写了email汇报,然后回家。Brett Lullo给我很大帮助
一个插曲。我戒烟很久了,上次抽烟都忘记什么时候了。可是做完了IPN这件事后,就非常想抽烟。内心挣扎了一下,决定去买一盒。半夜的时候,开门的店不多,我正在寻找的时候,一个黑人拦住了我,跟我说他从佛罗里达来,刚刚丢了工作,钱很快就花光了。家里还又小孩子,没钱买奶粉尿布。我想了想,无论他说的是真的还是假的(我相信是真的),我应该帮他一下。因为如果是真的,开口向路人乞讨,是需要很大勇气的。而且,如果我不帮他,我多半会把钱浪费到烟上,说不定我买了烟还会后悔:这个东西对我的身体不好,而且纽约的烟价格是其他地方狄槐丁S谑牵
到家已230,洗洗睡了。
对了,今天还有人在地铁里面表演街舞,在狭小的空间里闪转腾挪的,狠精彩。我还给了它们一块钱。
12月第一天的花费,有三分之一是这样花出去的。

周五 12月2日
周五因为前一天晚睡的缘故,起床的时候已经9点了,知道自己已经没有时间去健身房了,于是在家里洗澡,做饭吃饭,10点钟出门,11点钟到工作的地方,开始工作。

工作的重点还是处理Kate的数据。试验了几个大位移的数据,alignment和Normalization的结果很好。但是用MRIcroN观察数据的时候,发现了一种伪迹,DPARSF没有能将其去除。需要用AFNI对比一下,看看是不是有同样的问题。周一的时候跟Chao-Gan探讨一下这个问题。

周六,12月3日
也就是今天了。
今天打算,锻炼身体
去看一两处房子。
去CMI整理一下下周得工作。
去买菜。

以上。