2012-09-23

[习惯养成]2012第39周记:Long time no see


很久没有写东西了。可以归因于太忙。也可以归因于自己的效率问题。无论如何,这周开始有重新开始写一下自己一周都做了些什么。慢慢坚持吧。

这一周是一段假期之后的工作重新启动。有很多东西需要跟上。大家都陆续回来了。Sebastian也完成了他的考试从德国回来了。Zarrar来CMI要在这里工作三个月。做EEG 的Cory也会时不时的来CMI。周中的时候一个朋友来访,一起去里法拉盛吃饭。早睡早起进行的比较困难。晚上很难睡着。我看是时候好好锻炼以劳筋骨的时候了。这样就能早睡了吧。

工作

一. 本周总结
这个星期工作的时间不算多,但是周末自觉加班了。完成了一下这些事情:

  1. 学习一些git的基本命令,把自己的一些code 备份到了github上面。
  2. 和Mike,Cameron and Chao-gan 讨论了一下该如何重新分析数据。初步方案是要去除开头10秒的数据并且加入slice timing。然后用CPAC进行预处理。之后的工作用自己的code来进行。(需要形成一个计划文本。现在发现自己忘得差不多了。)
  3. 研究了一下slice timing correction,做了一个笔记在这里。
  4. 敦促Dan开了一个CPAC的论坛。以后用作CPAC的技术支持的地方。
  5. 开始用新版CPAC处理ABIDE数据。
  6. 在Gelert上重新安装了CPAC。目前CPAC处于自己的 home。更新了Rocky和Gelert上的flirt。目前只是我一个人再用我的更新。其他人如果需要用的话,必须修改其bashrc.在适当的时候会发信部署。
  7. 与Dan一起跟在马普的Boris 和 Sofie 通过Skype聊了一下CPAC的安装和使用。


二. 下周计划

  1. 继续处理ABIDE数据
  2. 帮助Zarrar处理fcon_1000数据。 no slice timing.
  3. 处理NKI_TRT 数据.
  4. EEG system Training.
  5. 在周二前在IPN上部署CPAC.


三. 结果预期:
周末时应该完成

  1. ABIDE 数据的分析,包括group analysis
  2. Fcon 1000的数据处理。这个要让Zarrar来完成。
  3. 完成NKI TRT的分析计划,保存笔记。
  4. NKI-TRT预处理和之后的down-sampling并且计算derivatives和ICC的code也要完成。
  5. EEG training 要写一些心得。
  6. Figure out CPAC在cluster的全局部署改如何做。
  7. 在IPN上部署CPAC。应该需要用户设置一下其bashrc。



个人事务


一. 人际关系
曾经在UGA 我所在的实验室交流过的德国女孩Friderika 给我写信,要我接待她的一个朋友,郭超慧,19到20日到纽约。20日晚上跟郭超慧会面,聊天吃饭。她曾在北大跟周小林做过实习和毕业设计,应该是07年。所以八卦了一下北大的同学和老师。也有聊到Friederike。她们两个都快毕业了。跟超慧聊谈让我想起了不少在北大时候的事情。之后我给我的导师韩老师发了email,更新了一下我的近况。

二. 娱乐
看了几集Game of throne的第一季
看了电影:《real steel》,《moon rise kingdom》,《光棍儿》和《痞子英雄》。前三个都非常好。
三. 个人提升
开始用永锡介绍的方法,使用Evernote记录晨间日记.

需要做的事情


  1. 回国准备:开列回国所需的物品清单和todo
  2. 开Gym卡,开始锻炼增重。
  3. 保证下班时间。
  4. 早睡早起。
  5. 寻找合适的礼服。

初稿: 2012.09.23 13:16 pm








2012-06-23

2012第25周记:被Josh的总结所启发


似乎周记要详尽一点,才有用处。不但要有总结,还有有计划,还要有展望。这样的记录,不仅仅可以用作以后的参考,还可以用来做下一周的指南

工作
    这一周,主要是在跟Josh做BaseCamp,继续CPAC的文档和重建。我的主要任务其实是给CMP写文档,还有就是给CMP的各个Stages写testing 程序的 文档和Shell。目前,我只是草草的完成了前面一向。这里面有很多我不是特别懂的地方,但是我这个星期里面
  1.  学到了用Markdown 语言写Python程序的Docstring,并且通过特定的程序将Docstring转换成RST文档,再通过Sphinx 自动将RST文档转换成网页,这样的话,可已将Docstring转换成网页,这样就有了网页格式的文档了。
  2.  写了两个CMP stages的文档
  3.  学会了使用git。目前使用的还不是命令行,而是Mac下面的客户端。这样,我所有的开发工作都是在我的Mac上进行的。我的DropBox将满,已经放不了太多东西了。我所有的code基本上都放在了Mac上面的Project 文件夹。这个文件夹会在rocky和Github上有备份。其实也可以考虑google code的。
  4. 给Steve和Dan简单讲解了C-PAC的配置并且让他们开始自己运行C-PAC了。
  5. QC了一下Rockland Sample数据,Visual Inspection并没有发现特别差的数据。
  6. 下载了ABIDE数据, Yale和San Diego的数据,还没有来得及做任何操作。应该给这些数据做备份呀。
  7. 检查Pedsns和IPN的kswapd0过载的问题,基本的原因是太多的内存被拿去做了cache,导致内存不足,系统变慢,然后Kswapd0出来整理内存。 kswapd0不是系统变慢的原因,系统变慢和kswapd0过载同是内存不足的症状。值得注意的是,这个问题在Rocky和Gelert上都存在。

    下个星期,应该做的事情有
  1. Get ABIDE data ready for Adriana
  2. Talk to Ranjit about multi-site and multi-session suport of CPAC
  3. Get Dan report
  4. Meet with Kate and Mike about Debellis' project
  5. Process Twin's data
  6. Get data ready for Digit-Span & Development project 
  7. Write Doc for more CMP stages
  8. 督促Dan写User Manual
  9. 督促Steve做更多QC。

    到周末的时候,我应该可以完成这些
  1. 完整的ABIDE data Ready for Release/Process
  2. CPAC ready for Multi-site
  3. Dan gets his report
  4. Twin's data processed
  5. Data organized for Digit Span & development Project
  6. Start next step of Debellis study (MalTreatment Project)
  7. Have Dan Started User Manual first Draft.
个人生活方面可以记录的并不多
  1. 看了电影 
    • 那些年我们追的女孩 you are the apple for my eye
    • Snatch
  2. 买了个手推车
  3. 跑步两次
  4. 每天做俯卧撑至少50个,有时做两次。
  5. 参加了公司的party,照了些照片。
  6. 继续读了 《fifty shades of Grey》
  7. 另外注意的是要查H1B的情况,争取能把签证需要材料全部都弄好。
  周末,青青就会从巴西回来了,好开心!


2012-06-09

彩虹

罗斯福岛上太阳雨
雨后美丽的彩虹

配上大烟囱, 哈哈。

我心里的彩虹,
系你在那头。







嘟嘟和小七在床上

呵呵,真羡慕兔子们呀, 吃了睡,醒来跑,跑累了再吃再睡。
只是不能每天陪他们多玩一下。
这么睡着的兔子们看上去真安静。




2012-02-25

[习惯养成]周总结 2012/02/19~02/25



前面三周没有写。原因是懒筋作怪。


周总结。


自从NKI-TRT数据发布以来,我似乎工作状态都不是太好。自我感觉是睡眠时间不够的问题。需要更早的上床睡觉。
锻炼停了好几个星期,这个周四,终于把自己弄到了健身房,去锻炼。

这个星期一直在做的事情就是Kate的数据处理。周三的时候订计划,周四周五run first level analysis。今天run second level和3rd level。一些phenotiping的东西要准备好。
FSL还是相当好用的。

本周在看的书是《nothing to envy》
接下来一周,仍有很多数据要处理。

觉得男人的情绪也有周期性的起伏,最近一段心情就不是特别好。