2014-10-03

Please vote for us - 请帮忙投票

大家好,我需要你们帮个忙.
如果你有facebook帐号的话,希望你能花一分钟的时间到下面的网站给我投一个票. (https://www.missionmainstreetgrants.com/business/detail/7733) . 投票后可能会有一个小的s survey,你可以点"no thanks"跳过它.
完毕,很简单吧。如果你想了解更多,请接着阅读。

关于这个投票

  • 这个投票是为我和我的一个朋友的 Chao-Gan 非营利网站, the R-fMRI Network,向Chase申请一些funding. 这个网站通过网站的形式向功能影像研究者们提供软件,preprint服务和交流平台.如果你感兴趣的话,你可以去网站看看. http://rfmri.org/

帮助我们的其他方式


My dear Friends, I need your help.

If you have a Facebook profile, please consider taking one minute to click the link (https://www.missionmainstreetgrants.com/business/detail/7733) and vote for us. (There will be a small survey, but you can skip it by clicking "no thanks" at right-bottom of the page).
And that's it. But if you want to know more about what you just did, read on please:

About the voting

  • My friend Chao-Gan and I are applying a grant from Chase for our nonprofit start-up the R-fMRI Network. With it, we are aiming to serve the neuroimaging research community with our software, preprint service and networking platform to facilitate the scientific research with functional MRI. If you are interested, please check us out at http://rfmri.org/

Another way to help us

2014-08-21

[电脑网络]Add two numbers

The leetcode question "adding two numbers" (https://oj.leetcode.com/problems/add-two-numbers/)  is a hard on for me. But I got to understand the concept of linked list and finally was able to manipulate it after finishing this question.

The Question.:

You are given two linked lists representing two non-negative numbers. The digits are stored in reverse order and each of their nodes contain a single digit. Add the two numbers and return it as a linked list.
Input: (2 -> 4 -> 3) + (5 -> 6 -> 4)
Output: 7 -> 0 -> 8
My solution can be found here.

The hard part is figuring out how to create new nodes and move to next node of the linked list. Once I got this the problem was not too hard to solve.






2014-08-09

[电脑网络]Flashed Verizon Galaxy S3 to Selectel

参考资料:

1. Video from Youtube: Galaxy SIII to Page Plus Tutorial
2. Article from innominatedthoughts.com: Guide: Note 3 flash to PagePlus with 3G data
3. Article from blog King of Tweaks: Program Verizon Galaxy S4 for PagePlusCellular

基本步骤:


1. 软件准备:本教程需要DFS软件和手机的驱动。DFS软件下载可以在参考资料2中找到。手机驱动可以在三星的官方网站找到。
2. 安装软件:安装上述软件在电脑上。
3. 激活手机:找到手机的IMEI,联系Selectel激活手机。打电话给客服,获取自己的MIN,MDN和SID。
4. 取下SIM卡:整个刷机过程不需要SIM卡。
5. 开启DM模式:在手机上拨 ##366633#,选取 DM MODE ON。按HOME键退出。
6. 手机设定备份:手机连接电脑,确认驱动程序安装好了。运行DFS
  •  Open “Ports”, select the COM port belonging to the phone.
  • DFS should establish a connection and read the status and diagnostic info.
  • Enter your SPC and click the button (log should indicate “UNLOCKED”)
  • Enter your 16-digit password and click the button (log should indicate “UNLOCKED”)
  • Go through each section of the equipment and programming tabs and click READ for each subsection.  Then MAKE SCREENSHOTS of your default values.
7. 获取HA, AAA Keys:我没有Donner Phone,略过这一步。如果你想知道怎么做,请看参考资料2.
8. 刷机

DFS – Now you can WRITE

  1. Make sure the SIM card is removed.
  2. Turn on phone and connect to USB – ensure drivers are detected and installed.
  3. Start DFS.  Open “Ports”, select the COM port belonging to the phone.
  4. DFS should establish a connection and read the status and diagnostic info.
  5. Enter your SPC and 16-digit password
  6. In Programming / NAM, write the following:
    1. IMSI (leave IMSI T unchanged)
      1. MIN A and MIN D = your MIN / MSID (not phone number)
      2. MCC = 310; MNC=00
    2. Enter your MDN into both the SPC and MDN fields
    3. Set your SID (NID should be 65535)
    4. Check the remaining boxes to match this and then click WRITE:
      DFS: Programming / NAM
      DFS: Programming / NAM
  7. In Programming / Data, write the following:
    1. PPP
      1. SIP NAI: “Your MDN”@dun.vzw3g.com
      2. UID: “Your MDN”@vzw3g.com
      3. PWD: vzw (box unchecked)
    2. HDR AN
      1. NAI: “Your MDN”@vzw3g.com
      2. PWD: vzw (box unchecked)
    3. HDR AN Long
      1. UID: “Your MDN”@vzw3g.com
      2. PWD: vzw (box unchecked)
    4. I will make a brief note here to remark that some of these values were erased when changing the baseband on my phone (which I did out of order of this guide) and I ended up with this.  It still worked (and I have learned not to mess with things that are working).
    5. Check the remaining boxes to match this (Hybrid preferred can be Enabled):
      DFS: Programming / Data
      DFS: Programming / Data
    6. Click WRITE
  8. In Programming / Mobile IP, write the following:
    1. Under profile column:
      1. Select the first bubble and make active (Right click, enable profile)
      2. Make sure all other profiles are Disabled (Right click, Disable profile)
    2. Under Mobile IP main settings
      1. DS QcMIP: PrefMobileIP
      2. Active profile: 0
      3. Number of Profiles: 1
      4. Retries count: 2
      5. Pre-Reg timeout: 30
      6. Retries interval: ms1750
      7. 2002 BIS MN HA AUTH: checked
      8. Domant handoff: checked
      9. PRQ IF Traffic: unchecked
    3. Click WRITE
    4. Under Selected profile settings
      1. NAI: “Your MDN”@vzw3g.com
      2. Home address: 0.0.0.0
      3. Prim HA address 255.255.255.255
      4. Sec HA address 255.255.255.255
      5. MN HA SPI set: Check box; 300
      6. MN AAA SPI set: Check box; 2
      7. Reverse Tunneling pref: Check box
      8. AAA Shared Secret
        1. Enter 32-digit value in HEX: Check Box
      9. HA Shared Secret
        1. Enter 32-digit value in HEX: Check box
      10. RM NAI : “Your MDN”@dun.vzw3g.com
      11. DMU PKOID: 10
      12. DMU MN Auteth: 1.178.7
    5. CLICK ON ” Write current profile settings” – do this 2x to make sure everything stuck
  9. Finally, lets go back to Programming / NAM, and write the PRL:
    1. First READ and then SAVE your current PRL
    2. Then LOAD and WRITE the 60008 PagePlus PRL
    3. The radios will reboot/reset after doing this
  10. Done!  Click Reset in the top right, and restart phone!
    1. Disconnect from DFS and unplug your phone.

至此刷机完成。完成后,可以直接打电话和发短信了。

2014-06-06

Flash my Verizon Galaxy Nexus to Selectel

Intro

I used to have unlimited talk and text and shared 4GB of data with Verizon, for that I pay $60 per month (already in a family plan). Howerver, I don't usually make a lot of phone calls and I barely use the data since I have WIFI at work and home. It's stupid of me to pay big bucks after I found out that there are cheaper plans out there with many prepaid carriers. After looking for a better solution for a while, I decided to go with Selectel.

I actually considered Selectel and Page Plus (another prepaid carrier). Both are most popular at this time. Page plus is in the business for several years and has a lot of users. It uses Verizon's prepaid network and charge for roaming. Selectel is a new carrier which started in 2013. It uses Verizon's post-paid network (might be more reliable than its prepaid network?) and do not change for roaming. For more information about them, please visit their website, talk to their support staff or do your research online. I found a lot of information on the website of genius-wireless.com. genius-wireless.com is a dealer of Page plus and Selectel, I am using their service but I don't receive anything from them for this article.

Yesterday, I finally flashed my phone and switched my cell phone service from Verizon to Selectel. It turned out that Verizon's Galaxy Nexus has a reputation of hard-to-flash. Luckily there are already tutorials out there (see my reference at the end of this article). Here I just want to document the the process again in case I need to this again.

Before I go ahead, I have to say I did not bother to try flashing my phone to 3G (I don't really use it), but it can be done. A link has been given if you are interested in flash your galaxy nexus to 3G.

OK, let's start.

Port phone number to Selectel

Call Verizon and tell them your are going to port your number, ask them if there is anything you need to take care of before you do it, whether there will be any charges and how to avoid them. For me, since my contract already ended and I was not the account holder of the family plan I was in, there was no charge and no complications. If you are the account holder of a family plan, you need to let all other lines out of the plan before you can do something on your own number. If you are in a family plan, let the account holder know before you port your number since s/he might want to downgrade the plan before your port your number out.
Ask Verizon to give you:
  • Verizon account #:
  • Passcode:
  • Account holder’s name:
  • Billing address:
On your phone, find your phone's ESN (MEID) (see here for how-to).

With your MEID and the information you get from Verizon, order a free port in service via genius-wireless.com (link) or other dealer. Please ask dealer to give you the MIN and SIP. If they ask why do you need them, just tell them you need to manually program your phone.

Preparation:

Software, rom, script and patch files

Please download all the needed software and files HERE (404MB). Unzip the file to you computer.

Please confirm you have the following files.

In the Install to computer folder, you should have:
In the copy to phone folder, you should have
  • 52892_page_plus_sprint_phones.prl
  • EOS-toroplus-20130617-105.zip
  • i515-3g-patch-ga02.zip
  • pa_toro-3.60-25JUN2013-064020.zip
  • Slim_Gapps.4.2.2.build.5.zip
  • toroplus_for_toro_cdma_radio-FC12.zip
There are two other files
  • PagePlusSIDList.xls
  • script.txt

Hardware

  • A Windows PC
  • A sim card
  • Your phone (with at least 50% power on battery) and USB cord
Now you have everything you need and let's start flashing the phone.

Flashing steps:

Step 0: software Installation

Install Galaxy Nexus Toolkit, ETS 8.5.17, and Drivers of the phone to you computer. When install ETS, there is a step asking you to choose communication port, choose USB (very important). After installation, restart your computer (very important).

Step 1: Unlock and root your phone, and install custom recovery. [Skip this step if you have done this before.]

  1. Remove SIM card from your phone. (Don't toss it, you will need it later)
  2. On phone, Enable usb debugging
  3. Power off the phone and boot into boot loader (by holding Power + Volume up + Volume down buttons)
  4. Connect phone to PC via USB. On your computer, start device manager, if your phone is recognized as Android 1.0 instead of Samsung ADB Interface, you need to update it's driver. On the screen where you're told to Browse for driver software on your computer, instead click on Let me pick from a list of device drivers on my compute at the bottom of the window and select the SAMSUNG Android ADB Interface.
  5. On computer, Start Galaxy Nexus Toolkit.
  6. say no to update
  7. select you android version, option 36 (my was 4.2.2)
  8. select option "8" to unlock, root your phone
  9. follow instructions to unlock bootloader (press VOL DOWN then POWER to unlock bootloader when asked)
  10. Phone will reboot multiple times and you will need to enable usb debugging again. Just follow the instructions. When the phone is finally booted into Android, step 1 is done and your phone is now unlocked and rooted.

Step 2: install EOS, Gapps, toroplus-for-toro-FC12

  1. On computer, copy all files in the copy to phone folder to a folder to the root of your SDCARD. I created a folder named PPflash and put all the files in it.
  2. Unplug the phone and reboot the phone to bootloader.
  3. On phone, go to recovery mod (hit volume up twice and then power botton) and you will be in TWRP.
  4. Wipe/advanced wipe/data, system, cach, dalvik-cache
  5. Install EOS, Gapps, toroplus-for-toro-FC12 included in zip
  6. Wipe cache/dalvik-cache and reboot. The reboot will take a long time and skip all the settings asked.
  7. If tried program the phone before, it is suggested that after loaded into the Android OS, you should do a full *#*#786#*#* reset to wipe all of your previous attempted programming, if any.
Now you are ready to program your phone.

Step 3: Program your phone.

  1. Find CDMA tool, enable usb diagnostic mode within it, and back to main screen.
  2. Dial *#*#3282#*#*, enter 000000 for MSL, go to Others/ETS and select USB. click OK and back out.
  3. Connect your phone to your computer.
  4. On computer, start ETS 8.5.17 (run as administrator) and you should see something like this. If the there is no information in the pop-up window, then need to try enable CDMA usb diagnostic mode again.
  5. Go to ETS's menu: Utilities/Script Utility
  6. Copy content in script.txt and paste it into Script Utility, follow the instructions in the comments, replacing the first two items with the MDN (phone number), the next 3 with your MIN (MSID), and the remainder with your MDN. The last replacement is the SID, which you had to call your carrier (PagePlus or Selectel) to get. Hhit run.
  7. Back in the CDMA Tools app, swipe all the way to the right. Change the directory from /data/media/ to /sdcard/PPflash and flash the 52896 prl.
  8. Now you have your phone manually configured to your carrier. If you only need text, talk and 1X data, you not far from done. If you have a donor phone and want 3g, you need to do these steps before going to the next step..

Step 4: Install rom, radio, patch and activate your phone.

  1. Reboot to recovery. Once again, wipe Data, System, Cache, and Dalvik-cache. Flash your ROM of choice (Paranoid Android included in the files you downloaded), and install Gapps. (I tried to install the Shiny rom but failed :( )
  2. Last, install the i515 3g patch
  3. Power off, Install your SIM card, Power on.
  4. Activate (*228) with Selectel, then option 1 to program your phone. Don't panic when you hear greetings from Verizon, that's not anything wrong since Selectel does use Verizon's network.
  5. Then, dial *228, option 2 to update your PRL with Verizon. Reboot. Everything should be working: Voice, Data, SMS, MMS.
Note: if there is no dial pad during activation, exit. Try dial *228+. Hold down the 0 key to get the +sign.

references :

Guides from dragonhart6505
Guides from innominatethoughts.com

2014-03-05

回国随笔

反省
====

很久不寫東西了。
我的上一篇日誌寫于12年的11月份。到現在已經過去了四個月份。這四個月以來,不儘儘是日誌沒有些,就連晨間日記也荒疏了。每日的ohlife posts不是跳過了就是寫的極其簡單,經常是不用心。唯一留下的紀錄,就是這幾個月來去鍛煉的鍛煉紀錄表。這個記錄表我沒有怎麼整理,但是能看出的是,我的體重已經長了一些了。
為什麼就不寫東西了呢?這個問題並不是很好回答。反正總覺得自己的時間不夠用,或者空閒的時間都花在其它地方了。說到底,其實就是自己沒有把這個事情重視起來。 無論真麼說,要回答為甚沒寫,估計現在說出來的都是借口。不如,現在回憶一下這幾個月的時間,我都經理了那些事情吧。

**這幾個月又發生了什麼事情呢?**

回國了,結婚了,聖誕節補照了婚紗照,去了南京玩兒了幾天,岳父岳母跟來美國探親了,青找到了新工作,要準備搬家了。

回國
------

回國這事吧其實計劃了好久。或者說從好久前就開始準備。提前好久就買好了機票,請好了假。到了臨近出發的時候,青先從北卡飛來紐約與我會合,然後一同坐飛機返回。

飛機上並沒有什麼好說的。儘量睡覺就是了。離開紐約時,時間是下午。到達北京取得行李走出機場時已經時晚上了。北京的空氣彌漫著嗆人的塵煙氣息,像是哪裡著了火,令人窒息的給了我直接正面的一擊。之後的假期中,除了到南京的那幾天,我的嗓子一直也沒有舒服過。

我們的好朋友杜哥和曉耕來機場接機。天很冷。杜哥先是請我們去吃了烤鴨,點了滿桌的菜肴。我挑了幾樣我能吃的,吃了個半飽。青吃的很高興。當然也不是全是吃,見到很久不見的朋友,那心情自然是興奮的。之後杜哥送我們到了三元橋附近的旅館。之所以在北京停留這一天,是為了我的簽證。

第二天的簽證挺順利的。這裡就提一句,給自己提個醒:使館門口又很多的大爺大媽很熱心的幫你整理材料,比如照片要貼在哪裡啊,地址要怎麼寫啊,名字的電碼查詢了什麼的。幫忙不白幫,完事兒會收個十幾二十塊錢的費用。我要提醒的是,這些事情進到使館裡面再弄不遲,而且根本不用花錢。

簽證之後坐火車回家。現在買火車票都需要身分證了。上個火車的安檢程度,快趕上美國這邊上飛機了。這種事情總讓人覺得有些彆扭。下了火車,妹妹來接站。青先打車回家,我和妹妹才走。回家的一路上,覺得到處都不一樣了,天津這些年,真的是蓋了不少的樓房。不過呢,空氣變差,也是非常明顯的。而且那些個樓真的是有點兒千篇一律的樣子。

回家的我,心情依然是平靜的。見到母親,給了她一個擁抱。看得出媽媽很是高興我回家。
不過回去的卻也不是我離開時候的家了。我離開家的時候,家裡住得是平房土屋,出門就是莊稼,院裡一棵棗樹,院門外一棵高大的槐樹,院裡院外種著蔬菜還有一些鳳仙花。那時家裡總是養貓,貓兒不是躺在窗台上晒太阳,就是钻到庄稼地里探险,直到家里人叫它吃饭方回.若是探险时弄到了吃的,它会弄回家来慢慢享用.要是一天都没啥收获,它也不心慌,只是回家的脚步会急匆匆的,怕是饿得狠了吧.

[电脑网络]Octave Portable and Octave in the Cloud

I am now taking an on-line course about Machine Learning on CourseRA (Link to the course) which requires Matlab or Octave (an open-source alternative of Matlab) for its programming assignments.
I am taking this course on computers in a library on which I don't have the privilege to install anything. I found there is a portable version of Octave available (see here ) that I can put it on my USB drive and use it on any Windows computer. I haven't tried it yet but it will be very convenient for people who like to take their working environment with them on a USB stick. The caveat is that I can only do this on Windows machines. Also, the portable Octave is based on Octave v2.9.15 while the latest Octave is v3.6.2.The ML class, however, provides an 3.2.4 version (Windows version download link).
From the class forum I learnt that there is an cloud based service which offering access to 3.6.2 version of Octave. Again, I haven't tried it yet but it seems to be an promising way to practice Octave. The Link of the service is here.
Download Links:
  1. Portable Octave 2.9.15 Download
  2. Installation Octave 3.2.4 Download
  3. Octave 3.6.2 in the Cloud

2014-02-27

[讀書筆記]死線的神奇功能——讀《拖拉一点也无妨》




寫在前面的話
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寫這篇小文的時間,距離我讀這本書已經有不短的時間了。當初讀書的時候沒有記筆記,寫作的過程中也沒有回去參考原書。文中僅僅最后一部分與原書緊密相關,其他部分為自己閱讀“拖延癥”主題圖書的心得。

以上。

人為什么會拖延?
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一件事情會被你拖下來,大概就是因為這樣一件事,做著無聊,無趣,無信心,也沒那么重要(我相信沒人會在生死攸關的事情上拖延)。可這事兒你又偏偏必須做。這事兒是領導,老師派給的,不做會得到差評,弄不好得丟工作或者無法畢業,然周圍的人失望;或者是因為你做出了承諾(向自己或者向他人),不做會覺得丟臉,損人品,失去朋友,甚至失去自尊。這些都統統放一起,濃縮一下其實就是一樣:這事兒你不想做。人對于自己樂于做的事情,即便沒有提醒催促,也不會拖延的。

可是,現實的情況是,不是人人都知道自己喜歡做什么事情,但是幾乎人人都有自己不喜歡做卻必須得做或者自己以為自己必須得做的事情。這樣一來,似乎拖延的人四處可見,拖延癥也就橫空出世,越來越引人關注了。

人總是要做一下自己不太喜歡做的事情的。因此,在我看來,拖延這件事情,只要人類還有情感,就是人類的宿命。宿命性的東西,無論你接不接受,也會一直在那里。所以,作為人類的你,還是認了吧。

如何對付拖延?
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雖然我是認了命,接受了自己的拖延,但卻不意味著我們就不能對它做點兒什么了。

上面提到了,人們一般只會在自己不喜歡的事情上拖延。因此,面對拖延,一般有兩類辦法:一類是幫你認識到自己喜歡的事情,然后盡量多的承接自己喜歡的任務,減少不喜歡的任務,進而減少拖延。沒有不喜歡的任務的理想狀態雖然基本不可能達到,但是花八成時間在喜歡的事情上,而成在不喜歡的事情上,也是會很令人開心的。

另外一類方法,則是幫你應付那些你不喜歡的事情的。比如,讓你培養一份公事公辦的態度,而不讓個人感情影響事情的完成。再比如,養成某些習慣,舉行某些儀式,把做某些不喜歡的事情變成程序性的動作。等等。

本書的秘方:死線的神奇功能
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這本書的內容,就屬于上面提到的第二類方法。它的實現卻另辟蹊徑,不落俗套。

其原理很簡單,我試著來總結一下。你可能同時會有兩件以上不喜歡做又必須得做的事情。而且這些事情,一般都會有個時間限制,英文叫做Deadline,直譯過來叫做“死線”或者“死限”。其實多數情況下,這個deadline是靈活的,可以商量,變化的。(當然,即便它沒有商量的余地,你超過了這個時間限制沒有完成,一般也沒有誰會死。)這個“死線”卻有一個非常神奇的功能,隨著它的臨近,這件你原本就不喜歡的事情會變得越來越面目可憎。這聽著不像什么好事兒吧,但是請注意,這時候,其他的那些原本你也不喜歡的事情,卻變得面目相對討喜起來。這時,你就可以不那么費力的去做這些原本不愿做,現在卻變得討喜的事情啦。

當然,你會說,那么那件“死線”將至的事情怎么辦?總不能就這么讓它死掉吧?這個呢,書評人就不說了。聰明的讀者可以自己想想怎么解決這個問題。或者,你也可以找來這本書讀一讀,看看作者的高見。


1:06 pm 02/25/2014

2014-01-21

Freesurfer 2013 course: Videos and PPTs

Intro
The developers of (FreeSurfer)[www.freesurfer.net] have put videos of their 2013 training course online to YouTube. The PowerPoint slides they used in the course are also freely distributed on their website. This gives the new Freesurfer users like me a great way to learn about this neuroimaging data processing and analysis tool. I am truly thankful for the generous of the FreeSerfer team for making the course lectures available online. It is really nice that I can take the courses in my own time and on my own pace. And it does not really cost me anything. All I need is, well, to fight with my procrastination.
One thing I found not very good is that the videos on the FreeSurfer YouTube channel is not organized well enough. I had to constantly refer back to the course schedule to figure out which video should I watch after one ends. So I pulled all the links for the videos and corresponding slides together and arranged them according to the course schedule. The organized links are shared below.
Please note that only the talk session were put online. Most of the tutorials and demonstrations module of the course were not available in the form of videos. There are, however, the web links to the tutorial materials (which I also have the links) are available. It is very important to go through the tutorials if you really want to master the Freesurfer software. Hope the organized links are useful to you. Cheers~~
Course Videos and Links
Day 1
1.1 Tutorial: Unix Tutorial for FreeSurfer Users
1.2 Talk: Introduction To FreeSurfer Jargon
1.3 Talk: Introduction To FreeSurfer
1.4 Talk: Analyzing the Individual Subject
1.5 Talk: A Non-physicist’s Intro to MR
1.6 Demo: Freeview/Tksurfer Demostration
N/A
1.7 Tutorial: Interaction with Individual Subject Data Tutorial
1.8 Talk: FreeSurfer Troubleshooting
1.9 Demo: Quality Checking a Recon
1.10 Tutorial: Troubleshooting Tutorial
1.11 Talk: Question and Answer Session (Answers to online questions here)
  • Video: N/A
  • Questions Online: access
Day 2:
2.1 Talk: Surface-based Analysis: Intersubject Smoothing & Registration
2.2 Talk: Group Analysis
2.3 Tutorial: Group Analysis Tutorial:
2.4 Talk: Multiple Comparisons
2.5 Demo: QDEC demonstration
  • N/A
2.6 Tutorial: Multiple Comparisons Tutorial
2.7 Tutorial: QDEC Tutorial
2.8 Talk: ROI Analysis
2.9 Tutorial: ROI Analysis Tutorial
2.10 Talk: Longitudinal FreeSurfer
2.11 Tutorial: Longitudinal Tutorial
Day 3
3.1 Talk: Multi-Modal Integration, Part 1
3.2 Tutorial: Multi-Modal Integration Tutorial, Part 1
3.3 Talk: Introduction to Diffusion MRI
3.4 Tutorial: Diffusion Processing Tutorial
3.5 Talk: TRActs Constrained by UnderLying Anatomy (TRACULA)
3.6 Tutorial: Tracula Tutorial
3.7 Talk: Multi-Modal Integration, Part 2
3.8 Tutorial: Multi-Modal Integration Tutorial, Part 2
3.9 Talk: MRI Acquisition Methods For Morphometry
3.10 Talk: Motion-compensated neuroanatomical imaging
3.11 Talk: Registration Methods

2013-03-30

Slowly Growing

Slowly Growing: 我这半年之健身篇

我是在2012年9月下旬加入健身房的。算起来到今天(2013年3月30日)已经有半年了。到今天,我的健身习惯才真正建立起来,也真实的感受到了一些效果和好处。我想是时候来回顾一下自己这半年以来在健身上采取的行动,反省一下自己哪里做得好,哪里要改进,以便能继续的在这条路上正确的走下去。

我的健身计划

我执行的健身计划,是在网上找到的一个叫做 From Zero to Hero In One Year 的计划。 选择这个计划,是因为它符合我的预期,也看起来比较可行。我不太相信那些“30天 如何如何”, “四个星期 如何如何”的锻炼计划。我并不质疑这些速成的计划的作用。锻炼这种事情,只要你认真的做,动起来,没有不起作用的。但是速成计划没有可持续性。30天之后呢?该怎么办?换另外一个?然后一个月后再换一个?这样在我看来是无头绪的乱撞啊。而且换计划这种事情,还要谨慎考虑,如果计划之前衔接不好的话,很可能造成一些肌肉被反复训练而另外一些没被考虑进去。 总之,一个月太短,一年正好。 除了时间长度,这个计划对于进食,饮水,休息和营养补充剂都有很好的介绍。而且它提供了可供下载的使用的锻炼记录,这绝对是个加分!

计划选好了,开始锻炼了。

两个阶段

我把我这半年的锻炼,从时间上划分为了两个阶段。一个阶段是2012年9月23日到2012年末。另一个阶段是从13年一月开始,到现在。 之所以这样划分,是因为第一个阶段我完成的非常不好,并且从11月底到12月底回国探亲,整整一个月都没有执行这个锻炼计划。这样,这段时间只能算是试探性阶段。从国内回来后,我开始告诉自己要好好的锻炼,每月交的费用不能简单的打了水漂。于是,从那个时候开始,我锻炼的频率开始增加。

这个过程并不简单,我得应付自己工作之后劳累的身体,低落的情绪和自己的懒惰。再一次结结实实的认识到我的懒惰之心有多严重,也知道了自己有多大的力量来与各种借口来斗争。这个斗争将继续下去,直到锻炼身体成为我的习惯,成为不需要努力维持也能正常运转的习惯。这不是30天就能达到的.

第一阶段 试探

这一阶段的执行情况挺差的,具体可以从每月去健身的次数看出来。

  • 九月份: 4 (23日加入)
  • 十月份: 13
  • 11月份: 4
  • 12月份: 0 (回国了)

九、十月份的数字还挺不错的。到了11月份锻炼次数就直线下降到4了。虽然有准备回国的原因,但是还是很令人失望的。

不过,这一阶段也不是完全无用,至少让我熟悉了各种练习动作和适合自己的重量。从效果上来看,就没有什么可说的了。

第二阶段 投入

  • 一月份: 14
  • 二月份: 8
  • 三月份: 16

这批数字看上去比上面的好看多了。这段时间我一直都对自己说要投入的去锻炼的结果。投入去锻炼除了要让自己走进健身房,更要求了进健身房什么都不要想,一项一项的完成各种项目,一直到锻炼完。

关于投入这件事,我要分享一个小事。为了锻炼,我买了一个专门用于放我的锻炼的行头的小包。我最满意的是这个包的小巧,它可以放进我平时背的背包内。有了它,我的锻炼的行头再也不是胡乱塞进我的背包了。虽然以前那样并无不妥,但是我心里见到包里面的整齐,还是很开心的。这种小细节上的开心,在我看来,对于养成习惯是有很大的帮助的正反馈。而且,每逢锻炼的日子的早上,把这个包放进自己的背包里,锻炼完后把所有的东西都收拾好,已成为了我锻炼的一个仪式性的动作。透过这样的仪式性动作,我反复向自己传达一个信息:那就是我对锻炼是认真的。

值得一提的是,这三个月份里都其实有一些客观原因造成我一个星期没有去锻炼。因此其实锻炼的次数应该还要增加才对。二月份没有能去锻炼的日子更多。那段时间就是所谓的挣扎期,情绪低落,工作任务繁重。不管怎么说,是都是借口。应该是,只要能起床,就该出现在健身房。只要没受伤,就该去锻炼。

成果展示

除了少数的几次忘记带锻炼记录的情况,我都坚持记录自己的锻炼项目,时间和当天体重。到今天为止,我累计共有53次的记录。我把这些记录做成了一个youtube短片,来展示我的体重变化。

有投入就有产出。身体对锻炼(和饮食)最初的回应就是,这几个月来,我从体重124.75 lb,长到了135 lb。最近一次的测量其实是137,但我总觉的是因为那时我喝多了水了。

当然,影片中展示的只是数字,反应不出身体的直观变化。如果大家想知道10磅肉有多少,不妨去市场称10磅看看。我并没有锻炼前后身体的对比图。我不太喜欢自拍,也不太可能会拍这样的照片。肉长在谁身上,谁自己知道。哈哈。

经验与教训

需要坚持的项目

  • 把锻炼当作每日的第一要事。 认真完成!
  • 记录锻炼记录。
  • 跟青青交流体重变化。她的鼓励是我的一大动力源泉。
  • 好好吃饭。
  • 补充蛋白质。
  • 睡前计划第二天的训练和行程。

需要改正的问题

  • 我的睡眠是大问题
    不是说睡眠质量差,而是做不到早睡。我应该早睡,早起,睡足8个小时,让身体有更加充足的时间来恢复。

下一阶段的计划与目标

计划

从下周开始,我就要执行一次也不要落下中的4-6月的部分了。这一部分的锻炼计划虽然仍然是每周4次,但是同之前的计划相比更加细化,每一次的练习项目均不相同。这就要求我**一次也不要落下。。

我要用一周到两周的时间熟悉各种新动作和各个动作的负载,然后剩下的时间里,努力锻炼,在保证姿势正确的情况下,增加重量。我要好好休息,把自己的睡眠调整好。我还要注意补充营养,多吃蛋白质,限制脂肪的摄取。要有足够的碳水化合物提供能量。

目标

争取到了三个月后能涨到争取到了三个月后能涨到150lb**!

番外

P.S.: Markdownpad2 crashed when the first time I wrote this post and everything was gone. I have to re-write everything again! Two lessons learned:

  1. Save frequently when writing even your program have a autosave function!!
  2. Update your software when you can! The bug which causes the crash has been fixed 9 days ago!!

Notes

初稿:2013/03/30 14:00

2013-03-19

2012-11-10

觉醒 之五




【原文】
You do not become good by trying to be good, but by finding the goodness that is already within you, and allowing that goodness to emerge. But it can only emerge if something fundamental changes in your state of consciousness.

In Zen they say: "Don't seek the truth. Just cease to cherish opinions." What does that mean? Let go of identification with your mind. Who you are beyond the mind then emerges by itself.

【译文】
努力变好不是你成为优秀的原因,你要做的就是发现已经存在于自身的好,并且让这好的种子发芽开花。但是,发芽开花并不容易,你的意识状态要有根本的变化才行。
禅语有云:“不用求真,唯须息见”。这是什么意思呢?就是说要放弃你思维中的自我认同,超越思维的真我才会显现。

【心得】
用力过度的想在这个世界上得到确认,这是人们都在做的事情。人们靠着各种外界的认同来确认自认的存在。但是真我的存在其实是与外界事物无关的,与认同无关的。抛弃需要获得认同的想法,才是认识自己的重要的一步。

2012-11-04

[习惯养成]2012第43周记:飓风Sandy

10月底11月初的这一周,正是飓风 Sandy 降临的日子。网上有人把Sandy音译成三弟,这个三弟可真是,给纽约带来了不小的麻烦。

关于Sandy的警报,早在这周之前就出了。纽约市被标记成了ABCD四种区域,A区是要疏散的。而我住的罗斯福岛属于B区域,如果事态过于恶劣,也可能会是实行疏散的地区。但是最终我们也没有疏散。

28日的时候风就已经起来了,但是我还是跑到了Elmhurst,主要目的是买一个保温水壶。有了这水壶,冬天出行的话,就有热水可以喝了。买了水壶之后还在老北方喝了粥才回家。回家路上听说地铁晚上7点就会停运,于是觉得事态可能会严重,于是就跑去Whole Foods去采购。结果那里人太多,于是自己就没有了买东西的兴致,而且估计家里的吃的至少可以坚持三天,于是我就回去了。
现在想来,这次这样掉以轻心还来自于去年飓风Irene来是的经验:那次也是警告了半天,结果睡了一觉就风平浪静了。 有了这样的“宝贵经验”,我也就放心的空着手从商店回家了。不过回家前特意跑了一次办公室,把电脑取了回家,想着万一风后不能去办公室的话,还可以在家里工作。

周一,没有出门,公司的邮件也说了不要去上班,不但周一不去,周二也不去。在家里听着风声,处理了一些邮件,然后就开始让电脑跑Matlab程序。窗外的风很大,与树叶的互动就像是王小波描写过的那样,大意“风跟树抢夺叶子”,而那叶子则像“旋风卷起的纸钱灰”,好像要把人撞开似的。晚上的时候停了电。我出门看了看,我们这幢大楼好像只有我们这边停了电,另外半边则好好的。
停电了,我也没有手电筒。拉窗帘的时候看到east river的水暴涨啊,都快要上岸了。我看了一会儿觉得再看下去自己会承受不了,于是乎放下窗帘睡觉去了。

周二,在停电中醒来。拉起窗帘望了望East river,水位下去好多。于是放心多了。之后起床吃饭,发现虽然煤气是有的,但是煤气炉是电打火,没电便生不起火来。我不想吃凉的饭食,于是就找自己的打火机,结果翻箱倒柜也没有找到,只得到楼下碰运气。风还没有退去,但却没有了雨。楼下有一家好像是日本还是韩国人开的杂货铺子,居然开着门,我常去的那家小卖铺,门却没有开。在杂货铺子买了一个打火机,就回来做了饭吃。
没有心思工作。电脑早就没电了,跑的Matlab程序也没有跑完。手机还有电,也有信号。于是就在手机上看各种消息。看了一会儿,决定去岛上四处转转。看到了几棵断树在路边,河床上有不知从哪里飘来的大块枕木。风很大,吹透了我的衣裳。我决定回家。回家的时候是顺风,我被巨大的力量推着得小跑。而对面走过来的人就没有这么幸运了,他们行动艰难,个个都锁着脖子,攥着领口,得前倾着身子才能前进。回家的时候看到我们楼在从地下室往外抽水,也许这是停电的原因?
我回到家之后看到地上有一张通知条说电力回复可能需要几天的时间,我了个去,这还了得,我这手机马上就要没电,跟外界断绝了。虽然我一共有五块电视,但是手机是个吃电的老虎,两天就能把电吃没了。仔细再一看纸条,说楼下的老年人活动中心有电,大家可以去充电。我二话没说,背着自己的充电器,电脑,手机就下楼去了。我去的时候人还不多,我找了一台可以上网的电脑,查看消息。然后把我的电脑和手机都冲上电了。天黑的时候,我跑出去买了蜡烛。买蜡烛的时候正好碰到梦非和盛夏也在,于是就让她们把蜡烛先拿回家,我继续去老年人活动中心,充电。王禺和罗桑也去了。他们俩好像有一腿,不过与我无干。这天罗斯福到的Tram通了,他们去曼哈顿吃饭了。我由此以为曼哈顿平安无事呢,也受到了公司的邮件,让大家能去上班的去上班。
我大概7点半回家,点着蜡烛做好了饭,正要吃的时候,来电了,好高兴。

周三,在后第一天去工作。到了Tram的时候,发现自己没有带钱包,正在沮丧,却发现今天的Tram免费乘坐,省了我往回跑的时间了。今天Cameron不能来上班,Mike说Cameron住的地方受灾严重,不能出行。跟Mike meet 了一下,说了工作安排。然后却发现所有的工作都无法进行,因为我们的电脑服务器都因为停电的原因都下线了。我这才知道曼哈顿从40接往下都还没有回复,唐人街情况更糟糕。不过这对我来说很好,正好趁着这个时候好好的整理一下工作上的待办事项,和Chao-gan讨论了NKI-TRT paper。下午又和Adriana讨论,同样是做计划。今天Sharad和Ranjit还有Zhen都来了办公室,不过交通很糟糕。zhen用了6个小时才到办公室:坐公车堵车很严重。她不得不中途下车走了2个小时到的。Sharad打车堵在了桥上,最终不得不走路来。Ranjit则是一直走路来的。
这天去了Gym,在跑步机上慢跑30分钟,然后10分钟的椭圆机。

周四周五,曼哈顿仍旧没有恢复正常。周四的时候做了一些在我的本地电脑做的工作。Cameron来上班了。中午和Sharad去了印度自助餐的一个地方吃饭。晚上去买了米。周五给家里打了电话,购买了吸尘器的filter。然后就是写paper的方法部分。

周六去了法拉盛,在法拉盛图书馆办理了图书证,借了王小波的《黑铁时代》。然后买了DHA给表妹寄出去。这可是拖了太久才办的事情啊。终于动手了,心里很高兴。饭是在盛津吃的。晚上回来的时候意识到自己需要预约签证了。先把自己的DS-160给填上了。

以上。

2012-09-23

[习惯养成]2012第39周记:Long time no see


很久没有写东西了。可以归因于太忙。也可以归因于自己的效率问题。无论如何,这周开始有重新开始写一下自己一周都做了些什么。慢慢坚持吧。

这一周是一段假期之后的工作重新启动。有很多东西需要跟上。大家都陆续回来了。Sebastian也完成了他的考试从德国回来了。Zarrar来CMI要在这里工作三个月。做EEG 的Cory也会时不时的来CMI。周中的时候一个朋友来访,一起去里法拉盛吃饭。早睡早起进行的比较困难。晚上很难睡着。我看是时候好好锻炼以劳筋骨的时候了。这样就能早睡了吧。

工作

一. 本周总结
这个星期工作的时间不算多,但是周末自觉加班了。完成了一下这些事情:

  1. 学习一些git的基本命令,把自己的一些code 备份到了github上面。
  2. 和Mike,Cameron and Chao-gan 讨论了一下该如何重新分析数据。初步方案是要去除开头10秒的数据并且加入slice timing。然后用CPAC进行预处理。之后的工作用自己的code来进行。(需要形成一个计划文本。现在发现自己忘得差不多了。)
  3. 研究了一下slice timing correction,做了一个笔记在这里。
  4. 敦促Dan开了一个CPAC的论坛。以后用作CPAC的技术支持的地方。
  5. 开始用新版CPAC处理ABIDE数据。
  6. 在Gelert上重新安装了CPAC。目前CPAC处于自己的 home。更新了Rocky和Gelert上的flirt。目前只是我一个人再用我的更新。其他人如果需要用的话,必须修改其bashrc.在适当的时候会发信部署。
  7. 与Dan一起跟在马普的Boris 和 Sofie 通过Skype聊了一下CPAC的安装和使用。


二. 下周计划

  1. 继续处理ABIDE数据
  2. 帮助Zarrar处理fcon_1000数据。 no slice timing.
  3. 处理NKI_TRT 数据.
  4. EEG system Training.
  5. 在周二前在IPN上部署CPAC.


三. 结果预期:
周末时应该完成

  1. ABIDE 数据的分析,包括group analysis
  2. Fcon 1000的数据处理。这个要让Zarrar来完成。
  3. 完成NKI TRT的分析计划,保存笔记。
  4. NKI-TRT预处理和之后的down-sampling并且计算derivatives和ICC的code也要完成。
  5. EEG training 要写一些心得。
  6. Figure out CPAC在cluster的全局部署改如何做。
  7. 在IPN上部署CPAC。应该需要用户设置一下其bashrc。



个人事务


一. 人际关系
曾经在UGA 我所在的实验室交流过的德国女孩Friderika 给我写信,要我接待她的一个朋友,郭超慧,19到20日到纽约。20日晚上跟郭超慧会面,聊天吃饭。她曾在北大跟周小林做过实习和毕业设计,应该是07年。所以八卦了一下北大的同学和老师。也有聊到Friederike。她们两个都快毕业了。跟超慧聊谈让我想起了不少在北大时候的事情。之后我给我的导师韩老师发了email,更新了一下我的近况。

二. 娱乐
看了几集Game of throne的第一季
看了电影:《real steel》,《moon rise kingdom》,《光棍儿》和《痞子英雄》。前三个都非常好。
三. 个人提升
开始用永锡介绍的方法,使用Evernote记录晨间日记.

需要做的事情


  1. 回国准备:开列回国所需的物品清单和todo
  2. 开Gym卡,开始锻炼增重。
  3. 保证下班时间。
  4. 早睡早起。
  5. 寻找合适的礼服。

初稿: 2012.09.23 13:16 pm








2012-06-23

2012第25周记:被Josh的总结所启发


似乎周记要详尽一点,才有用处。不但要有总结,还有有计划,还要有展望。这样的记录,不仅仅可以用作以后的参考,还可以用来做下一周的指南

工作
    这一周,主要是在跟Josh做BaseCamp,继续CPAC的文档和重建。我的主要任务其实是给CMP写文档,还有就是给CMP的各个Stages写testing 程序的 文档和Shell。目前,我只是草草的完成了前面一向。这里面有很多我不是特别懂的地方,但是我这个星期里面
  1.  学到了用Markdown 语言写Python程序的Docstring,并且通过特定的程序将Docstring转换成RST文档,再通过Sphinx 自动将RST文档转换成网页,这样的话,可已将Docstring转换成网页,这样就有了网页格式的文档了。
  2.  写了两个CMP stages的文档
  3.  学会了使用git。目前使用的还不是命令行,而是Mac下面的客户端。这样,我所有的开发工作都是在我的Mac上进行的。我的DropBox将满,已经放不了太多东西了。我所有的code基本上都放在了Mac上面的Project 文件夹。这个文件夹会在rocky和Github上有备份。其实也可以考虑google code的。
  4. 给Steve和Dan简单讲解了C-PAC的配置并且让他们开始自己运行C-PAC了。
  5. QC了一下Rockland Sample数据,Visual Inspection并没有发现特别差的数据。
  6. 下载了ABIDE数据, Yale和San Diego的数据,还没有来得及做任何操作。应该给这些数据做备份呀。
  7. 检查Pedsns和IPN的kswapd0过载的问题,基本的原因是太多的内存被拿去做了cache,导致内存不足,系统变慢,然后Kswapd0出来整理内存。 kswapd0不是系统变慢的原因,系统变慢和kswapd0过载同是内存不足的症状。值得注意的是,这个问题在Rocky和Gelert上都存在。

    下个星期,应该做的事情有
  1. Get ABIDE data ready for Adriana
  2. Talk to Ranjit about multi-site and multi-session suport of CPAC
  3. Get Dan report
  4. Meet with Kate and Mike about Debellis' project
  5. Process Twin's data
  6. Get data ready for Digit-Span & Development project 
  7. Write Doc for more CMP stages
  8. 督促Dan写User Manual
  9. 督促Steve做更多QC。

    到周末的时候,我应该可以完成这些
  1. 完整的ABIDE data Ready for Release/Process
  2. CPAC ready for Multi-site
  3. Dan gets his report
  4. Twin's data processed
  5. Data organized for Digit Span & development Project
  6. Start next step of Debellis study (MalTreatment Project)
  7. Have Dan Started User Manual first Draft.
个人生活方面可以记录的并不多
  1. 看了电影 
    • 那些年我们追的女孩 you are the apple for my eye
    • Snatch
  2. 买了个手推车
  3. 跑步两次
  4. 每天做俯卧撑至少50个,有时做两次。
  5. 参加了公司的party,照了些照片。
  6. 继续读了 《fifty shades of Grey》
  7. 另外注意的是要查H1B的情况,争取能把签证需要材料全部都弄好。
  周末,青青就会从巴西回来了,好开心!


2012-06-09

彩虹

罗斯福岛上太阳雨
雨后美丽的彩虹

配上大烟囱, 哈哈。

我心里的彩虹,
系你在那头。







嘟嘟和小七在床上

呵呵,真羡慕兔子们呀, 吃了睡,醒来跑,跑累了再吃再睡。
只是不能每天陪他们多玩一下。
这么睡着的兔子们看上去真安静。




2012-02-25

[习惯养成]周总结 2012/02/19~02/25



前面三周没有写。原因是懒筋作怪。


周总结。


自从NKI-TRT数据发布以来,我似乎工作状态都不是太好。自我感觉是睡眠时间不够的问题。需要更早的上床睡觉。
锻炼停了好几个星期,这个周四,终于把自己弄到了健身房,去锻炼。

这个星期一直在做的事情就是Kate的数据处理。周三的时候订计划,周四周五run first level analysis。今天run second level和3rd level。一些phenotiping的东西要准备好。
FSL还是相当好用的。

本周在看的书是《nothing to envy》
接下来一周,仍有很多数据要处理。

觉得男人的情绪也有周期性的起伏,最近一段心情就不是特别好。

2012-01-28

[习惯养成]周总结 2012/01/022~01/28

=====周总结======
不小心就会变成工作狂啊。

龙年的第一周。老实说,我并没有很好的开端。
周日,也就是大年三十,我胰腺炎发作了。整个一天是在床上读过的。禁食禁水。吃了两次止吐药,两次止痛药。在止痛药得作用下频频睡去,在疼痛得作用下又频频醒来。醒着得时候就看在youtube上看袁腾飞和《康熙来了》。这和关公刮骨疗毒用的止痛法一样,分心法。不管怎么说,到了晚上8点钟左右的时候疼痛减缓,喝了几口水,没有吐,证明胃口可以接受一点点食物了。于是扶墙下楼,买了运动饮料和Smoothy饮料上楼。先喝运动饮料,补充水分和电解质。然后是smoothy,给胃一写可以用来消化的东西。因为白天的昏睡,晚上反倒不困,于是在youtube上看了个电影。

工作的事
周一
没有请假,跑去上班了。自觉仍然很虚弱。但是在家里待着自觉也待不住。去了NKI,一天都用来跑数据。顺便备份了一份数据到机器里,带回IPN去处理。后面这部做对了,因为Sharad‘s Pipeline在Cluster上很快就把空间吃光,得重新处理。
Ranjit今天开始工作。

周二,在NYU
上午是各种会和Brownbag。中午吃了西红柿蛋汤和泡菜。然后接着跑数据。晚上的时候Dr. Arno Klein的学生发来email说我们得MPRAGE有artifact。这个artifact我也注意到了,只是心里面奇怪了一下,没有质疑。没有专业素养啊。
周三,去NKI。
本来是要和Steve弄QC的事情:老板说需要弄个Documentation。对Sharad’s Pipeline也要弄。结果上午办公室网络断了,没有干成神马活。对MPRAGE问做了一下spatial filtering,试图消除artifact,未果。这个小意外又额外消耗了时间。我又重新还是在cluster上处理数据。在IPN上太慢了。主要是因为despike的原因。multiband short TR数据就是这样的,数据点多(voxel x volume)。
同Chao-gan和Mike谈了一下paper idea。要对手头的数据做一写intensive的分析。当然,是先要搞出来ICC maps。
还收到了Kara和Jinae的信,又要重新作图,为了HBM上的那篇文章。结果干到晚上2点多。
周四
Brian 给大家讲贝叶斯。我听的云里雾里的。I don't speek Math... ...
终于有一部分数据出来了,给Mike看了,并且做了个ICC map。需要更多的数据呀。DTI, rest 1400。 Stan还没有把数据push给我。心焦。
周五,
不停得骚扰Stan,向他要数据。没有回应。
开始处理DTI数据。现在DTI处理和reg是分了两个.sh script来作。这样的话,就得写另外一个script来讲两个粘合在一起呀。在cluster上,还得写一个小script来提交任务。
6点下班。Happy hour。我不能喝酒,就出来给家里打电话。妹妹告诉我,家里的外债会在今年都还清了。我自己得借贷也应该会在今年还清。我想这是龙年最好的事情吧。

阅读
看了Dr. Biswal 写的关于resting state fMRI的个人历史。总结了一下二十年的他的工作。他是这个领域的开创者。用Chao-gan的话说,没有他,就没有我们现在做的这个领域。就这篇文章来说,可以说是傲骄四溢呀。

给自己的一写忠告。
要做好三件事情:那就是吃睡玩。我之所以大年三十生病,原因正是三个:
一没吃好,总用面条糊弄嘴。
馄饨面好吃又简单,却不该常吃。即便是过年也不要放纵自己的嘴。便宜了嘴,身体受不了。
二没睡好:经常过了半夜才上床。
晚睡,早起,精神就不好。工作多更应该注意休息。睡不好,把锻炼身体的时间都占去了。记忆力,注意力都会减退的。
三没玩好:
我不会玩儿。积累的工作压力无从释放。不知不觉亚健康了都不知道。

要好好的活着。

2012-01-21

[习惯养成]周总结 2012/01/015~01/21


这一周,感觉很紧张呀。
周一是节日,我去加班了,同Chao-gan一起。发现周末的时候办公室好像没有暖气,但也不冷。
周二的时候在NYU,Brown bag,post-doc meeting,Journal club。
周三的时候在NKI工作。
周四周五在CMI。 Typical。
周六在家里工作了一天。

这一周目标是NKI TRT数据处理完毕,然后做ICC map。结果没有完成。没有完成的原因是因为数据处理的Pipeline没有最终完成。
我主要做的工作是
1) 把所有的原始数据放到一个地方集中保管存放。使用script生成数据处理的目录结构,然后在合适得文件夹中使用soft link 链接到原始数据。这样就能保证数据与分析分开管理。
2)在IPN server上和gelert cluster上试验Sharad's的pipeline,把Sharad叫到我身边一起工作了两天,基本上script可以使用了。但是gelert却down了! 我多数数据都在上面。希望周一的时候它能活过来。
3)按照Jennifer的要求做了几个图。她在做paper的revision
4)给Melanie做了 inter-rator reliability的分析。结果她给我得数据有误。周四得时候给了我新的数据,但我到现在都没有时间来进行再次处理。
5)跟UMN 的Steen Moeller 往来通信,试图解决Matlab recon的问题。到现在位置得到三次code得update。希望这次之后就一起OK了。
6)跟 Junqiang, Gordon, Wang 和NKI得 Dr Matt Hotpman取得联系,问了DTI相关的问题。Matt指出我的DTI处理结果看上去有问题。Gordon给了个解决方案,还没有试验。
7)Deface 了一些Anat MRI数据,交给了 Dr. Arno Klein。
周六也工作了一天。好累。明天好好休息。神马也不做!

青青穿了汉服去上课,回来给我发了照片。不错

娱乐,基本上没有做什么。接着读《unbroken》这书好长,这都好几个星期了,我读了一半都不到。
锻炼了一次。
健康:
这周睡得都很晚,有三次3 am才睡,8点就起床了。

朋友:
Lingxi和Nic快要来NYC啦。


然后,今年很有可能我有生以来第一次一个人过春节吧。
春节快乐!

2012-01-14

[习惯养成]周总结 2012/01/08~01/14


这一周总的感觉是累。很多事情都没有能安排好。整天疲惫,脸上又起包了。苦逼的一周。
需要时间来重新来校正一下自己。要开始锻炼 并且track自己每天的工作时间!
这周是OHBM的abstract deadline。我没有提交任何东西。Chao-Gan, Brian 和 Lingxi 提交的abstracts 把我列为了co-author


工作:
看了一下自己上周的工作计划,完成度在80%左右。
1 DTI 数据
全部用recon处理了一遍,36个文件中17个失败。
剩下的数据,已经生成了FA maps,下一步是要把他们进行空间对准,然后是ICC map。目前进度是空间对准又问题。
2 Sharad‘s Pipeline
 对比了fcon bash script和Sharad's pipeline, 结果一致。
 顺便升级了自己改编的那个bash scipt到最新版本,可以使用非线性对准。
3 得到了更多的REST_CAP 数据,需要进一步处理,然后生成ICC map,mike
4 拿到了一些REST_645 和REST_1400的数据,下一周要开始处理他们,需要弄一个data repository
5 开始recon eye movement 数据
6 给了Josh 安装软件的code。下一步需要处理DTI数据,使用nipype
7 修改了paper,交给了J,有两个比较难的问题我不知道怎么回答。


其他需要做的:
why DTI recon fail?
why 4022_2's eyemovement_645 data look odd?
这一写总结,把下周要做的事情的大概也整理出来了。不错。
找到UG07的原始数据,plot histogram, 确定是否有express saccade


阅读: 接着读《unbroken》


其他:
回家的路上遇到两个艺人在N车上表演。一个base一个吉他,各有一个音箱。不记得他们时在哪一站上的,估计是在Union Square。反正他们一直在我们的车厢弹,弹了得有7,8站,至少半小时。我本来说自己不要在地铁上随便给人钱了,可是他们弹了一曲超级马力,立即就把我征服了。一路上他们还弹了The Beatles 和Michael Jackson,还有许多好听的歌。一周一来的stress就这样,被两个街头艺人大约半个小时的表演,一扫而空了!


看了机票,计划下周二三买票,2月份飞去NC看mm。


加油!