[习惯养成]周总结 2011/12/25～12/31

25日圣诞，生病了，在普林斯顿大学的医疗中心住了院。

周一的时候不痛了，要求出院。医生有所不满，认为我们不相信她。但我自己自信自己不需再住院。遂签了出院状，一切后果自负，与医生医院无关。也不知道这样会不会影响医疗保险。 当天开车回家。

周二请假，在家休息。开始正常进食。

周三上班，去NKI。主要做两件事情：一传数据，NKI trt数据。二，在JHU的server上安装软件。好几个软件都需要从source code 开始，build然后安装到自己的home－－因为没有权限。

周四，主要是配合Sharad折腾pipeline处理数据，和recon NKI TRT数据。

周五，主要是ICC maps on NKI TRT数据，讨论BASC结果。给洪英践行。

最近阅读 《unbroken: 》

最近没有锻炼。

[习惯养成]周总结 2011/12/18～12/24

今天晚上是平安夜。

这个周总结不太好写。原因是我每天都没有能写晨间日记，而基本上所有的日记都是刚刚补上的。这样的话也就少了很多细节。

女友来纽约的第二周，我的生活已然节奏稳定了许多。上一周我的周总结根本就没写，因为女友最重要，写字这样的事情可以放在后面。

上周末做了包子，送给同事几个。

这一周我没有锻炼身体。因为没有早起，而下班后有不想太晚回家。

我看了一本小说陀思妥耶夫斯基的《温顺的女性》，在读书中文网下载的版面还原PDF，观者制作。。看小说比看其他类型的书籍快好多呀。书中是两个小说，一篇就是书名，另外一篇《小英雄》。这种第一人称视角的小说读来像内心独白，或者是透过别人的眼睛来观察世界。同时又有自己的观察和判断。比较喜欢这种阅读感觉。

这一周的工作主要还是BASC和pipeline学习。周四的时候去了NKI学习retro recon。周五的时候老板说下个星期要push许多数据，完成recon。

认识了一个新人，来和Mike做master Thesis的学生。会共同工作一段时间。

给青青过了生日，买了首饰做礼物，还有花和好吃的蛋糕。去了粥之家吃饭，感觉很好。

说道吃饭，还去过一家在4 ave 和 10 St上的一风堂吃饭。比较贵，但是味道很好的日式汤面。

周五晚上驱车到New Jersey，到朋友家过圣诞。一起吃了火锅。

Brett 催我的paper了。我要尽快完成。

具体的回忆我基本上都写在了补充的日记里，就不在这里回顾了。

好长时间没有跟家里打电话了。早上跟妹妹聊了一下。

新年快到了，应该考虑做一个年度总结了。也可以大概计划一下，做一下展望。下周回顾一下自己所有的日记吧。

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周一：Compcor code

周二：早上9点到达IPN。

首先是Camille 报告她的工作，resting state fMRI与智商的关系。说实话，我没有特别听进去。
Postdoc meeting。Mike参与了回忆，跟大家做了一下年度的总结和展望。一个是要get postdocs involved in grant writing，一个就是强调大家method重要，但不是全部，为了职业做考虑，还要把自己的研究纳入到一个主题中去。

BASC。Manu帮助我和Hongying进行数据处理，写了T－test 的code。我处理了NYU tRT数据，用不同的correction theme。需要找时间来把所有的数据整理一下然后向老板报告。

周三：和Sharad一起工作，学习Nipype。一起go over了Nipepy的网站，了解了一下Nipype是怎样工作的。

准备需要在Josh的server上部署Nipepy，以及相关的数据处理软件，进行数据分析。
晚上和女友一起逛Union Square的集市，她丢了毛线帽子，然后去forever 21又重新买了一个，不同的颜色。我看好了可以给她买生日礼物的店。不过最终礼物不是在那里买的。
周四：
NKI学习 recon
在jhu.edu的server上部署各种程序。学习从source code安装程序，很有意思。
青青的生日。
周五：
Basc
跟老板开会，为下一周工作定方向和任务。
来祖祖家过圣诞，吃了火锅。

[习惯养成]周总结 2011/12/5～12/10

身体：

本周锻炼3次，周二没去是因为前一天练得很累，早上起晚了。周三没去是因为地铁晚点，生生的把时间给耽误过去了。

周四开始采用一套新的锻炼流程，周四和周五上下身各练了一次，到现在肌肉还有酸痛感，证明效果不错。

周五下午开始鼻子不通气，要感冒。因此肌肉酸痛也许是感冒症状？

读书：

读完了出轨的往常。女友给我发的电子版，不知道是不是全本。作者的写法不是严谨的做学问式的写史，而是有戏说的成分。读着就是图一个乐。我看作者的目的也就是这个。

重新复习了若干时间管理／精力管理／读书方法／自我提升的网文。

社交：

开始在renren和QQ上花点儿时间。我平时用的社交工具都是国外的，国内的朋友都无法登录。以前很排斥国内的网站和聊天工具。现在仍是。但是不能因为排斥工具，连国内的朋友都断了联系呀。重要的是人。

比如知道了宝成在民航学院教书，而且仍然单身。知道了miaomiao在参与最新的那本FMRI 数据分析手册的翻译。

同实验室的同事祖父去世，却不能回国奔丧。悲伤之际给我打来电话诉说。我很欣慰有朋友在遇到事情时想到我。亲人离世令人悲恸。但愿早日走节哀。好消息是他的夫人也怀孕了。先人升天，后人入世。一悲一喜，何等人生！

同Clare聊天，她参加NYC runners club的一个训练课程。每周几天下班后去跑步训练。十次训练$100.

工作：

BASC

是代码搞好了。红英也把数据准备的差不多了，我们下星期可以开始处理了。准备做海马。

Kate的数据

先是用AFNI处理对准做的很差，试验了用REST，结果很好，但是得先把数据传输到IPN。这个工作我还没有做，因为在两个只能靠VPN链接的服务器之间传数据，是非常让人头疼的。

于是又试用了Fcon 的代码。这个运行到一般的时候，服务器硬盘满了。我不知道代码的完成度有多少。80几个被试，并行计算的，也很难知道谁完成了谁没有。我看比较容易的方法是把所有的结果都删除，然后再重新来一次。

Rockland short TR TRT数据

拿到手了第一批数据，都是T1像和用来做基准的REST fMRI （CAP）。Short TR的数据还没有到手。先完成了自动从Dicom到NIFTI的代码，并且运行成功。下一步是修改预处理的代码，可能涉及到重新调整目录结构。把目前的Session／runs的层级目录调成Session?run?/ 形式的单层目录，以求对Fcon 代码的最少改动。 

我还得对我自己修改过的Fcon 代码进行注释工作和版本控制。不然的话，版本一多就乱了。现在的版本，在Gelert的short_TR 和Debellis目录下各一个，在IPN的Ipsetica_nyu_trt目录下还有一个。这是目前能想的起来的。

BrainNetViewer， 

同事Chao－gan 编译了Linux和Mac版本。回头也许编译一个windows版本吧。

我在虚拟机里面装了一个matlab，也可以干这个事情。

FSL

还是没有搞清楚如何用它做t－test。用Gui是行不通的，至少比我想象的还要麻烦。FSL的作者建议我去ongflameo的命令行去做这件事情。我还没有开始弄。应该给Chao－gan发信，跟他说一下。

Compcor

Brian 写了Compcor 的程序，我修改了fcon script，把它应用到了数据处理流程里面。周六的工作就是做了这件事。用改动过的代码处理了24个被试。下周上班的时候要去看这个数据。

最后，发现我的记时工具设置的很有问提，应当每个任务都设定一个project，这样，在看周总结的时候，才会更明了。这个工具，要更好的研究一下。

[习惯养成]周总结 2011/11/27～12/3

• 本周锻炼4次，一会儿还要去，凑成5次。
• 本周认识了Zarrar，他以前同我老板工作过，现在仍然有和坐。目前在Yale。
• 本周工作出了一小点儿插曲，不过顺利解决。需要感谢的人：Brett Lullo，Chao－Gan和老板。
• 本周Maarten回国了。
• 本周帮助Vilma做表，帮助Amy Roy和Jennifer group做surface map。
• 本周阅读：脱轨的王朝
• mm还有一个星期就来找我啦！
• 本周进入了12月。11月一共消费了524刀。比以前要多写，主要是因为感恩节放假的是后出去玩了一下。

＝＝＝＝＝周记 11月27 ～ 12月2日 ＝＝＝＝＝＝

周日，27日，本来是应该改文章的，可是硬是没有工作的心情。下午接近傍晚的时候刀了36街附近的一个名叫Green Fig的咖啡馆坐了一下，要了一杯茶，跟一个目前有些抑郁的朋友通过G-chat 聊天聊到咖啡店关门，希望她能尽快振作起来。

晚上的时候修改了一下数据处理的流程程序。

周一，28日。主要用来为一篇paper的表格来添加数据。比较枯燥。终于在下班前给搞定，发出去了。

今天认识了Zarrar。他来参加Maarten的告别晚餐聚会。他跟我们介绍了他的工作，我们也互相介绍了我们的。他是CWAS的作者。

周二，29日。

Brian的brownbag，讲Medium Angel correction。原理我没太听明白，结果比较有意思。PC1同Global Signal 高度相关，但不是百分百这样：有一个被试的PC2跟Global signal强相关。Medium Angel correction是用来替代global signal correction的。

跟Melanie meeting。问了我许多关于实验设计的问题。后来我跟我的老板Mike谈，他认为以后这些问题直接转给他就行了。我也乐于这么做。

因为Mike从周三起出差，我去跟他聊了一下我的工作重点。（Compcor，connectome mapper和fcon pipeline），可实际我这周没有碰这些东西。靠。

跟Manu meet了一下，了解了要用BASC所需要注意的事情。我给帮助红英学会使用这个script，不过我之前得先改一下。

我用虚拟机clone的win7忽然报不是正版，花了点时间研究了一下问题所在，最后只能盗版激活。可恶。

周三，30日

处理Kate's 数据，发现这个数据的regression matrix会比较复杂，首先，不能把Scrambled face这个条件放进Model，其次，mixed design的regressor我还真不知道怎么做，需要去AFNI的论坛上去问问高手们。

拿到了Swiffer Sweep，在家里试了一下，狠好用。配有湿巾和干巾，擦地变得方便多了。

周四，12月1日

决定带个牙刷放到办公室，可以去Gym的时候用。于是早上去健身房的时候，在CVS买了牙刷子。

处理了一下Melanie的数据，结果还算不错的。帮她做了一下随机分配控制组和实验组。

然后开始出了Kate's 数据。这些数据我开始用的是我在UGA带来的pipeline处理，检查发现数据有问题，很多人的EPI像与Anat像之间有比较大的位移，自动对准算法不能解决这个问题。

 把IPN整得连不上，很可能是因为它连上VPN之后，其他局域网内机器就看不到它了！！干道半夜1点钟了。我还是很高兴我当晚解决问题。给老板写了email汇报，然后回家。Brett Lullo给我很大帮助

一个插曲。我戒烟很久了，上次抽烟都忘记什么时候了。可是做完了IPN这件事后，就非常想抽烟。内心挣扎了一下，决定去买一盒。半夜的时候，开门的店不多，我正在寻找的时候，一个黑人拦住了我，跟我说他从佛罗里达来，刚刚丢了工作，钱很快就花光了。家里还又小孩子，没钱买奶粉尿布。我想了想，无论他说的是真的还是假的（我相信是真的），我应该帮他一下。因为如果是真的，开口向路人乞讨，是需要很大勇气的。而且，如果我不帮他，我多半会把钱浪费到烟上，说不定我买了烟还会后悔：这个东西对我的身体不好，而且纽约的烟价格是其他地方狄槐丁Ｓ谑牵

到家已经2：30，洗洗睡了。

对了，今天还有人在地铁里面表演街舞，在狭小的空间里闪转腾挪的，狠精彩。我还给了它们一块钱。

12月第一天的花费，有三分之一是这样花出去的。

周五 12月2日

周五因为前一天晚睡的缘故，起床的时候已经9点了，知道自己已经没有时间去健身房了，于是在家里洗澡，做饭吃饭，10点钟出门，11点钟到工作的地方，开始工作。

工作的重点还是处理Kate的数据。试验了几个大位移的数据，alignment和Normalization的结果很好。但是用MRIcroN观察数据的时候，发现了一种伪迹，DPARSF没有能将其去除。需要用AFNI对比一下，看看是不是有同样的问题。周一的时候跟Chao-Gan探讨一下这个问题。

周六，12月3日

也就是今天了。

今天打算，锻炼身体

去看一两处房子。

去CMI整理一下下周得工作。

去买菜。

以上。