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2014-01-21

Freesurfer 2013 course: Videos and PPTs

Intro
The developers of (FreeSurfer)[www.freesurfer.net] have put videos of their 2013 training course online to YouTube. The PowerPoint slides they used in the course are also freely distributed on their website. This gives the new Freesurfer users like me a great way to learn about this neuroimaging data processing and analysis tool. I am truly thankful for the generous of the FreeSerfer team for making the course lectures available online. It is really nice that I can take the courses in my own time and on my own pace. And it does not really cost me anything. All I need is, well, to fight with my procrastination.
One thing I found not very good is that the videos on the FreeSurfer YouTube channel is not organized well enough. I had to constantly refer back to the course schedule to figure out which video should I watch after one ends. So I pulled all the links for the videos and corresponding slides together and arranged them according to the course schedule. The organized links are shared below.
Please note that only the talk session were put online. Most of the tutorials and demonstrations module of the course were not available in the form of videos. There are, however, the web links to the tutorial materials (which I also have the links) are available. It is very important to go through the tutorials if you really want to master the Freesurfer software. Hope the organized links are useful to you. Cheers~~
Course Videos and Links
Day 1
1.1 Tutorial: Unix Tutorial for FreeSurfer Users
1.2 Talk: Introduction To FreeSurfer Jargon
1.3 Talk: Introduction To FreeSurfer
1.4 Talk: Analyzing the Individual Subject
1.5 Talk: A Non-physicist’s Intro to MR
1.6 Demo: Freeview/Tksurfer Demostration
N/A
1.7 Tutorial: Interaction with Individual Subject Data Tutorial
1.8 Talk: FreeSurfer Troubleshooting
1.9 Demo: Quality Checking a Recon
1.10 Tutorial: Troubleshooting Tutorial
1.11 Talk: Question and Answer Session (Answers to online questions here)
  • Video: N/A
  • Questions Online: access
Day 2:
2.1 Talk: Surface-based Analysis: Intersubject Smoothing & Registration
2.2 Talk: Group Analysis
2.3 Tutorial: Group Analysis Tutorial:
2.4 Talk: Multiple Comparisons
2.5 Demo: QDEC demonstration
  • N/A
2.6 Tutorial: Multiple Comparisons Tutorial
2.7 Tutorial: QDEC Tutorial
2.8 Talk: ROI Analysis
2.9 Tutorial: ROI Analysis Tutorial
2.10 Talk: Longitudinal FreeSurfer
2.11 Tutorial: Longitudinal Tutorial
Day 3
3.1 Talk: Multi-Modal Integration, Part 1
3.2 Tutorial: Multi-Modal Integration Tutorial, Part 1
3.3 Talk: Introduction to Diffusion MRI
3.4 Tutorial: Diffusion Processing Tutorial
3.5 Talk: TRActs Constrained by UnderLying Anatomy (TRACULA)
3.6 Tutorial: Tracula Tutorial
3.7 Talk: Multi-Modal Integration, Part 2
3.8 Tutorial: Multi-Modal Integration Tutorial, Part 2
3.9 Talk: MRI Acquisition Methods For Morphometry
3.10 Talk: Motion-compensated neuroanatomical imaging
3.11 Talk: Registration Methods
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2008-12-19

[心理视频]TED讲座：ECT

【conge 按】ECT，全称为electroconvulsive therapy，也就是电击疗法。这种疗法电击的部位，不是别处，而是人类最引以为傲的大脑。这种疗法最开始是为了治疗癫痫。人们那时候知道癫痫实际上是大脑神经元的放电紊乱，预示医生们就产生了用外部电流刺激来使得这种紊乱得以平息。在治疗过程中发现这种疗法对癫痫病人的情绪有积极的影响。后来经过验证，这种疗法对抑郁有治疗效果。后来医生们又尝试用电击疗法质量其他情感/情绪障碍，包括躁狂（Minia），双极症（Bipolar），精神分裂症，紧张症（Catatonia ）等等。尽管由于严重的副作用，ECT现在很少被采用，但是对于那些对药物和心理治疗没有作用的深度抑郁症患者来说，这种疗法仍然是唯一可能有效的方法。
另外说一句，ECT最大的副作用是影响人的记忆，它可能会将你的记忆抹去一部分。至于是哪一部分，不是人能控制的。
TED的这个视频讲座对ECT有一个比较概况的介绍。 Enjoy！

视频简介：
题目： Sherwin Nuland: My history of electroshock therapy
简介 A surgeon/author who underwent ECT (electroconvulsive therapy, commonly called electroshock) for depression gives an eloquent talk on its history and his own experience struggling with depression and its treatments until ECT helped him. There are many flames as well as compliments in the comments; few mental health issues are as divisive and controversial as ECT. However, this is not a pollyanna portrayal.
制作： TED Talks
主讲： Sherwin Nuland
格式： Flash, MP4
日期： **/02/01
时长：00:22:18
链接： http://www.ted.com/index.php/talks/sherwin_nuland_on_electroshock_therapy.html

视频内容：
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2008-05-31

[心理视频]精神分裂


关于精神分裂症(Schizophrenia)，你知道多少？提起精神分裂症你又会想起什么？精神分裂症病人是不是对别人很危险？精神分裂究竟是什么意思？精神分裂症病人会有哪些症状？
不知道我为什么会以这么多的问题来开始这篇目的为推荐一段电视节目的文章，但是我确实知道的是，还有更多的问题可以放在这个问题单子上，而且，这些问题没有多少人能完全正确回答。
很多人将精神分裂与多重人格障碍想混淆，以为精神分裂的表现就是不同的人格交替出现。这种错误的认识多半是拜各种有关多重人格障碍的小说，电影，电视等所赐吧。而实际上，多重人格障碍实际上叫做人格分裂，也就是在一个人身上表现出完全不同的两个或多个人格。关于这个我不多说，感兴趣的可以看看《致命ID》这个部电影。
与人格分裂相比，而精神分裂完全是另外一回事。简单的来说，精神分裂的分裂是指思维、情感、行为的分裂，是指精神活动与外界环境的脱节。精神分裂症患者人不能正确的根据外在的环境进行反应，其行为与外部现实之间完全脱轨。关于精神分裂症的一个简单介绍请见这里。
虽然精神分裂症是一种发病率较高的精神疾病，但是由于普通人对于精神分裂症病人一般多怀有恐惧心理，而在中国，家中有人患有精神疾病这样的事情绝对会被当作家丑来加以掩盖。而精神分离症患者，基本也都会被家人限制自由（精神分裂症患者发起病来很容易走失或者自我伤害，这时是需要有人加以照顾的）。这许多原因加在一起使得人们对这方面的知识相对比较缺乏。而这又使得精神分裂症病人在当前的社会环境下要面对种种困难。
实际上，精神分裂症病人并不是我们想像的那么可怕，他们通常不会伤害他人（相反的，他们伤害的目标多指向自己）。他们有的会出现幻觉，听到看到并不存在的声音或者事物；有的会出现妄想，比如有人要加害于他们，或者他们身份非常重要，或者妄想自己有超级能力...;有的会出现各种思维障碍，胡言乱语，认为别人可以读他们的心思，认为有人把想法硬塞到他们的头脑当中；有的则出现没有缘由的情绪启发变化（大发脾气或者伤心哭泣）或者对任何事情都没有情绪反应；重复周围人的动作或者语言，活动减少甚至有可能会像蜡像一样长时间一动不动...。但这一切，都说不上对周围的人和事会产生直接的伤害。
精神分裂症患者在不发病时通常人没有多少区别的，至少他们的智能健全，也可以劳动。这里顺便提一部电影，奥斯卡获奖影片《美丽心灵》(A Beatiful in Mind，本问的题图就是该片的海报）。这部片子是根据1994年诺贝尔经济学奖纳什(Jr.John Forbe Nash)的真实故事改编的。数学家纳什拥有超人的数学天赋，但精神分裂症使他遭受巨大的阻碍。影片讲述的了他战胜与精神分裂症斗争，并于1994年获得诺贝尔奖的故事。啊，不过这并不是本文要推荐的视频。
本来是推荐视频的，不小心拉拉杂杂的说了不少。其实，百闻不如一见，精神分裂症究竟是什么样的还是通过下面的这个视频向大家介绍一下吧。这个视频是美国MTV频道的True Life系列的一集，名字叫做“I Have Schizophrenia”<我有精神分裂症>，跟着展示三个患有精神分裂症的年轻人的日常生活，包括了他们的工作，学习，生活，与家人和朋友的互动，也包括对他们家人的采访。通过这个节目，希望大家能对精神分裂症有一个直观的了解，知道精神分裂症患者日常生活中遇到的种种困难与痛苦。如果你的周围有这样的朋友，不妨多给他们些关爱与支持。

我推荐这个视频还有另外一个理由：我的导师的研究兴趣之一，就是精神分裂症，我每周也都接触这样或那样的病人。他们都非常友好，个性各不相同。而对于精神分裂症不了解的人通常在给他们打上“精神分裂症”这个标签后就对他们不加区别的归于一类。而这种归类又充满了偏见。我不希望这样的事情继续下去。如果你有几十分钟的时间，就和我一起来看看这三个患有严重精神疾患的年轻人的故事吧。
http://www.mtv.com/overdrive/?id=1586145&vid=234646


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2008-05-21

[心理视频]EEG/fMRI结合的脑成像研究


Jan de Munck
EEG/ERP（脑电图/事件相关电位）和fMRI是脑成像研究中经常用到的研究方法，前者在被试的头皮记录大脑的电活动，后者则多记录大脑中的血液动力学信号。两者相比较而言各有优劣：EEG记录的电活动发生的相当迅速，记录的时间精度可达到1毫秒（千分之一秒），这种精度可以说是对大脑的实时记录了。而fMRI记录的信号-通常是血氧水平相关（blood-oxygen-level-dependent，BOLD）信号-则反应较慢，需要几秒至几十秒的时间才能达到峰值，而且由于fMRI的硬件的限制，对整个大脑的扫描成像通常需要1秒到3秒的时间。
而从定位的角度来讲，EEG就比不过fMRI了。目前我做听说过的最先进的EEG记录系统有512个记录电极，它最多能同时在头皮的512个点上记录数据。而且由于大脑电活动在传导到头皮之前是可能改变方向的，因此很难直接从EEG数据中得到这些活动发生的准确地点。另外，由于电信号会衰减，EEG也就很难拾取到大脑内部深层结构的活动，只能记录大脑皮层的电信号。这就造成EEG/ERP研究的定位不是十分可靠——当然科学家们正在想法设法运用各种数学模型和算法来提高EEG/ERP的定位精度。与EEG/ERP相比，fMRI则有着无可比拟的定位精度——精确到毫米。这意味着，一旦我们发现与实验任务相关的信号，我们可以精确的判断出来这个信号来自何处。
简单总结一下，EEG有着很高的时间精度，我们却很难从中得知信号来自何方。我们知道大脑在执行某任务时的变化却不知道此那个脑区对这些变化负责。而fMRI可以告诉我们当我们执行某任务时那一部分大脑最为活跃，可是却又不能知道它干了些啥。很痛苦，哈。
说道这里，我猜你有话要说了吧我的读者？为什么不把两者结合起来呢？用EEG告诉我们大脑在干什么，用fMRI告诉我们究竟是那一部分大脑在做这件事，从而在时间和空间结合的角度上来研究我们的大脑功能。嘿，科学家们也这么想，不过真正这样做的却不多。这里面的原因是多样的。首先，EEG和BOLD信号在性质上不同，我们必须想办法找到把它们关联起来的方法。这就要做很多的工作，包括去除两种信号中的种种噪音和环境的影响，包括数学模型的建立，还要找到能用这两种方法都可以有效进行研究的实验任务，等等等等.... ....
我一直有兴趣能将不同的脑成像方法结合起来进行做通道的研究，现在机会来了。我们实验室最近决定向这个方向发展一下，起因在于一个在我们实验室工作的本科生Will对这个感兴趣，想往这个方向发展。我们实验室同时拥有EEG,MEG(脑磁图)记录仪和MRI扫描仪，而且这些仪器都在一处，这样的实验室配置放眼全世界也屈指可数。这样方便的条件使得这个想法能得以轻松的实现。我的导师制定我来帮助Will共同进行这个方向的研究，大概是看定我既有EEG/ERP研究经验，又有fMRI研究经验吧。虽然我研究生时完成过几个ERP实验，又学习了一年多的fMRI，但是对这两个领域自认只知皮毛。不过我想这个新的项目可能让我能学到更多，获得更多的研究经验。虽然难度小不了，但是我还是小小的兴奋起来。
今天在查资料的时候发现了videolectures.net这个网站上有几个讲座视频是探讨这个问题，觉得很有启发，把它们放到这里，同心理学爱好者们共享，希望不久的将来，我也能跟大家分享我的心得。




EEG/fMRI correlation analysis. A data and model driven approach

Jan de Munck



Multimodal Imaging: EEG-fMRI integration

Tom Eichele
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2007-07-25

[心理视频]小汽车



这个视频太有意思啦！大家知道这是属于哪种是视错觉么？

Via Neatorama and the Presurfer
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2007-07-14

[心理视频]Barry Schwartz——选择的悖论


【conge点评】走进学校食堂或者公司附近的餐馆，你是不是觉得菜就那么几个，早就吃腻了？打开衣橱，你是不是也经常发现这些衣服鞋子包总是太少，需要买新的？打开电视，你是不是认为频道虽然多，可是节目都是一个味儿，多看一会儿就得吐？遇到这种事情时，我们总是不由自主的想，要是能多些选择就好了。
从常识出发，我们总相信选择越多越好，相信更多的选择会让我们更加自由，而选择的自由则是个人幸福所必不可少的。然而，事实果然如我们所想的那样么？让我们来听听心理学家Barry Schwartz的说法吧。 这个演讲为英文，无字幕。

演讲题目：选择的悖论（ The Paradox of Choice）
演讲者：Barry Schwartz
简介：在这个演讲中，心理学家Barry Schwartz将矛头直接指向了西方社会的“选择的自由能通向个人幸福”这一核心价值观。 Schwartz认为，那些选择只会让我们变得痛苦而不是幸福。过多的选择使我们对自己有太高的期望，一边选择一边质疑自己的选择。一旦发现自己的选择不是最好的，又会后悔不已，将所有的过错都怪罪于自己。在演讲中，Schwartz例举了我们每天要做出的许多中选择，从消费品（牛仔裤，电视节目，调味品）到生活方式（去哪里定居，做什么工作，和谁结婚，何时结婚等...），无所不包。 通过这些例子，Schwartzis强调：太多的选择会降低幸福感。
制作：TED Talks
格式： Flash embed
日期： **/07/05
时长： 00:19:48
原文链接： http://www.ted.com/talks/view/id/93
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2007-06-17

[心理视频]什么将我们与黑猩猩区别开


如果你有半个小时的时间无所事事，你会干什么呢？ 玩游戏？做白日梦？上网看笑话或者美女？看电视？ 睡一小觉？ 这些都很好，都没有问题。 但是我建议，你还可以来看看珍妮珍妮·古道尔博士这段演讲。

珍妮·古道尔不是心理学家，她是一位英国灵长类学家，环保主义者。但是如果细究起来，她的工作同心理学的一个分支--比较心理学--有着非常紧密的联系。所有的心理学家，无论是她的赞成者还是反对者，都对她的工作心怀敬畏。她对黑猩猩的野外研究使她蜚声全世界。她本人也多次来中国进行演讲，但是由于种种原因我都没能亲临现场。拜互联网所赐，你现在可以轻松的找到这些演讲，感受大师的风采。

下面我给大家推荐的演讲的题目是：《什么将我们与黑猩猩区别开》。 不知道你是不是知道这样一个事实：人类与黑猩猩的基因上的相同之处有99.7%之多。你能相信么？那0.3%的基因的差别，使得我们同黑猩猩之间看上去有那么大的差别。 究竟我们与黑猩猩有着多大的差别呢？这个演讲会给你一些答案，一些启迪。

短短半小时的演讲，珍妮·古道尔将她的研究成果娓娓道来，其中穿插些研究过程中的趣事。演讲信息丰富又生动有趣，毫不枯燥。不知不觉中你就会学到很多东西，丝毫感觉不到半小时就这么过去了。 我也不啰唆了，大家来聆听，来思考吧。


本演讲视频来自TED，TED上还有非常多的其他主题的演讲，主题包括科技，娱乐，设计，科学，哲学，文化，艺术，商业和全球热点问题等等，演讲人都是各行业的领军人物。

Link to:Jane Goodall 的演讲 on TED。

文章原创by conge
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2007-06-13

[心理视频]展示各种脑损伤的flash动画


神经心理学的一项重要内容就是研究脑损伤给人带来的心理及行为变化。而脑损伤的诊断与治疗，则是临床医学外科或者内科的事儿，作为心理学专业的学生，我们通常只能通过教科书上的文字或者图片描述这些相对较为抽象的方式来获取脑损伤相关知识。
现在好了，脑损伤资源网站Neuroskill有一个各种脑损伤的 动画教程,形象的向公众展示这种脑损伤是如何影响大脑的。


当然，动画不是真实的大脑，不过用动画的形式可以避免你看到那些血淋淋的甚至坏死的大脑（我相信有些人看到真实的损伤器官会吐的:)）。这些动画避免了上面的问题，而又清楚的展现了这些损伤的过程，清楚而又清晰。你可以反复观看以获得你想要的知识

这些动画包括了脑出血，枪击，对侧损伤，弥散性损伤等对大脑的伤害过程，甚至还有神经元损伤的过程。也有一些动画是向你展示我们大脑的各个功能区域的，个人觉得非常不错



链接 to Neuroskills 的动画页（英文）。


conge译自 Mind Hacks
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2007-06-09

[心理视频]错觉建筑物

唠叨几句，如果你看过普通心理学的教科书，那你肯定对于视觉错觉不会陌生。 如果你没读过，你可以在收心阁找找看，这里有好几本这样的书。 相信我，即便你不喜欢读介绍错觉原理的文字，那些有趣的图形也一定会讨你喜欢的。尽管已经很酷了，那些错觉，无论是二维空间错觉还是三维空间错觉，都是印在书本上的二维图形。OK，也许你也看过三维立体的，那么它们是不是基本上都是电脑上制作合成的呢。 绝对那些已经很棒了? 那是因为你没见过更棒的！下面介绍的这个，但我敢打赌绝对是你见过的最酷的！



Via: Omni Brain
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2007-05-31

[心理视频]反毒品广告: 吸食大脑

【conge友情提示】本视频包含有比较恶心的场面，如果你正在吃东西，或者心情相当不错，建议你不必看了。不过如果你有吸毒的朋友，一定要转给他/她。


题目：反毒品广告：吸食大脑
简介：本片非常形象的告诉人们，吸毒，就是一步步的吃掉自己的大脑。当然，劝人不吸毒有多种办法，但是我们的公共服务机构为什么不更诚实一点而呢。也有一些评论者认为这个广告是在是太恶心了。除了让人觉得想吐之外，估计也达不到什么好的效果。
出品：未知，可能是新西兰
格式：Flash
日期：未知
时长：30秒
链接：http://www.toxicjunction.com/get.asp?i=V1567

转自 Omni Brain

原文：
title Anti drugs commercial: Eating your brain.
description "A very graphic, but very cool anti drugs commercial that shows you are literally eating your brains bits by bits every time you take drugs." Uh-huh. There are good reasons to not take illicit substances, but couldn't they be more honest about them in a public service announcement? Metaphor, right. But as one commenter said, "That's one nasty commercial. Would it do any good except make people throw up tho?"
producer unknown, possibly New Zealand
featuring actors
format Flash embed
date unknown
length 00:00:30
link http://www.toxicjunction.com/get.asp?i=V1567
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