[习惯养成]2012第43周记：飓风Sandy

10月底11月初的这一周，正是飓风 Sandy 降临的日子。网上有人把Sandy音译成三弟，这个三弟可真是，给纽约带来了不小的麻烦。

关于Sandy的警报，早在这周之前就出了。纽约市被标记成了ABCD四种区域，A区是要疏散的。而我住的罗斯福岛属于B区域，如果事态过于恶劣，也可能会是实行疏散的地区。但是最终我们也没有疏散。

28日的时候风就已经起来了，但是我还是跑到了Elmhurst，主要目的是买一个保温水壶。有了这水壶，冬天出行的话，就有热水可以喝了。买了水壶之后还在老北方喝了粥才回家。回家路上听说地铁晚上7点就会停运，于是觉得事态可能会严重，于是就跑去Whole Foods去采购。结果那里人太多，于是自己就没有了买东西的兴致，而且估计家里的吃的至少可以坚持三天，于是我就回去了。
现在想来，这次这样掉以轻心还来自于去年飓风Irene来是的经验：那次也是警告了半天，结果睡了一觉就风平浪静了。 有了这样的“宝贵经验”，我也就放心的空着手从商店回家了。不过回家前特意跑了一次办公室，把电脑取了回家，想着万一风后不能去办公室的话，还可以在家里工作。

周一，没有出门，公司的邮件也说了不要去上班，不但周一不去，周二也不去。在家里听着风声，处理了一些邮件，然后就开始让电脑跑Matlab程序。窗外的风很大，与树叶的互动就像是王小波描写过的那样，大意“风跟树抢夺叶子”，而那叶子则像“旋风卷起的纸钱灰”，好像要把人撞开似的。晚上的时候停了电。我出门看了看，我们这幢大楼好像只有我们这边停了电，另外半边则好好的。
停电了，我也没有手电筒。拉窗帘的时候看到east river的水暴涨啊，都快要上岸了。我看了一会儿觉得再看下去自己会承受不了，于是乎放下窗帘睡觉去了。

周二，在停电中醒来。拉起窗帘望了望East river，水位下去好多。于是放心多了。之后起床吃饭，发现虽然煤气是有的，但是煤气炉是电打火，没电便生不起火来。我不想吃凉的饭食，于是就找自己的打火机，结果翻箱倒柜也没有找到，只得到楼下碰运气。风还没有退去，但却没有了雨。楼下有一家好像是日本还是韩国人开的杂货铺子，居然开着门，我常去的那家小卖铺，门却没有开。在杂货铺子买了一个打火机，就回来做了饭吃。
没有心思工作。电脑早就没电了，跑的Matlab程序也没有跑完。手机还有电，也有信号。于是就在手机上看各种消息。看了一会儿，决定去岛上四处转转。看到了几棵断树在路边，河床上有不知从哪里飘来的大块枕木。风很大，吹透了我的衣裳。我决定回家。回家的时候是顺风，我被巨大的力量推着得小跑。而对面走过来的人就没有这么幸运了，他们行动艰难，个个都锁着脖子，攥着领口，得前倾着身子才能前进。回家的时候看到我们楼在从地下室往外抽水，也许这是停电的原因？
我回到家之后看到地上有一张通知条说电力回复可能需要几天的时间，我了个去，这还了得，我这手机马上就要没电，跟外界断绝了。虽然我一共有五块电视，但是手机是个吃电的老虎，两天就能把电吃没了。仔细再一看纸条，说楼下的老年人活动中心有电，大家可以去充电。我二话没说，背着自己的充电器，电脑，手机就下楼去了。我去的时候人还不多，我找了一台可以上网的电脑，查看消息。然后把我的电脑和手机都冲上电了。天黑的时候，我跑出去买了蜡烛。买蜡烛的时候正好碰到梦非和盛夏也在，于是就让她们把蜡烛先拿回家，我继续去老年人活动中心，充电。王禺和罗桑也去了。他们俩好像有一腿，不过与我无干。这天罗斯福到的Tram通了，他们去曼哈顿吃饭了。我由此以为曼哈顿平安无事呢，也受到了公司的邮件，让大家能去上班的去上班。
我大概7点半回家，点着蜡烛做好了饭，正要吃的时候，来电了，好高兴。

周三，在后第一天去工作。到了Tram的时候，发现自己没有带钱包，正在沮丧，却发现今天的Tram免费乘坐，省了我往回跑的时间了。今天Cameron不能来上班，Mike说Cameron住的地方受灾严重，不能出行。跟Mike meet 了一下，说了工作安排。然后却发现所有的工作都无法进行，因为我们的电脑服务器都因为停电的原因都下线了。我这才知道曼哈顿从40接往下都还没有回复，唐人街情况更糟糕。不过这对我来说很好，正好趁着这个时候好好的整理一下工作上的待办事项，和Chao-gan讨论了NKI-TRT paper。下午又和Adriana讨论，同样是做计划。今天Sharad和Ranjit还有Zhen都来了办公室，不过交通很糟糕。zhen用了6个小时才到办公室：坐公车堵车很严重。她不得不中途下车走了2个小时到的。Sharad打车堵在了桥上，最终不得不走路来。Ranjit则是一直走路来的。
这天去了Gym，在跑步机上慢跑30分钟，然后10分钟的椭圆机。

周四周五，曼哈顿仍旧没有恢复正常。周四的时候做了一些在我的本地电脑做的工作。Cameron来上班了。中午和Sharad去了印度自助餐的一个地方吃饭。晚上去买了米。周五给家里打了电话，购买了吸尘器的filter。然后就是写paper的方法部分。

周六去了法拉盛，在法拉盛图书馆办理了图书证，借了王小波的《黑铁时代》。然后买了DHA给表妹寄出去。这可是拖了太久才办的事情啊。终于动手了，心里很高兴。饭是在盛津吃的。晚上回来的时候意识到自己需要预约签证了。先把自己的DS-160给填上了。

以上。

[习惯养成]2012第39周记：Long time no see

很久没有写东西了。可以归因于太忙。也可以归因于自己的效率问题。无论如何，这周开始有重新开始写一下自己一周都做了些什么。慢慢坚持吧。

这一周是一段假期之后的工作重新启动。有很多东西需要跟上。大家都陆续回来了。Sebastian也完成了他的考试从德国回来了。Zarrar来CMI要在这里工作三个月。做EEG 的Cory也会时不时的来CMI。周中的时候一个朋友来访，一起去里法拉盛吃饭。早睡早起进行的比较困难。晚上很难睡着。我看是时候好好锻炼以劳筋骨的时候了。这样就能早睡了吧。

工作

一. 本周总结
这个星期工作的时间不算多，但是周末自觉加班了。完成了一下这些事情：

1. 学习一些git的基本命令，把自己的一些code 备份到了github上面。
2. 和Mike，Cameron and Chao-gan 讨论了一下该如何重新分析数据。初步方案是要去除开头10秒的数据并且加入slice timing。然后用CPAC进行预处理。之后的工作用自己的code来进行。（需要形成一个计划文本。现在发现自己忘得差不多了。）
3. 研究了一下slice timing correction，做了一个笔记在这里。
4. 敦促Dan开了一个CPAC的论坛。以后用作CPAC的技术支持的地方。
5. 开始用新版CPAC处理ABIDE数据。
6. 在Gelert上重新安装了CPAC。目前CPAC处于自己的 home。更新了Rocky和Gelert上的flirt。目前只是我一个人再用我的更新。其他人如果需要用的话，必须修改其bashrc.在适当的时候会发信部署。
7. 与Dan一起跟在马普的Boris 和 Sofie 通过Skype聊了一下CPAC的安装和使用。

二. 下周计划

1. 继续处理ABIDE数据
2. 帮助Zarrar处理fcon_1000数据。 no slice timing.
3. 处理NKI_TRT 数据.
4. EEG system Training.
5. 在周二前在IPN上部署CPAC.

三. 结果预期：
周末时应该完成

1. ABIDE 数据的分析，包括group analysis
2. Fcon 1000的数据处理。这个要让Zarrar来完成。
3. 完成NKI TRT的分析计划，保存笔记。
4. NKI-TRT预处理和之后的down-sampling并且计算derivatives和ICC的code也要完成。
5. EEG training 要写一些心得。
6. Figure out CPAC在cluster的全局部署改如何做。
7. 在IPN上部署CPAC。应该需要用户设置一下其bashrc。

个人事务

一. 人际关系
曾经在UGA 我所在的实验室交流过的德国女孩Friderika 给我写信，要我接待她的一个朋友，郭超慧，19到20日到纽约。20日晚上跟郭超慧会面，聊天吃饭。她曾在北大跟周小林做过实习和毕业设计，应该是07年。所以八卦了一下北大的同学和老师。也有聊到Friederike。她们两个都快毕业了。跟超慧聊谈让我想起了不少在北大时候的事情。之后我给我的导师韩老师发了email，更新了一下我的近况。

二. 娱乐
看了几集Game of throne的第一季
看了电影：《real steel》，《moon rise kingdom》，《光棍儿》和《痞子英雄》。前三个都非常好。
三. 个人提升
开始用永锡介绍的方法，使用Evernote记录晨间日记.

需要做的事情

1. 回国准备：开列回国所需的物品清单和todo
2. 开Gym卡，开始锻炼增重。
3. 保证下班时间。
4. 早睡早起。
5. 寻找合适的礼服。

初稿: 2012.09.23 13:16 pm

2012第25周记：被Josh的总结所启发

似乎周记要详尽一点，才有用处。不但要有总结，还有有计划，还要有展望。这样的记录，不仅仅可以用作以后的参考，还可以用来做下一周的指南

工作

    这一周，主要是在跟Josh做BaseCamp，继续CPAC的文档和重建。我的主要任务其实是给CMP写文档，还有就是给CMP的各个Stages写testing 程序的 文档和Shell。目前，我只是草草的完成了前面一向。这里面有很多我不是特别懂的地方，但是我这个星期里面

1.  学到了用Markdown 语言写Python程序的Docstring，并且通过特定的程序将Docstring转换成RST文档，再通过Sphinx 自动将RST文档转换成网页，这样的话，可已将Docstring转换成网页，这样就有了网页格式的文档了。
2.  写了两个CMP stages的文档
3.  学会了使用git。目前使用的还不是命令行，而是Mac下面的客户端。这样，我所有的开发工作都是在我的Mac上进行的。我的DropBox将满，已经放不了太多东西了。我所有的code基本上都放在了Mac上面的Project 文件夹。这个文件夹会在rocky和Github上有备份。其实也可以考虑google code的。
4. 给Steve和Dan简单讲解了C-PAC的配置并且让他们开始自己运行C-PAC了。
5. QC了一下Rockland Sample数据，Visual Inspection并没有发现特别差的数据。
6. 下载了ABIDE数据， Yale和San Diego的数据，还没有来得及做任何操作。应该给这些数据做备份呀。
7. 检查Pedsns和IPN的kswapd0过载的问题，基本的原因是太多的内存被拿去做了cache，导致内存不足，系统变慢，然后Kswapd0出来整理内存。 kswapd0不是系统变慢的原因，系统变慢和kswapd0过载同是内存不足的症状。值得注意的是，这个问题在Rocky和Gelert上都存在。

    下个星期，应该做的事情有

1. Get ABIDE data ready for Adriana
2. Talk to Ranjit about multi-site and multi-session suport of CPAC
3. Get Dan report
4. Meet with Kate and Mike about Debellis' project
5. Process Twin's data
6. Get data ready for Digit-Span & Development project 
7. Write Doc for more CMP stages
8. 督促Dan写User Manual
9. 督促Steve做更多QC。

    到周末的时候，我应该可以完成这些

1. 完整的ABIDE data Ready for Release/Process
2. CPAC ready for Multi-site
3. Dan gets his report
4. Twin's data processed
5. Data organized for Digit Span & development Project
6. Start next step of Debellis study (MalTreatment Project)
7. Have Dan Started User Manual first Draft.

个人生活方面可以记录的并不多

1. 看了电影 
• 那些年我们追的女孩 you are the apple for my eye
• Snatch
2. 买了个手推车
3. 跑步两次
4. 每天做俯卧撑至少50个，有时做两次。
5. 参加了公司的party，照了些照片。
6. 继续读了 《fifty shades of Grey》
7. 另外注意的是要查H1B的情况，争取能把签证需要材料全部都弄好。

  周末，青青就会从巴西回来了，好开心！

[习惯养成]周总结 2012/02/19～02/25

前面三周没有写。原因是懒筋作怪。


周总结。

自从NKI-TRT数据发布以来，我似乎工作状态都不是太好。自我感觉是睡眠时间不够的问题。需要更早的上床睡觉。

锻炼停了好几个星期，这个周四，终于把自己弄到了健身房，去锻炼。

这个星期一直在做的事情就是Kate的数据处理。周三的时候订计划，周四周五run first level analysis。今天run second level和3rd level。一些phenotiping的东西要准备好。

FSL还是相当好用的。

本周在看的书是《nothing to envy》

接下来一周，仍有很多数据要处理。

觉得男人的情绪也有周期性的起伏，最近一段心情就不是特别好。

[习惯养成]周总结 2012/01/022～01/28

＝＝＝＝＝周总结＝＝＝＝＝＝

不小心就会变成工作狂啊。

龙年的第一周。老实说，我并没有很好的开端。

周日，也就是大年三十，我胰腺炎发作了。整个一天是在床上读过的。禁食禁水。吃了两次止吐药，两次止痛药。在止痛药得作用下频频睡去，在疼痛得作用下又频频醒来。醒着得时候就看在youtube上看袁腾飞和《康熙来了》。这和关公刮骨疗毒用的止痛法一样，分心法。不管怎么说，到了晚上8点钟左右的时候疼痛减缓，喝了几口水，没有吐，证明胃口可以接受一点点食物了。于是扶墙下楼，买了运动饮料和Smoothy饮料上楼。先喝运动饮料，补充水分和电解质。然后是smoothy，给胃一写可以用来消化的东西。因为白天的昏睡，晚上反倒不困，于是在youtube上看了个电影。

工作的事

周一

没有请假，跑去上班了。自觉仍然很虚弱。但是在家里待着自觉也待不住。去了NKI，一天都用来跑数据。顺便备份了一份数据到机器里，带回IPN去处理。后面这部做对了，因为Sharad‘s Pipeline在Cluster上很快就把空间吃光，得重新处理。

Ranjit今天开始工作。

周二，在NYU

上午是各种会和Brownbag。中午吃了西红柿蛋汤和泡菜。然后接着跑数据。晚上的时候Dr. Arno Klein的学生发来email说我们得MPRAGE有artifact。这个artifact我也注意到了，只是心里面奇怪了一下，没有质疑。没有专业素养啊。

周三，去NKI。

本来是要和Steve弄QC的事情：老板说需要弄个Documentation。对Sharad’s Pipeline也要弄。结果上午办公室网络断了，没有干成神马活。对MPRAGE问做了一下spatial filtering，试图消除artifact，未果。这个小意外又额外消耗了时间。我又重新还是在cluster上处理数据。在IPN上太慢了。主要是因为despike的原因。multiband short TR数据就是这样的，数据点多（voxel x volume）。

同Chao－gan和Mike谈了一下paper idea。要对手头的数据做一写intensive的分析。当然，是先要搞出来ICC maps。

还收到了Kara和Jinae的信，又要重新作图，为了HBM上的那篇文章。结果干到晚上2点多。

周四

Brian 给大家讲贝叶斯。我听的云里雾里的。I don't speek Math... ...

终于有一部分数据出来了，给Mike看了，并且做了个ICC map。需要更多的数据呀。DTI， rest 1400。 Stan还没有把数据push给我。心焦。

周五，

不停得骚扰Stan，向他要数据。没有回应。

开始处理DTI数据。现在DTI处理和reg是分了两个.sh script来作。这样的话，就得写另外一个script来讲两个粘合在一起呀。在cluster上，还得写一个小script来提交任务。

6点下班。Happy hour。我不能喝酒，就出来给家里打电话。妹妹告诉我，家里的外债会在今年都还清了。我自己得借贷也应该会在今年还清。我想这是龙年最好的事情吧。

阅读

看了Dr. Biswal 写的关于resting state fMRI的个人历史。总结了一下二十年的他的工作。他是这个领域的开创者。用Chao－gan的话说，没有他，就没有我们现在做的这个领域。就这篇文章来说，可以说是傲骄四溢呀。

给自己的一写忠告。

要做好三件事情：那就是吃睡玩。我之所以大年三十生病，原因正是三个：

一没吃好，总用面条糊弄嘴。

馄饨面好吃又简单，却不该常吃。即便是过年也不要放纵自己的嘴。便宜了嘴，身体受不了。

二没睡好：经常过了半夜才上床。

晚睡，早起，精神就不好。工作多更应该注意休息。睡不好，把锻炼身体的时间都占去了。记忆力，注意力都会减退的。

三没玩好：

我不会玩儿。积累的工作压力无从释放。不知不觉亚健康了都不知道。

要好好的活着。

[习惯养成]周总结 2012/01/015～01/21

这一周，感觉很紧张呀。
周一是节日，我去加班了，同Chao－gan一起。发现周末的时候办公室好像没有暖气，但也不冷。
周二的时候在NYU，Brown bag，post－doc meeting，Journal club。
周三的时候在NKI工作。
周四周五在CMI。 Typical。
周六在家里工作了一天。

这一周目标是NKI TRT数据处理完毕，然后做ICC map。结果没有完成。没有完成的原因是因为数据处理的Pipeline没有最终完成。
我主要做的工作是
1） 把所有的原始数据放到一个地方集中保管存放。使用script生成数据处理的目录结构，然后在合适得文件夹中使用soft link 链接到原始数据。这样就能保证数据与分析分开管理。
2）在IPN server上和gelert cluster上试验Sharad's的pipeline，把Sharad叫到我身边一起工作了两天，基本上script可以使用了。但是gelert却down了！ 我多数数据都在上面。希望周一的时候它能活过来。
3）按照Jennifer的要求做了几个图。她在做paper的revision
4）给Melanie做了 inter－rator reliability的分析。结果她给我得数据有误。周四得时候给了我新的数据，但我到现在都没有时间来进行再次处理。
5）跟UMN 的Steen Moeller 往来通信，试图解决Matlab recon的问题。到现在位置得到三次code得update。希望这次之后就一起OK了。
6）跟 Junqiang, Gordon, Wang 和NKI得 Dr Matt Hotpman取得联系，问了DTI相关的问题。Matt指出我的DTI处理结果看上去有问题。Gordon给了个解决方案，还没有试验。
7）Deface 了一些Anat MRI数据，交给了 Dr. Arno Klein。
周六也工作了一天。好累。明天好好休息。神马也不做！

青青穿了汉服去上课，回来给我发了照片。不错

娱乐，基本上没有做什么。接着读《unbroken》这书好长，这都好几个星期了，我读了一半都不到。
锻炼了一次。
健康：
这周睡得都很晚，有三次3 am才睡，8点就起床了。

朋友：
Lingxi和Nic快要来NYC啦。


然后，今年很有可能我有生以来第一次一个人过春节吧。
春节快乐！

[习惯养成]周总结 2012/01/08～01/14

这一周总的感觉是累。很多事情都没有能安排好。整天疲惫，脸上又起包了。苦逼的一周。
需要时间来重新来校正一下自己。要开始锻炼 并且track自己每天的工作时间！
这周是OHBM的abstract deadline。我没有提交任何东西。Chao-Gan, Brian 和 Lingxi 提交的abstracts 把我列为了co-author


工作：
看了一下自己上周的工作计划，完成度在80％左右。
1 DTI 数据
全部用recon处理了一遍，36个文件中17个失败。
剩下的数据，已经生成了FA maps，下一步是要把他们进行空间对准，然后是ICC map。目前进度是空间对准又问题。
2 Sharad‘s Pipeline
 对比了fcon bash script和Sharad's pipeline, 结果一致。
 顺便升级了自己改编的那个bash scipt到最新版本，可以使用非线性对准。
3 得到了更多的REST_CAP 数据，需要进一步处理，然后生成ICC map，mike
4 拿到了一些REST_645 和REST_1400的数据，下一周要开始处理他们，需要弄一个data repository
5 开始recon eye movement 数据
6 给了Josh 安装软件的code。下一步需要处理DTI数据，使用nipype
7 修改了paper，交给了J，有两个比较难的问题我不知道怎么回答。


其他需要做的：
why DTI recon fail？
why 4022_2's eyemovement_645 data look odd?
这一写总结，把下周要做的事情的大概也整理出来了。不错。
找到UG07的原始数据，plot histogram， 确定是否有express saccade


阅读: 接着读《unbroken》


其他：
回家的路上遇到两个艺人在N车上表演。一个base一个吉他，各有一个音箱。不记得他们时在哪一站上的，估计是在Union Square。反正他们一直在我们的车厢弹，弹了得有7，8站，至少半小时。我本来说自己不要在地铁上随便给人钱了，可是他们弹了一曲超级马力，立即就把我征服了。一路上他们还弹了The Beatles 和Michael Jackson，还有许多好听的歌。一周一来的stress就这样，被两个街头艺人大约半个小时的表演，一扫而空了！


看了机票，计划下周二三买票，2月份飞去NC看mm。


加油！

[习惯养成]周总结 2012/01/01～01/07

从今天起，周总结要写得简短些。


工作
本周的focus是 NKI TRT数据。
Data processed by Sharad's pipeline，modified fcon_1000 bash scripts. ICC maps generated to assess inter-session reliability for ALFF, fALFF, RSFC maps (seeds: PCC MT MPF FEF IPS and...)
DTI data are being reconstructed. will gen FA maps and ICC maps for FA.
 Touble-shooting Sharad's pipeline

学习
DTI preprocessing

阅读
<Unbroken>

Others
Hongying went back to China. Chao-gan, Xiaomeng, Qingqing and I went to Flushing to give him a farewell party.
Qing went back to NC. School starts next week.

[习惯养成]周总结 2011/12/25～12/31

25日圣诞，生病了，在普林斯顿大学的医疗中心住了院。

周一的时候不痛了，要求出院。医生有所不满，认为我们不相信她。但我自己自信自己不需再住院。遂签了出院状，一切后果自负，与医生医院无关。也不知道这样会不会影响医疗保险。 当天开车回家。

周二请假，在家休息。开始正常进食。

周三上班，去NKI。主要做两件事情：一传数据，NKI trt数据。二，在JHU的server上安装软件。好几个软件都需要从source code 开始，build然后安装到自己的home－－因为没有权限。

周四，主要是配合Sharad折腾pipeline处理数据，和recon NKI TRT数据。

周五，主要是ICC maps on NKI TRT数据，讨论BASC结果。给洪英践行。

最近阅读 《unbroken: 》

最近没有锻炼。

[习惯养成]周总结 2011/12/18～12/24

今天晚上是平安夜。

这个周总结不太好写。原因是我每天都没有能写晨间日记，而基本上所有的日记都是刚刚补上的。这样的话也就少了很多细节。

女友来纽约的第二周，我的生活已然节奏稳定了许多。上一周我的周总结根本就没写，因为女友最重要，写字这样的事情可以放在后面。

上周末做了包子，送给同事几个。

这一周我没有锻炼身体。因为没有早起，而下班后有不想太晚回家。

我看了一本小说陀思妥耶夫斯基的《温顺的女性》，在读书中文网下载的版面还原PDF，观者制作。。看小说比看其他类型的书籍快好多呀。书中是两个小说，一篇就是书名，另外一篇《小英雄》。这种第一人称视角的小说读来像内心独白，或者是透过别人的眼睛来观察世界。同时又有自己的观察和判断。比较喜欢这种阅读感觉。

这一周的工作主要还是BASC和pipeline学习。周四的时候去了NKI学习retro recon。周五的时候老板说下个星期要push许多数据，完成recon。

认识了一个新人，来和Mike做master Thesis的学生。会共同工作一段时间。

给青青过了生日，买了首饰做礼物，还有花和好吃的蛋糕。去了粥之家吃饭，感觉很好。

说道吃饭，还去过一家在4 ave 和 10 St上的一风堂吃饭。比较贵，但是味道很好的日式汤面。

周五晚上驱车到New Jersey，到朋友家过圣诞。一起吃了火锅。

Brett 催我的paper了。我要尽快完成。

具体的回忆我基本上都写在了补充的日记里，就不在这里回顾了。

好长时间没有跟家里打电话了。早上跟妹妹聊了一下。

新年快到了，应该考虑做一个年度总结了。也可以大概计划一下，做一下展望。下周回顾一下自己所有的日记吧。

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周一：Compcor code

周二：早上9点到达IPN。

首先是Camille 报告她的工作，resting state fMRI与智商的关系。说实话，我没有特别听进去。
Postdoc meeting。Mike参与了回忆，跟大家做了一下年度的总结和展望。一个是要get postdocs involved in grant writing，一个就是强调大家method重要，但不是全部，为了职业做考虑，还要把自己的研究纳入到一个主题中去。

BASC。Manu帮助我和Hongying进行数据处理，写了T－test 的code。我处理了NYU tRT数据，用不同的correction theme。需要找时间来把所有的数据整理一下然后向老板报告。

周三：和Sharad一起工作，学习Nipype。一起go over了Nipepy的网站，了解了一下Nipype是怎样工作的。

准备需要在Josh的server上部署Nipepy，以及相关的数据处理软件，进行数据分析。
晚上和女友一起逛Union Square的集市，她丢了毛线帽子，然后去forever 21又重新买了一个，不同的颜色。我看好了可以给她买生日礼物的店。不过最终礼物不是在那里买的。
周四：
NKI学习 recon
在jhu.edu的server上部署各种程序。学习从source code安装程序，很有意思。
青青的生日。
周五：
Basc
跟老板开会，为下一周工作定方向和任务。
来祖祖家过圣诞，吃了火锅。

[习惯养成]周总结 2011/12/5～12/10

身体：

本周锻炼3次，周二没去是因为前一天练得很累，早上起晚了。周三没去是因为地铁晚点，生生的把时间给耽误过去了。

周四开始采用一套新的锻炼流程，周四和周五上下身各练了一次，到现在肌肉还有酸痛感，证明效果不错。

周五下午开始鼻子不通气，要感冒。因此肌肉酸痛也许是感冒症状？

读书：

读完了出轨的往常。女友给我发的电子版，不知道是不是全本。作者的写法不是严谨的做学问式的写史，而是有戏说的成分。读着就是图一个乐。我看作者的目的也就是这个。

重新复习了若干时间管理／精力管理／读书方法／自我提升的网文。

社交：

开始在renren和QQ上花点儿时间。我平时用的社交工具都是国外的，国内的朋友都无法登录。以前很排斥国内的网站和聊天工具。现在仍是。但是不能因为排斥工具，连国内的朋友都断了联系呀。重要的是人。

比如知道了宝成在民航学院教书，而且仍然单身。知道了miaomiao在参与最新的那本FMRI 数据分析手册的翻译。

同实验室的同事祖父去世，却不能回国奔丧。悲伤之际给我打来电话诉说。我很欣慰有朋友在遇到事情时想到我。亲人离世令人悲恸。但愿早日走节哀。好消息是他的夫人也怀孕了。先人升天，后人入世。一悲一喜，何等人生！

同Clare聊天，她参加NYC runners club的一个训练课程。每周几天下班后去跑步训练。十次训练$100.

工作：

BASC

是代码搞好了。红英也把数据准备的差不多了，我们下星期可以开始处理了。准备做海马。

Kate的数据

先是用AFNI处理对准做的很差，试验了用REST，结果很好，但是得先把数据传输到IPN。这个工作我还没有做，因为在两个只能靠VPN链接的服务器之间传数据，是非常让人头疼的。

于是又试用了Fcon 的代码。这个运行到一般的时候，服务器硬盘满了。我不知道代码的完成度有多少。80几个被试，并行计算的，也很难知道谁完成了谁没有。我看比较容易的方法是把所有的结果都删除，然后再重新来一次。

Rockland short TR TRT数据

拿到手了第一批数据，都是T1像和用来做基准的REST fMRI （CAP）。Short TR的数据还没有到手。先完成了自动从Dicom到NIFTI的代码，并且运行成功。下一步是修改预处理的代码，可能涉及到重新调整目录结构。把目前的Session／runs的层级目录调成Session?run?/ 形式的单层目录，以求对Fcon 代码的最少改动。 

我还得对我自己修改过的Fcon 代码进行注释工作和版本控制。不然的话，版本一多就乱了。现在的版本，在Gelert的short_TR 和Debellis目录下各一个，在IPN的Ipsetica_nyu_trt目录下还有一个。这是目前能想的起来的。

BrainNetViewer， 

同事Chao－gan 编译了Linux和Mac版本。回头也许编译一个windows版本吧。

我在虚拟机里面装了一个matlab，也可以干这个事情。

FSL

还是没有搞清楚如何用它做t－test。用Gui是行不通的，至少比我想象的还要麻烦。FSL的作者建议我去ongflameo的命令行去做这件事情。我还没有开始弄。应该给Chao－gan发信，跟他说一下。

Compcor

Brian 写了Compcor 的程序，我修改了fcon script，把它应用到了数据处理流程里面。周六的工作就是做了这件事。用改动过的代码处理了24个被试。下周上班的时候要去看这个数据。

最后，发现我的记时工具设置的很有问提，应当每个任务都设定一个project，这样，在看周总结的时候，才会更明了。这个工具，要更好的研究一下。

[习惯养成]周总结 2011/11/27～12/3

• 本周锻炼4次，一会儿还要去，凑成5次。
• 本周认识了Zarrar，他以前同我老板工作过，现在仍然有和坐。目前在Yale。
• 本周工作出了一小点儿插曲，不过顺利解决。需要感谢的人：Brett Lullo，Chao－Gan和老板。
• 本周Maarten回国了。
• 本周帮助Vilma做表，帮助Amy Roy和Jennifer group做surface map。
• 本周阅读：脱轨的王朝
• mm还有一个星期就来找我啦！
• 本周进入了12月。11月一共消费了524刀。比以前要多写，主要是因为感恩节放假的是后出去玩了一下。

＝＝＝＝＝周记 11月27 ～ 12月2日 ＝＝＝＝＝＝

周日，27日，本来是应该改文章的，可是硬是没有工作的心情。下午接近傍晚的时候刀了36街附近的一个名叫Green Fig的咖啡馆坐了一下，要了一杯茶，跟一个目前有些抑郁的朋友通过G-chat 聊天聊到咖啡店关门，希望她能尽快振作起来。

晚上的时候修改了一下数据处理的流程程序。

周一，28日。主要用来为一篇paper的表格来添加数据。比较枯燥。终于在下班前给搞定，发出去了。

今天认识了Zarrar。他来参加Maarten的告别晚餐聚会。他跟我们介绍了他的工作，我们也互相介绍了我们的。他是CWAS的作者。

周二，29日。

Brian的brownbag，讲Medium Angel correction。原理我没太听明白，结果比较有意思。PC1同Global Signal 高度相关，但不是百分百这样：有一个被试的PC2跟Global signal强相关。Medium Angel correction是用来替代global signal correction的。

跟Melanie meeting。问了我许多关于实验设计的问题。后来我跟我的老板Mike谈，他认为以后这些问题直接转给他就行了。我也乐于这么做。

因为Mike从周三起出差，我去跟他聊了一下我的工作重点。（Compcor，connectome mapper和fcon pipeline），可实际我这周没有碰这些东西。靠。

跟Manu meet了一下，了解了要用BASC所需要注意的事情。我给帮助红英学会使用这个script，不过我之前得先改一下。

我用虚拟机clone的win7忽然报不是正版，花了点时间研究了一下问题所在，最后只能盗版激活。可恶。

周三，30日

处理Kate's 数据，发现这个数据的regression matrix会比较复杂，首先，不能把Scrambled face这个条件放进Model，其次，mixed design的regressor我还真不知道怎么做，需要去AFNI的论坛上去问问高手们。

拿到了Swiffer Sweep，在家里试了一下，狠好用。配有湿巾和干巾，擦地变得方便多了。

周四，12月1日

决定带个牙刷放到办公室，可以去Gym的时候用。于是早上去健身房的时候，在CVS买了牙刷子。

处理了一下Melanie的数据，结果还算不错的。帮她做了一下随机分配控制组和实验组。

然后开始出了Kate's 数据。这些数据我开始用的是我在UGA带来的pipeline处理，检查发现数据有问题，很多人的EPI像与Anat像之间有比较大的位移，自动对准算法不能解决这个问题。

 把IPN整得连不上，很可能是因为它连上VPN之后，其他局域网内机器就看不到它了！！干道半夜1点钟了。我还是很高兴我当晚解决问题。给老板写了email汇报，然后回家。Brett Lullo给我很大帮助

一个插曲。我戒烟很久了，上次抽烟都忘记什么时候了。可是做完了IPN这件事后，就非常想抽烟。内心挣扎了一下，决定去买一盒。半夜的时候，开门的店不多，我正在寻找的时候，一个黑人拦住了我，跟我说他从佛罗里达来，刚刚丢了工作，钱很快就花光了。家里还又小孩子，没钱买奶粉尿布。我想了想，无论他说的是真的还是假的（我相信是真的），我应该帮他一下。因为如果是真的，开口向路人乞讨，是需要很大勇气的。而且，如果我不帮他，我多半会把钱浪费到烟上，说不定我买了烟还会后悔：这个东西对我的身体不好，而且纽约的烟价格是其他地方狄槐丁Ｓ谑牵

到家已经2：30，洗洗睡了。

对了，今天还有人在地铁里面表演街舞，在狭小的空间里闪转腾挪的，狠精彩。我还给了它们一块钱。

12月第一天的花费，有三分之一是这样花出去的。

周五 12月2日

周五因为前一天晚睡的缘故，起床的时候已经9点了，知道自己已经没有时间去健身房了，于是在家里洗澡，做饭吃饭，10点钟出门，11点钟到工作的地方，开始工作。

工作的重点还是处理Kate的数据。试验了几个大位移的数据，alignment和Normalization的结果很好。但是用MRIcroN观察数据的时候，发现了一种伪迹，DPARSF没有能将其去除。需要用AFNI对比一下，看看是不是有同样的问题。周一的时候跟Chao-Gan探讨一下这个问题。

周六，12月3日

也就是今天了。

今天打算，锻炼身体

去看一两处房子。

去CMI整理一下下周得工作。

去买菜。

以上。

[习惯养成]周总结 2011/11/20～26

簡單總結：

本週鍛煉兩次。

結識了新朋友 邸新（Biswal的post-doc），滕相斌，胡曉蒙，還有她的世界趙敏和趙敏的丈夫，超贛的師弟鵬飛，胡曉蒙的師妹王璐。

本週花費：$223 (下週的買菜的錢也併入這週了，因為週五放假的時候買菜)。本月累計$492.

本週閱讀：词学概说 接近完成。

========週記===========

週五去見了兩個朋友，一個是一直在網上認識的學術男，另外一個是校友。不過我跟校友是通過學術男同學認識的。三個人吃了飯，聊了一下各種學術八卦，然後又去時代廣場逛了一下。時代廣場那個人多呀。各種霓虹燈閃的我是應接不暇。這樣的地方不適合我目前好安靜的狀態。看得出來這兩位新見面的朋友也同我差不多的狀態。從廣場一頭逛到另外一頭，就上地鐵，各自回家了。

回家路上去了Rite Aid和Trader Joe‘s。我每次在Trader Joe's都要花$50刀以上，這次也不例外。買的都是肉蛋奶菜。然後在Rite Aid把優惠卷花掉了，買了cereal和洗衣液。這些東西比較重，我就沒有走去地鐵站，而是直接搭地公交回家。搭公交就比較少走路，但是花的時間比地鐵要長一倍出來。

====

週四是休閒的一天，美國感恩節，我工作的地方放價，從週四放到週日。同事邀我去吃飯唱歌，我當然樂於前往。於是我和實驗室的訪問學者一起（我們兩個住的很近），搭地鐵去法拉盛，同同事還有他的朋友見面。一共9個人，先去吃了早茶，然後去唱了四個小時的歌，因為同事的妻子是西安人，想念涼皮和肉夾饃，我們又摸到了法拉盛黃金商場下面的小吃城中的“西安名吃”買了。最後以火鍋收場。

大家多數是心理學北京的。同事和我是搞腦成像的。同事的妻子和她帶來的師姐師妹是學社會心理學的。同事還帶了一個師弟，也是做腦科學的。訪問學者是醫生。不過我們不料學習與工作，出來玩，就是吃喝玩樂。

唱歌的地方叫做SKYBLUE。唱歌送同等消費金額的食品酒水。因為是節日，我們“享受”的是節日價，也就是平時價格的兩倍。苦逼上班族就是這樣啊。

一天從早上9點半出門，晚上8點半到家，期間什麼也不想，只是玩。很爽快。

訪問學者說他撿到了一把傘，回頭送給我。很好。

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因為感恩節假期，本週只工作了三天。週一的主要工作是為一篇paper的結果部分做表格。週一完成，但是整個項目花的時間比預期的長。而且週三的時候老闆要求加數據和另外寫一個paragraph，加到paper裡。

然後就是LowTR數據。我週末的時候拿到全部數據，預處理了一下。週二週三都在做統計分析和簡報。要做的東西太多，自己又沒有一套成熟且熟悉的流程，因此上，花的時間都比較多。在週三的時候一度覺得自己做不完了。事實上，到最後也沒有做完我全部想要的分析。老闆根據我已經做出的分析做出了決定。我也得長出一口氣。

但是一定要清楚，這還沒有完，因為新的數據會在週一開始採集，我需要一套數據處理流程，來保證數據能迅速被處理，檢查，生成結果。藉著這個契機，建立自己的一套流程，是非常非常必要的。

[习惯养成]周总结 2011/11/13～19

工作：
Vilma's paper
重新整理了表格，目前只需要把脑区的BA编号填入表格就好了。这个具体还不知道怎么做。预计需要3到5个小时完成这项工作。
Movement analysis： 找到了Saroja做数据分析的信息。她的数据/结果/中间文件分了三个不同的地方存放，而且还没有一个记录。我只能 和时间，来找各种文件。我最终要是找到了。在Brett的帮助下，完成了各种参数的估计，并作了T检验。结果已经发给了Mike和Vilma

Connectome Mapper：
在Chao-gan超赣的帮助下，重新设定参数后，Conectome mapper给出的结果比较令人满意了。我用TrackVis截图，把做出来的几个fiber 检查图发给了Chao-Gan和Mike。Chao-gan认为结果看上去很好，下一步需要解决的是：connectome mapper的结果输出都有哪些，又都有什么意义，为什么有些地方的fiber没有出来。

Sharad 的pipeline
已经在我的电脑上部署好了。我需要开始使用它来进行数据分析。这个pipeline还没有完全完成，Sharad需要组织一下数据输出格式。

Low-TR数据
上周没有新数据，这周有了。需要完善数据处理流程。因为Cluster上没有Matlab，很多数据处理还不能在上面做。这点儿需要注意。下周三之前要做出一个总体分析。

PEF paper
跟Cindy 讨论了一下如何报告结果。作了两张surface map发给她。大家都听感兴趣。 看样子Mike说的没错，Surface map比较抓人眼球。哈哈。

身体健康
本周去了三次健身房。周二没去是因为起晚了。周四没去是因为整理自己的医疗健康档案。今天也要去一次。一周四次是比较合理的。
周四去见了医生。体检，开药，开化验单。周五早上，空腹取血取尿化验。

体重121.5 lbs

金钱：
本周花费$89.34,都是食品。这差不多是单周消费最高纪录了。不过买的东西还没有吃完。下周的花费应当会低。
SSSS还了我$11.  CCCC欠我的钱，还没有还。我要提醒他一下。

阅读：

读了半本的<词学概说>，作者吴丈蜀。读这本书是因为女友喜欢填词。而我对词一窍不通。这本书关于词的各种知识还是不错。至少我知道了一个词牌，会有很多名字。比如我周末填的那首《木兰花令》其实是《玉楼春》，《玉兰花令》是另外一个专门的词牌。只是宋人之后，把《木兰花令》也当作《玉楼春》的别名。所以木兰花令即是一个词牌的正名，又是一个词牌的别名。类似的例子数不胜数。词牌正名的工作，不是到是不是有人在做。我倒是不关心了。

写作：
说到上周做的词，我本是瞎填，然后青青帮我校验了一番，不合律和出韵的地方都很多。我们各自改了一下，收录如下：
谁能猜出哪个是我改的？呵呵
《玉楼春 一》
愿对青灯挥紫电，劲气呼号壶酒伴。无缘披挂踏征程，也发豪情明月见。
纵马疾飞驰似箭，英气蓬蓬愁尽断。谁言窈窕女儿身，怯上沙场拼死战？

《玉楼春 二》
愿对青灯横紫电，虎帐劲风矛戟伴。无缘擂鼓奋旌麾，难挡豪情鸿志满。
纵马急鞭天渐远，英气肆意柔情散。谁言窈窕女儿身，不胜戎装为君战？


交际：
我在G-chat上说我打算搬家，然后MMMM和Di Xin两位朋友就分别给我消息。Manu介绍了他所在的社区，觉得是比较便宜方便的地方。DiXin给我介绍了一个在NYU读书的正在找室友的博士生（teng）。后者想要在Downtown租房子，我看了下，房租太高，我承受不了。不过为了看他的帖子我注册了renren。
III现在在中国做教师，想要在合同到期之后接着做科研。我给她回信了，但是没有收到回信呢还。

给Lauren发了我写给导师的话。还欠她一张照片。我没有好相机呀。

把Cindy的Poster转发给了Stan。

加入了一个习惯养成监督QQ群，成了第一个接受监督的人。结识了Lowfish 和 神圣骑士。 在他们的监督下，我开始了这篇 周总结！

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下周只有三天工作，然后就是感恩节假期！
需要：注册FSA
争取有时间跟老板meet一下！
努力工作
尽情玩耍（在玩耍上我花的时间比较少哈）

[自说自话]态度/情绪/行为 三角

　　理性+情绪，或者说是态度+情感是人类做出各种古怪行为的基础。
　　
　　态度/情绪/行为 这是个三角，他们的关系特别有趣。为了保持三者的平衡，有人说“态度决定一切”，有人强调“积极心态的力量”，有人强调“get things done（GTD）”。他们都有一定的道理，因为态度/情绪/行为这三者之间，是互相作用，互相影响的。有的正确的态度，会保证个体做正确的事情，从而心境平和愉悦。而积极的心态也必然导致向上的态度和行为的动力。通过正确的方法完成重要的事情，无疑会带来良好的心情和态度。反之亦然。从这个三角上任何一个点上加上积极的力量，都会引发良好的连锁反应。

这个三角理论，也能解释很多日常生活中常见或者奇异的行为。

人类的生存本能决定了人要保持最自我的良好感觉。想要生存的来源是认为自己值得生存，而感觉良好的生存才值得。因此，这个三角的一点，经常是一个已知的常量：要让“自我”感到舒服甚至愉悦，也就是保持良好的情绪。能否达到这一点，就决定另外亮点。要达到感觉良好这一目的，其实挺简单的，就是要保持态度对行为的一致。
　　
　　如果二者起冲突了，情绪就变坏了（焦虑 愤怒....）
　　
　　通常情况下，要想避免情绪变坏，保持态度与行为的一致，人们只要做自己认为正确的事情就好了。 这就是“态度决定一切”的出处。
　　
　　态度决定一切，好像了解了一个人的态度就能预测一个人的行为了。如果你这样想，就错了。因为，有些时候，你做出的行为与态度会相悖——人人都会犯错，不是么？
　　
　　那么，当一个人做出与个人态度相悖的行为时，会发生什么呢？没错，人的态度会发生变化。这种态度的改变是无意识且不受控制的，做出这种改变的人甚至根本就不知道自己的态度其实是受了行为的影响。那些笃信“态度决定一切”，认为自己能控制自己态度的人，也不能避免这个过程。这在心理学中有个理论来解释这个现象，叫做认知失调理论。
　　
　　如果态度和行为相矛盾，而这两者又都不改变，会发生什么问题呢？
　　
　　没错，情绪会变得不正常。

本文来自于对 这篇文章的回复。本文没有做任何例证，是作者偷懒了。如果你有兴趣，欢迎回复，给出支持或者反对这个三角理论的例子。

一月第四周总结

这一周，我过的总体来说，不很好。

周一的开始还好，我去健身房健身了，然后是参加OIE举办的关于毕业之后OPT的一个workshop，获得了一些相关的知识。唯一不清楚的，就是不知道我的专业是不是属于STEM之一，是不是有获得STEM加长OPT的资格。这个得等我更新I20之后才能知道。之后参加了Brett的Journal Club，然后是Job Talk。我得说，上Brett的课给我一些紧迫感，这种紧迫感使得我觉得有些Overwhelmed，然后就突然有什么也不想干的心理了。之后的Job talk也没有听进去多少，其他工作也没有干多好。倒是花了不少时间在实验室新到的电脑上。不过也没有折腾出来啥，装Ubuntu server版老装不上，症状是安装程序认不出硬盘和光驱，各种尝试均告失败。最可恶的是，我的电话在听Job talk时候调成了静音。青锻炼完之后给我打的所有电脑我都没有听到。她在外面等了好久，最后生气的来系里找我了。花了不少时间来安抚她。安抚好她了，可我自己心里还是不很舒服。

周二的时候我尝试调整，这一天做的还可以。我早上跑了步，5 miles，去了邮局退东西。到系里的时候大概已经10点钟了。我又花了点儿时间，解决了Ubuntu的安装问题，原来在PC上安装时需要选ACPI=off这个选项(here is how to turn it off)。之后，把我做的ROI分析的数据重新做了一下图，发给了导师。在图中发现了有一个outlier。后来逐个检查才发向，这个被试的功能像扫描的时候不是Axial slice，而是采取了与AC-PC平行的slice。还没有想好这个该怎么解决。基本上想的是将结构像先deoblique一下，然后后续的分析就当他是正常数据来做。 这天一切完事儿后，我和青青一起去了Habachi 烧烤去吃了日式自助。这个自助不该吃。 吃自助的时时候碰到了喵喵的室友。

周三，这一天我没有锻炼。这天有几个meeting，一个是一起学Presentation，另外一个是lab meeting。Presentation学习会还好，我给大家大概讲一下我给他们的code，然后让他们提问。最后给了大伙一个建议，让他们自己开始一个小project，开始写代码，我负责给看。我想，如果会读会写一些简单的代码，剩下的就是要在自己遇到问题之后自己去读documentation就好了。lab meeting 提醒我有许多要做的事情我没有做。情绪有开始不好。这天的好事是收到来自NBS的Dr. Woods的信说他们正在看关于H-1B工作签证的事情，如果这个很好解决的话，就会给我买机票让我去面试。我和青青一起研究了一下，写了一封回信给他，说明H-1B应该不是什么问题。但愿他也能得到同样的结论。这一天的时间主要花在了H-1B上。

周四，事情开始变坏。我做了一个梦，梦到自己肚子疼，然后肚子就真的疼了起来。我给Nicole和Jennifer 发信说得取消转天（周五）的数据演示，然后就开始忍痛。这次疼的不厉害，阅读能是我的注意力转移，疼痛就不那么剧烈了。我问了一下喵喵最近数据处理遇到的问题，并且读了大家往来的邮件，尤其是Ben的邮件，觉得他的alignment 程序里面，同样缺少把功能像与结构像对齐的步骤。我和喵喵，Cindy跟Kara谈了一下这个问题，并且咨询了Ben更多的事情，确认了我的想法。 我把DTI computer上的软件配置好了，装上了TCSH 和AFNI，为数据处理做准备。Brett把下周Journal club要讨论的文献发给了大家，我选了其中的一篇看了。选的是Nikolaus Kriegeskorte, Martin A Lindquist, Thomas E Nichols, Russell A Poldrack 和 Edward Vul合写的 Everything you never wanted to know about circular analysis, but were afraid to ask (PDF)。这篇文章是对08年由Vul的一篇paper引发的fMRI数据分析的大讨论(Search here)的一个总结。在那场从互联网开始蔓延到学术期刊的讨论中，本文的作者中有正方(Kriegeskorte and Vul)和反方(Poldrack)代表，也有支出双方均有正确与错误的中间派(Linguist and Nichols)。这三方五个人在这篇文章里总结了一下这场讨论，并且指出了现在的fMRI数据分析的现状如何，如何正确分析数据，避免错误。文章很好，值得用fMRI作为研究工具的人尤其是初学者读一下。 这一切都是在肚子疼的时候干的。下午的时候，肚子不疼了，我还跑去Ramsey去和青青，喵喵还有韩卓会合打壁球了。回去的时候跟青说了我肚子疼的事。

周五这天，我决定不去学校了。在家里远程连接学校的电脑，处理了一点工作的事情。洗了一下洗手间的垫子和座套。William来我家，给我送了一口平底锅，并且把它在网上下载的 Matlab for Neuroscientists 的那本书的附加资料刻成了CD给了我。我发现我家的CD-Rom坏了。其他时间就盯着电脑寻找适合我身材的西服。感觉很不好。

周六过得堕落，除了出去买菜加跑了步之外，什么也没有做。青青的情绪也低落了起来，整天就是睡觉看电视。

周日也是这样过的。

这一周，我跑步两次，健身房一次。共跑步18.2英里。

吃饭也没有跟上。由于记录不全，至少有500卡的赤字。 不敢多吃了有点儿。

【写完没检查，欢迎挑错】

一月第三周总结

这周的周一是MLK日。这天天气不太好，我也起的晚。一开始我的心情并不是很好，因为我没能早期，并且在醒来之后赖床一个小时。这样就错过了早上计划好的锻炼。但是经过自己的努力，我在晚上的时候，找时间去了健身房，完成了自己的锻炼计划。这一天我还去帮Doree溜了狗并且去系里工作了3个小时。这3个小时的工作我非常的投入。虽然3个小时并没有使我完成所有的任务，但是专心工作所带了的投入感，让人心安。

一切从周二开始变得更加美好。 青在上午5点45的时候起床，也叫起了我。我去跑步，她去Ramsey Center 去做Cyclying 。 之后，我完成了我所计划的所有事情：和David 一起做ICA 分析，查看对平滑降噪过的数据和未经平滑降噪的数据做ICA 会有怎样的不同的结果。这个事情持续了一周，大概每天都会跟David见面做一下这个事情。周五的时候有了初步的结果，然后汇报给导师。跟导师一起看这些结果，让我对这些结果有了更深的了解。另外，Lingxi总是能问一些问题，让我们也跟着学新东西。

周二是我和Freya的Pizza night，我们到Your Pie 买了两个Pizza ， 一人一个。我要了辣椒酱底和双份鸡肉。觉得量变小了。以后我们可能不再去吃了。

周三是会议日啊。有Presentation学习会，有fMRI学习会和实验室例会。这个星期的实验室例会因为两个倒是都有事情，所以取消了。我们实验室的第一次例会，得等到下个星期了。不过，另外两个会都挺有成效的。Presentation 学习会，我们商量了一下大概怎么利用三到四周的时间完成Presentation 的介绍，并且让每个人都能掌握一些基本的阅读代码的能力，从而能够自学。我花了点儿时间给大伙准备了点儿作业。下一周，我会讲一下我是如何编写这些代码的。

fMRI学习会，主要是教会Nic和David使用新的 ANFI preprocessing Pipeline 和相关代码处理 fMRI 数据。Nic 观摩了Cindy如何使用 Pipeline，并且打印了代码去阅读。

周四，没有会议，是完成自己工作的时间。我完成了BPD数据的绘图，并且跟Jennifer讨论了一下。她建议我把从ROI导出的最大与最小值也绘图出来，然后再把所有的ROI 按照左右脑分开，再看看结果。这部分工作我还没有做，我看看今天是不是能做一部分。然后剩下的在下一周的前一两天完成。这一天，我还给OIE， Health Center和Career center大了电话，预约了OPT workshop，取药和与职业咨询师面谈。 这一天过的很充实，但是到晚上的时候很困。

周五，有时好几个会议。先是stats meeting，制定了几个星期的计划。我下星期要报告一下我的BPD数据，征求一下统计系教授们的意见，看看还能怎样分析这个数据。Jenae 跟我说，上次她给我的数据把坐标搞错了，因此得再重新画一次图。她会给我正确的数据。我答应要周日给她结果的。今天已经是周日了，记得要完成这项工作。

然后就是上面说的，跟导师还有Cindy, David, Nic and Lingxi一起看ICA数据。 Kara的孩子 Corner 病了，因此没有与我们碰面。

这一天我有点儿Mentally fatigue，或者说心理疲劳。表现就是不想工作，不能集中精神。于是我下午干脆就放纵自己看GR一个小时。不过这样一来，本来这周应该完成的工作，就得放到下周了。青说这是因为我没有喝咖啡的原因。如果真的是这样的话，那也算是有解的，哈。

周六，是长跑日，我花了两个小时零九分钟，跑了15.6英里。比计划的慢了一点点。希望下周的时候能快一些。跑完步之后，我做了一个小时的瑜伽。这个课程叫做 阴瑜伽，非常的放松，也对我的肌肉有一些拉伸。然后就是吃和休息。青买了28磅的无花果，作为我的Power Food。无花果单位质量的热量高，100克里面有300大卡。5个无花果就有100克，一把而已。无花果还有好多纤维素。总之，是一种天然的高能量的健康跑步食物。

这一周，我跑步三次，去健身房三次。总共跑步30英里，用时总共4个小时。在健身房把全身的肌肉都锻炼到了，除了腹肌。下一周我要记住在每次健身房锻炼之后，加上腹肌。

这一周，我除了周一和周日之外，起床时间都在6点钟之前。晚上睡觉也基本达到了9点30左右上床。一切都按照计划，越来越好。

上周跟Dr. Woods 通信两次。还没得到进一步发的消息。

下一周，我要开始写论文。准备周五Stats meeting的PPT。准备Presentation meeting。BPD 数据处理完成。开始修改UG07 的文章。

以上。

一月第二周 总结

一月的第二周，其实是新学期的第一周。
作为新学期的第一周，可谓天公不作美，开头不顺。
从周末晚上开始，一场大雪飘下，把整个佐治亚州都洒满了银装。
佐治亚这个美国南方的州，可是对下雪没什么准备的。别说是厚达将近六七英寸的雪了，就是一英寸的雪下来，各个学校也要听课。果然的，下雪加上雪后的继续低温，让积雪到现在也没有融尽。这也给学校的新学期的投三天带来了停课，之后的周四周五也是早上10点才上班。这对学生们来说是个好消息——谁不愿意多放假呢？

但是，雪没有挡住我跑步。
这个星期我跑步四次，两次 easy run， 一次Speed work， 还有一次long run. 加载一起，本周我一共跑了27.5英里。
因为下雪的原因，健身房没有开，我取消了力量练习的计划，代之以跑步或者休息。周五的时候我参加了一次BodyPump，作为唤醒身体肌肉的联系。从下一周开始，我就要开始跑步与肌肉训练交替进行了。

这个星期，我完成了既定的一些数据处理，并且发给了导师看。
我和David meeting 了一次，指导他进行数据处理。
我给Dr. Woods 发了信，并且计划下一周再发一次。希望能尽快的得到Onsite-interview。
本周我读了一篇paper （太少了），收集了三篇和BPD相关的paper。
本周，学会了根据已有的Brain atlas 信息制作ROI mask。

这一周在我家和好友聚会了两次，一次是我发起的，一次是青青发起的。我发起的那次是周一，从想到这个idea，到招集朋友们来家，也就两个小时。上学吃火锅，过得真快活。青发起的这次是周五时计划好，周六的。周六大家锻炼后，好好的犒劳一下自己。两次都很成功，也很高兴。

本周去了一次Korger和Trader Joe's买吃的。

我还跟玉新继续保持通信，另外有给一个大学同学冷奇和大学时认识的朋友杜哥写了信。


End notes：
本周计划做但没有做的事情是：学习Python.

下周最重要的事情是，BPD 数据处理和相关文献的阅读，整理和收集。

一月第一周 总结

这一周，我认真的跑步了。

所谓认真的跑步就是每次跑步要跑30分钟以上，距离在4miles以上。我的计划是每周一，三，五去健身房，去进行肌肉训练。周一主练胸肌和肱二头肌，周三练习下肢和肩膀，周五练习背部和肱三头肌。如此反复12周左右。但是因为这一周学校健身房没有开，我都以跑步锻炼代替了。我原本的计划还包括周二，四，六的跑步，一次一三五的跑步就是很慢的跑步。这样一来，这周我从2号到8号一共跑步6次，一共跑了36.5 miles，感觉非常好。

这一周，我发出了一份简历，得到了一个电话面试。

本来我的计划是每天发一份简历的。结果，事情并没有这么简单，我上个周末的时候写好了简历和新，然后发给了Jessi和Cindy让她们帮忙给我修改。她们周日发给我，我修改了之后有给她们看了一次。然后Freya帮我看了一次，她还请Marianne 帮我看了两段。几来几往，知道周二下午我才改好。我并没有但是就发出，而是心满意足的去睡觉了。

转天是周三，我发出了这份简历。当天晚上我就收到回信，对方说要电话面试。第二天一天都在准备，然手在下午的时候进行了面试。面试进行的很顺利。给我面试的该公司主管说他要同公司其他人碰一下头再联系我。我仍在等回信儿。

准备面试和等回信儿都让我比较兴奋，没有进行下面的简历修改和投递工作。因为，面试我的这个公司，是所有我准备申请的地方中，我最想去的。

在这里，我要感谢以上提到的所有帮我修改简历的朋友。还要感谢给我提供了面试建议的朋友：胡睿，Ben Austin，祖祖，我的导师Jennifer McDowell。 特别感谢Rachel Han帮我进行虚拟面试，这对我的帮助是大大的。当然，特别感谢Freya，所有的这一切，都离不开她的全力支持和指导。没有她的建议，我可能会草草的发出一份烂简历了。

希望我能得到这份工作。

这一周，我做了一些学期计划。

先是我的导师回来了，我跟她碰了两次头，讨论了一下这个学期我要做的事情。刚刚，我给她写了一下这个学期的简单计划，发给了她。我们还讨论商定了为实验室买一台DTI数据处理专用电脑和fMRI数据分析与备份服务器的方案。这两件事情终于尘埃落定。

我还同系里分管研究生事物的秘书Elizabeth碰了头，完成了一些Paper work。同时她在为我准备我的Program of Study，这些好了之后，我需要找我的committee members 一一签字，转换学习目标的手续就完了。这些事情学要在21日之前完成。

另外，同这学期我要TA的老师联系了一下，得知了这门原本需要两个助教的课程，这个学期很可能只有我一个人帮助他。我们一起更改了课程计划，把原本的要求学生写三篇论文改成了考三次试加一次短论文。这是一门有着110人的课，如果都是论文的话，判作业的工作量就太大了。现在这些也得到了解决。

其他事情

• 同Dean短暂会面，帮他解决Biosemi EEG系统的一个小问题。
• 尝试同我的高中同学们恢复联系，这个星期联系了吴玉新。我不着急，one at a time。
• 使用OhLife的服务已经有一个星期，非常喜欢它。每天晚上在Gmail里写日记，感觉很好。
• 越来越有意识的早睡早起，并且在自己累的时候及时小憩。
• 受OhLife的启发，我在豆瓣上发了两个帖子：【当你醒来，请回答】我今天的目标是 ...... 和 【睡觉之前，请写下】“我很感激••• •••今天我完成了••• •••”。 目的是早上起来话几分钟规划自己的一天，晚上回来之后总结一下。我相信，只要你做这两件事，就会给你带来幸福感。如果你愿意，也来参加吧。
  

周总结6月7日-6月13日

这博客，慢慢地写得越来越少。从专门发书分享资源到现在的成了周记，收心阁的意义也从收集心理学学习资源转变成了从关注外部世界到关注自身的收拢心性。不过过去的两周，我连周记也差点点没有连续的写下去。这都是源于我的懒惰和迷茫。迷茫于我的目标在哪里。拷问自己，却仍没有答案。

先不给自己太多压力吧，适当的压力是保障身体健康，生活幸福的必要条件，可一旦过量就可能把自己拉回生病的痛苦。

眼看着14-20这一周都要过去了，我才开始写7日到13日的总结。迟是迟了，但至少继续做了。这怎么看也不算是坏事。我想也不会有人关注我写的这些玩意儿，全当梳理自己了。

幸亏我平时养成了记录时间开销和晨间日记的习惯，因此这个周总结写起来也不是很难。只要打开笔记本和晨间日记软件，把一周的事情遍历一次，就可以开始写了。

总结与反思，这才是记录的目的。

饮食/锻炼/健康：

我的饮食原则是，低脂，高蛋白，多吃蔬菜，水果适量。由于我的目标是缓慢增重，每日的卡路里摄入比消耗的要多250左右。

本周饮食：

本周卡路里摄入量是：2550+2220+2700+2370+2225+2225+2490=16780 cal, 平均每日 2400卡左右

本周锻炼：

本周跑步三次：分别跑了12+14+20=46圈，共21公里，13 miles；共消耗卡路里304+360+527=1191 （*）；
力量训练两次：用时 80+60=140分钟，消耗卡路里322+427=749；
本周消耗的卡路里估计值为2000×7+（1191 +749）=15940，平均每日2277左右。（注：运动消耗卡路里值通过Calorie count的activity log得来。本来About.com 的Calorie count根据我每日的活动量提供了卡路里总消耗量的估计，可是这个估计值没有历史存档。以后要注意把这个数值记录在笔记本上，就能用他了计算卡路里消耗了。）

睡眠情况：我在跑步的日子通常是5：30分起床，不跑步的日子通常是7：00起床。就寝时间一般是11：00中左右。那样算起来，我的睡眠时间多则8小时，少则6个半小时。

本周体重：只测量了一次，比上周增加2.2磅。

从以上记录来看，我其实可以在这7日到13日这一周多吃些。锻炼坚持的不错 :) 睡眠不算多。应当早一个小时上床或者午睡一下，每天再多出点睡眠就更好了。

工作学习

比起在照顾身体上取得这上述成就，我其他方面乏善可陈，一周的时间基本虚度，多花在了上网闲逛上面，改做的工作没有做，该读的文章没有读。丧失斗志和动力的一周。

周一的时候花时间看了UG07 project的数据处理，大概搞清楚了数据处理流程。与实验室的同学碰了个头，大概知道了大家都在做些啥。把系里的一台电脑的Ubuntu从7.04升级到了10.04，使用的是Alternative CD本地升级的办法。

周三 学到了当Ubuntu本版太老官方不支持在线更新于升级后如何不重装系统而升级的方法：用Alternative CD先升级到可以升级到的最高版本然后从那个版本再进行自动更新。我的升级过程是：7.04->7.10->8.04->10.04，笨办法，但是相对安全且保留之前的所有设置。

周日 下载安装了office 2010，同时发现其与Endnote X3不兼容。暂时的解决办法是 【之一：禁用Endnote加载项】【之二：保留老版本的Office】。永久的解决办法是升级Endnote到X4，【破解版在此，猛击进入】

其他

得到一张漂亮的壁纸做电脑桌面，我非常喜欢，就是本文开头那张。

得知系里cognitive program的chair Dr. Rich Marsh的死讯，非常突然。悲伤。

以后这个总结还是在周日的时候写吧。