2011-12-11

[习惯养成]周总结 2011/12/5~12/10


身体:
本周锻炼3次,周二没去是因为前一天练得很累,早上起晚了。周三没去是因晚点,生生的把时间给误过去了。
周四开始采用一套新的锻炼流程,周四和周五上下身各了一次,到在肌肉有酸痛感,明效果不
周五下午开始鼻子不通气,要感冒。因此肌肉酸痛也是感冒症状?

读书
完了出的往常。女友子版,不知道是不是全本。作者的写法不是严谨的做学式的写史,而是有戏说的成分。读着就是一个。我看作者的目的也就是个。
重新复习了若干时间管理/精力管理/读书方法/自我提升的网文。

社交:
开始在renren和QQ上花点儿时间。我平时用的社交工具都是国外的,国内的朋友都无法登录。以前很排斥国内的网站和聊天工具。现在仍是。但是不能因为排斥工具,连国内的朋友都断了联系呀。重要的是人。
比如知道了宝成在民航学院教书,而且仍然单身。知道了miaomiao在参与最新的那本FMRI 数据分析手册的翻译。
同实验室的同事祖父去世,却不能回国奔丧。悲伤之际给我打来电话诉说。我很欣慰有朋友在遇到事情时想到我。亲人离世令人悲恸。但愿早日走节哀。好消息是他的夫人也怀孕了。先人升天,后人入世。一悲一喜,何等人生!
同Clare聊天,她参加NYC runners club的一个训练课程。每周几天下班后去跑步训练。十次训练$100.

工作:
BASC
是代码搞好了。红英也把数据准备的差不多了,我们下星期可以开始处理了。准备做海马。

Kate的数据
先是用AFNI处理对准做的很差,试验了用REST,结果很好,但是得先把数据传输到IPN。这个工作我还没有做,因为在两个只能靠VPN链接的服务器之间传数据,是非常让人头疼的。
于是又试用了Fcon 的代码。这个运行到一般的时候,服务器硬盘满了。我不知道代码的完成度有多少。80几个被试,并行计算的,也很难知道谁完成了谁没有。我看比较容易的方法是把所有的结果都删除,然后再重新来一次。

Rockland short TR TRT数据
拿到手了第一批数据,都是T1像和用来做基准的REST fMRI (CAP)。Short TR的数据还没有到手。先完成了自动从Dicom到NIFTI的代码,并且运行成功。下一步是修改预处理的代码,可能涉及到重新调整目录结构。把目前的Session/runs的层级目录调成Session?run?/ 形式的单层目录,以求对Fcon 代码的最少改动。 
我还得对我自己修改过的Fcon 代码进行注释工作和版本控制。不然的话,版本一多就乱了。现在的版本,在Gelert的short_TR 和Debellis目录下各一个,在IPN的Ipsetica_nyu_trt目录下还有一个。这是目前能想的起来的。

BrainNetViewer, 
同事Chao-gan 编译了Linux和Mac版本。回头也许编译一个windows版本吧。
我在虚拟机里面装了一个matlab,也可以干这个事情。

FSL
还是没有搞清楚如何用它做t-test。用Gui是行不通的,至少比我想象的还要麻烦。FSL的作者建议我去ongflameo的命令行去做这件事情。我还没有开始弄。应该给Chao-gan发信,跟他说一下。

Compcor
Brian 写了Compcor 的程序,我修改了fcon script,把它用到了数据理流程里面。周六的工作就是做了件事。用改动过的代码处理了24个被。下周上班的候要去看个数据。

最后,发现我的记时工具置的很有提,当每个任务都设定一个project,这样,在看周总结候,才会更明了。个工具,要更好的研究一下。

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