2014-01-21

Freesurfer 2013 course: Videos and PPTs

Intro
The developers of (FreeSurfer)[www.freesurfer.net] have put videos of their 2013 training course online to YouTube. The PowerPoint slides they used in the course are also freely distributed on their website. This gives the new Freesurfer users like me a great way to learn about this neuroimaging data processing and analysis tool. I am truly thankful for the generous of the FreeSerfer team for making the course lectures available online. It is really nice that I can take the courses in my own time and on my own pace. And it does not really cost me anything. All I need is, well, to fight with my procrastination.
One thing I found not very good is that the videos on the FreeSurfer YouTube channel is not organized well enough. I had to constantly refer back to the course schedule to figure out which video should I watch after one ends. So I pulled all the links for the videos and corresponding slides together and arranged them according to the course schedule. The organized links are shared below.
Please note that only the talk session were put online. Most of the tutorials and demonstrations module of the course were not available in the form of videos. There are, however, the web links to the tutorial materials (which I also have the links) are available. It is very important to go through the tutorials if you really want to master the Freesurfer software. Hope the organized links are useful to you. Cheers~~
Course Videos and Links
Day 1
1.1 Tutorial: Unix Tutorial for FreeSurfer Users
1.2 Talk: Introduction To FreeSurfer Jargon
1.3 Talk: Introduction To FreeSurfer
1.4 Talk: Analyzing the Individual Subject
1.5 Talk: A Non-physicist’s Intro to MR
1.6 Demo: Freeview/Tksurfer Demostration
N/A
1.7 Tutorial: Interaction with Individual Subject Data Tutorial
1.8 Talk: FreeSurfer Troubleshooting
1.9 Demo: Quality Checking a Recon
1.10 Tutorial: Troubleshooting Tutorial
1.11 Talk: Question and Answer Session (Answers to online questions here)
  • Video: N/A
  • Questions Online: access
Day 2:
2.1 Talk: Surface-based Analysis: Intersubject Smoothing & Registration
2.2 Talk: Group Analysis
2.3 Tutorial: Group Analysis Tutorial:
2.4 Talk: Multiple Comparisons
2.5 Demo: QDEC demonstration
  • N/A
2.6 Tutorial: Multiple Comparisons Tutorial
2.7 Tutorial: QDEC Tutorial
2.8 Talk: ROI Analysis
2.9 Tutorial: ROI Analysis Tutorial
2.10 Talk: Longitudinal FreeSurfer
2.11 Tutorial: Longitudinal Tutorial
Day 3
3.1 Talk: Multi-Modal Integration, Part 1
3.2 Tutorial: Multi-Modal Integration Tutorial, Part 1
3.3 Talk: Introduction to Diffusion MRI
3.4 Tutorial: Diffusion Processing Tutorial
3.5 Talk: TRActs Constrained by UnderLying Anatomy (TRACULA)
3.6 Tutorial: Tracula Tutorial
3.7 Talk: Multi-Modal Integration, Part 2
3.8 Tutorial: Multi-Modal Integration Tutorial, Part 2
3.9 Talk: MRI Acquisition Methods For Morphometry
3.10 Talk: Motion-compensated neuroanatomical imaging
3.11 Talk: Registration Methods
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2013-03-30

Slowly Growing

Slowly Growing: 我这半年之健身篇

我是在2012年9月下旬加入健身房的。算起来到今天（2013年3月30日）已经有半年了。到今天，我的健身习惯才真正建立起来，也真实的感受到了一些效果和好处。我想是时候来回顾一下自己这半年以来在健身上采取的行动，反省一下自己哪里做得好，哪里要改进，以便能继续的在这条路上正确的走下去。

我的健身计划

我执行的健身计划，是在网上找到的一个叫做 From Zero to Hero In One Year 的计划。 选择这个计划，是因为它符合我的预期，也看起来比较可行。我不太相信那些“30天 如何如何”， “四个星期 如何如何”的锻炼计划。我并不质疑这些速成的计划的作用。锻炼这种事情，只要你认真的做，动起来，没有不起作用的。但是速成计划没有可持续性。30天之后呢？该怎么办？换另外一个？然后一个月后再换一个？这样在我看来是无头绪的乱撞啊。而且换计划这种事情，还要谨慎考虑，如果计划之前衔接不好的话，很可能造成一些肌肉被反复训练而另外一些没被考虑进去。 总之，一个月太短，一年正好。 除了时间长度，这个计划对于进食，饮水，休息和营养补充剂都有很好的介绍。而且它提供了可供下载的使用的锻炼记录，这绝对是个加分！

计划选好了，开始锻炼了。

两个阶段

我把我这半年的锻炼，从时间上划分为了两个阶段。一个阶段是2012年9月23日到2012年末。另一个阶段是从13年一月开始，到现在。 之所以这样划分，是因为第一个阶段我完成的非常不好，并且从11月底到12月底回国探亲，整整一个月都没有执行这个锻炼计划。这样，这段时间只能算是试探性阶段。从国内回来后，我开始告诉自己要好好的锻炼，每月交的费用不能简单的打了水漂。于是，从那个时候开始，我锻炼的频率开始增加。

这个过程并不简单，我得应付自己工作之后劳累的身体，低落的情绪和自己的懒惰。再一次结结实实的认识到我的懒惰之心有多严重，也知道了自己有多大的力量来与各种借口来斗争。这个斗争将继续下去，直到锻炼身体成为我的习惯，成为不需要努力维持也能正常运转的习惯。这不是30天就能达到的.

第一阶段 试探

这一阶段的执行情况挺差的，具体可以从每月去健身的次数看出来。

  • 九月份： 4 (23日加入)
  • 十月份： 13
  • 11月份： 4
  • 12月份： 0 (回国了)

九、十月份的数字还挺不错的。到了11月份锻炼次数就直线下降到4了。虽然有准备回国的原因，但是还是很令人失望的。

不过，这一阶段也不是完全无用，至少让我熟悉了各种练习动作和适合自己的重量。从效果上来看，就没有什么可说的了。

第二阶段 投入

  • 一月份： 14
  • 二月份： 8
  • 三月份： 16

这批数字看上去比上面的好看多了。这段时间我一直都对自己说要投入的去锻炼的结果。投入去锻炼除了要让自己走进健身房，更要求了进健身房什么都不要想，一项一项的完成各种项目，一直到锻炼完。

关于投入这件事，我要分享一个小事。为了锻炼，我买了一个专门用于放我的锻炼的行头的小包。我最满意的是这个包的小巧，它可以放进我平时背的背包内。有了它，我的锻炼的行头再也不是胡乱塞进我的背包了。虽然以前那样并无不妥，但是我心里见到包里面的整齐，还是很开心的。这种小细节上的开心，在我看来，对于养成习惯是有很大的帮助的正反馈。而且，每逢锻炼的日子的早上，把这个包放进自己的背包里，锻炼完后把所有的东西都收拾好，已成为了我锻炼的一个仪式性的动作。透过这样的仪式性动作，我反复向自己传达一个信息：那就是我对锻炼是认真的。

值得一提的是，这三个月份里都其实有一些客观原因造成我一个星期没有去锻炼。因此其实锻炼的次数应该还要增加才对。二月份没有能去锻炼的日子更多。那段时间就是所谓的挣扎期，情绪低落，工作任务繁重。不管怎么说，是都是借口。应该是，只要能起床，就该出现在健身房。只要没受伤，就该去锻炼。

成果展示

除了少数的几次忘记带锻炼记录的情况，我都坚持记录自己的锻炼项目，时间和当天体重。到今天为止，我累计共有53次的记录。我把这些记录做成了一个youtube短片，来展示我的体重变化。

有投入就有产出。身体对锻炼（和饮食）最初的回应就是，这几个月来，我从体重124.75 lb，长到了135 lb。最近一次的测量其实是137，但我总觉的是因为那时我喝多了水了。

当然，影片中展示的只是数字，反应不出身体的直观变化。如果大家想知道10磅肉有多少，不妨去市场称10磅看看。我并没有锻炼前后身体的对比图。我不太喜欢自拍，也不太可能会拍这样的照片。肉长在谁身上，谁自己知道。哈哈。

经验与教训

需要坚持的项目

  • 把锻炼当作每日的第一要事。 认真完成！
  • 记录锻炼记录。
  • 跟青青交流体重变化。她的鼓励是我的一大动力源泉。
  • 好好吃饭。
  • 补充蛋白质。
  • 睡前计划第二天的训练和行程。

需要改正的问题

  • 我的睡眠是大问题
    不是说睡眠质量差，而是做不到早睡。我应该早睡，早起，睡足8个小时，让身体有更加充足的时间来恢复。

下一阶段的计划与目标

计划

从下周开始，我就要执行一次也不要落下中的4-6月的部分了。这一部分的锻炼计划虽然仍然是每周4次，但是同之前的计划相比更加细化，每一次的练习项目均不相同。这就要求我**一次也不要落下。。

我要用一周到两周的时间熟悉各种新动作和各个动作的负载，然后剩下的时间里，努力锻炼，在保证姿势正确的情况下，增加重量。我要好好休息，把自己的睡眠调整好。我还要注意补充营养，多吃蛋白质，限制脂肪的摄取。要有足够的碳水化合物提供能量。

目标

争取到了三个月后能涨到争取到了三个月后能涨到150lb**！

番外

P.S.: Markdownpad2 crashed when the first time I wrote this post and everything was gone. I have to re-write everything again! Two lessons learned:

  1. Save frequently when writing even your program have a autosave function!!
  2. Update your software when you can! The bug which causes the crash has been fixed 9 days ago!!

Notes

初稿：2013/03/30 14:00

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2013-03-19

Candy Chang: Before I die I want to

This is a nice talk:


Candy Chang: Before I die I want to... #TED : 


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2012-11-10

觉醒 之五




【原文】
You do not become good by trying to be good, but by finding the goodness that is already within you, and allowing that goodness to emerge. But it can only emerge if something fundamental changes in your state of consciousness.

In Zen they say: "Don't seek the truth. Just cease to cherish opinions." What does that mean? Let go of identification with your mind. Who you are beyond the mind then emerges by itself.

【译文】
努力变好不是你成为优秀的原因，你要做的就是发现已经存在于自身的好，并且让这好的种子发芽开花。但是，发芽开花并不容易，你的意识状态要有根本的变化才行。
禅语有云：“不用求真，唯须息见”。这是什么意思呢？就是说要放弃你思维中的自我认同,超越思维的真我才会显现。

【心得】
用力过度的想在这个世界上得到确认，这是人们都在做的事情。人们靠着各种外界的认同来确认自认的存在。但是真我的存在其实是与外界事物无关的，与认同无关的。抛弃需要获得认同的想法，才是认识自己的重要的一步。
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2012-11-04

[习惯养成]2012第43周记：飓风Sandy

10月底11月初的这一周，正是飓风 Sandy 降临的日子。网上有人把Sandy音译成三弟，这个三弟可真是，给纽约带来了不小的麻烦。

关于Sandy的警报，早在这周之前就出了。纽约市被标记成了ABCD四种区域，A区是要疏散的。而我住的罗斯福岛属于B区域，如果事态过于恶劣，也可能会是实行疏散的地区。但是最终我们也没有疏散。

28日的时候风就已经起来了，但是我还是跑到了Elmhurst，主要目的是买一个保温水壶。有了这水壶，冬天出行的话，就有热水可以喝了。买了水壶之后还在老北方喝了粥才回家。回家路上听说地铁晚上7点就会停运，于是觉得事态可能会严重，于是就跑去Whole Foods去采购。结果那里人太多，于是自己就没有了买东西的兴致，而且估计家里的吃的至少可以坚持三天，于是我就回去了。
现在想来，这次这样掉以轻心还来自于去年飓风Irene来是的经验：那次也是警告了半天，结果睡了一觉就风平浪静了。 有了这样的“宝贵经验”，我也就放心的空着手从商店回家了。不过回家前特意跑了一次办公室，把电脑取了回家，想着万一风后不能去办公室的话，还可以在家里工作。

周一，没有出门，公司的邮件也说了不要去上班，不但周一不去，周二也不去。在家里听着风声，处理了一些邮件，然后就开始让电脑跑Matlab程序。窗外的风很大，与树叶的互动就像是王小波描写过的那样，大意“风跟树抢夺叶子”，而那叶子则像“旋风卷起的纸钱灰”，好像要把人撞开似的。晚上的时候停了电。我出门看了看，我们这幢大楼好像只有我们这边停了电，另外半边则好好的。
停电了，我也没有手电筒。拉窗帘的时候看到east river的水暴涨啊，都快要上岸了。我看了一会儿觉得再看下去自己会承受不了，于是乎放下窗帘睡觉去了。

周二，在停电中醒来。拉起窗帘望了望East river，水位下去好多。于是放心多了。之后起床吃饭，发现虽然煤气是有的，但是煤气炉是电打火，没电便生不起火来。我不想吃凉的饭食，于是就找自己的打火机，结果翻箱倒柜也没有找到，只得到楼下碰运气。风还没有退去，但却没有了雨。楼下有一家好像是日本还是韩国人开的杂货铺子，居然开着门，我常去的那家小卖铺，门却没有开。在杂货铺子买了一个打火机，就回来做了饭吃。
没有心思工作。电脑早就没电了，跑的Matlab程序也没有跑完。手机还有电，也有信号。于是就在手机上看各种消息。看了一会儿，决定去岛上四处转转。看到了几棵断树在路边，河床上有不知从哪里飘来的大块枕木。风很大，吹透了我的衣裳。我决定回家。回家的时候是顺风，我被巨大的力量推着得小跑。而对面走过来的人就没有这么幸运了，他们行动艰难，个个都锁着脖子，攥着领口，得前倾着身子才能前进。回家的时候看到我们楼在从地下室往外抽水，也许这是停电的原因？
我回到家之后看到地上有一张通知条说电力回复可能需要几天的时间，我了个去，这还了得，我这手机马上就要没电，跟外界断绝了。虽然我一共有五块电视，但是手机是个吃电的老虎，两天就能把电吃没了。仔细再一看纸条，说楼下的老年人活动中心有电，大家可以去充电。我二话没说，背着自己的充电器，电脑，手机就下楼去了。我去的时候人还不多，我找了一台可以上网的电脑，查看消息。然后把我的电脑和手机都冲上电了。天黑的时候，我跑出去买了蜡烛。买蜡烛的时候正好碰到梦非和盛夏也在，于是就让她们把蜡烛先拿回家，我继续去老年人活动中心，充电。王禺和罗桑也去了。他们俩好像有一腿，不过与我无干。这天罗斯福到的Tram通了，他们去曼哈顿吃饭了。我由此以为曼哈顿平安无事呢，也受到了公司的邮件，让大家能去上班的去上班。
我大概7点半回家，点着蜡烛做好了饭，正要吃的时候，来电了，好高兴。

周三，在后第一天去工作。到了Tram的时候，发现自己没有带钱包，正在沮丧，却发现今天的Tram免费乘坐，省了我往回跑的时间了。今天Cameron不能来上班，Mike说Cameron住的地方受灾严重，不能出行。跟Mike meet 了一下，说了工作安排。然后却发现所有的工作都无法进行，因为我们的电脑服务器都因为停电的原因都下线了。我这才知道曼哈顿从40接往下都还没有回复，唐人街情况更糟糕。不过这对我来说很好，正好趁着这个时候好好的整理一下工作上的待办事项，和Chao-gan讨论了NKI-TRT paper。下午又和Adriana讨论，同样是做计划。今天Sharad和Ranjit还有Zhen都来了办公室，不过交通很糟糕。zhen用了6个小时才到办公室：坐公车堵车很严重。她不得不中途下车走了2个小时到的。Sharad打车堵在了桥上，最终不得不走路来。Ranjit则是一直走路来的。
这天去了Gym，在跑步机上慢跑30分钟，然后10分钟的椭圆机。

周四周五，曼哈顿仍旧没有恢复正常。周四的时候做了一些在我的本地电脑做的工作。Cameron来上班了。中午和Sharad去了印度自助餐的一个地方吃饭。晚上去买了米。周五给家里打了电话，购买了吸尘器的filter。然后就是写paper的方法部分。

周六去了法拉盛，在法拉盛图书馆办理了图书证，借了王小波的《黑铁时代》。然后买了DHA给表妹寄出去。这可是拖了太久才办的事情啊。终于动手了，心里很高兴。饭是在盛津吃的。晚上回来的时候意识到自己需要预约签证了。先把自己的DS-160给填上了。

以上。
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