[习惯养成]周总结 2012/01/022～01/28

＝＝＝＝＝周总结＝＝＝＝＝＝

不小心就会变成工作狂啊。

龙年的第一周。老实说，我并没有很好的开端。

周日，也就是大年三十，我胰腺炎发作了。整个一天是在床上读过的。禁食禁水。吃了两次止吐药，两次止痛药。在止痛药得作用下频频睡去，在疼痛得作用下又频频醒来。醒着得时候就看在youtube上看袁腾飞和《康熙来了》。这和关公刮骨疗毒用的止痛法一样，分心法。不管怎么说，到了晚上8点钟左右的时候疼痛减缓，喝了几口水，没有吐，证明胃口可以接受一点点食物了。于是扶墙下楼，买了运动饮料和Smoothy饮料上楼。先喝运动饮料，补充水分和电解质。然后是smoothy，给胃一写可以用来消化的东西。因为白天的昏睡，晚上反倒不困，于是在youtube上看了个电影。

工作的事

周一

没有请假，跑去上班了。自觉仍然很虚弱。但是在家里待着自觉也待不住。去了NKI，一天都用来跑数据。顺便备份了一份数据到机器里，带回IPN去处理。后面这部做对了，因为Sharad‘s Pipeline在Cluster上很快就把空间吃光，得重新处理。

Ranjit今天开始工作。

周二，在NYU

上午是各种会和Brownbag。中午吃了西红柿蛋汤和泡菜。然后接着跑数据。晚上的时候Dr. Arno Klein的学生发来email说我们得MPRAGE有artifact。这个artifact我也注意到了，只是心里面奇怪了一下，没有质疑。没有专业素养啊。

周三，去NKI。

本来是要和Steve弄QC的事情：老板说需要弄个Documentation。对Sharad’s Pipeline也要弄。结果上午办公室网络断了，没有干成神马活。对MPRAGE问做了一下spatial filtering，试图消除artifact，未果。这个小意外又额外消耗了时间。我又重新还是在cluster上处理数据。在IPN上太慢了。主要是因为despike的原因。multiband short TR数据就是这样的，数据点多（voxel x volume）。

同Chao－gan和Mike谈了一下paper idea。要对手头的数据做一写intensive的分析。当然，是先要搞出来ICC maps。

还收到了Kara和Jinae的信，又要重新作图，为了HBM上的那篇文章。结果干到晚上2点多。

周四

Brian 给大家讲贝叶斯。我听的云里雾里的。I don't speek Math... ...

终于有一部分数据出来了，给Mike看了，并且做了个ICC map。需要更多的数据呀。DTI， rest 1400。 Stan还没有把数据push给我。心焦。

周五，

不停得骚扰Stan，向他要数据。没有回应。

开始处理DTI数据。现在DTI处理和reg是分了两个.sh script来作。这样的话，就得写另外一个script来讲两个粘合在一起呀。在cluster上，还得写一个小script来提交任务。

6点下班。Happy hour。我不能喝酒，就出来给家里打电话。妹妹告诉我，家里的外债会在今年都还清了。我自己得借贷也应该会在今年还清。我想这是龙年最好的事情吧。

阅读

看了Dr. Biswal 写的关于resting state fMRI的个人历史。总结了一下二十年的他的工作。他是这个领域的开创者。用Chao－gan的话说，没有他，就没有我们现在做的这个领域。就这篇文章来说，可以说是傲骄四溢呀。

给自己的一写忠告。

要做好三件事情：那就是吃睡玩。我之所以大年三十生病，原因正是三个：

一没吃好，总用面条糊弄嘴。

馄饨面好吃又简单，却不该常吃。即便是过年也不要放纵自己的嘴。便宜了嘴，身体受不了。

二没睡好：经常过了半夜才上床。

晚睡，早起，精神就不好。工作多更应该注意休息。睡不好，把锻炼身体的时间都占去了。记忆力，注意力都会减退的。

三没玩好：

我不会玩儿。积累的工作压力无从释放。不知不觉亚健康了都不知道。

要好好的活着。

[习惯养成]周总结 2012/01/015～01/21

这一周，感觉很紧张呀。
周一是节日，我去加班了，同Chao－gan一起。发现周末的时候办公室好像没有暖气，但也不冷。
周二的时候在NYU，Brown bag，post－doc meeting，Journal club。
周三的时候在NKI工作。
周四周五在CMI。 Typical。
周六在家里工作了一天。

这一周目标是NKI TRT数据处理完毕，然后做ICC map。结果没有完成。没有完成的原因是因为数据处理的Pipeline没有最终完成。
我主要做的工作是
1） 把所有的原始数据放到一个地方集中保管存放。使用script生成数据处理的目录结构，然后在合适得文件夹中使用soft link 链接到原始数据。这样就能保证数据与分析分开管理。
2）在IPN server上和gelert cluster上试验Sharad's的pipeline，把Sharad叫到我身边一起工作了两天，基本上script可以使用了。但是gelert却down了！ 我多数数据都在上面。希望周一的时候它能活过来。
3）按照Jennifer的要求做了几个图。她在做paper的revision
4）给Melanie做了 inter－rator reliability的分析。结果她给我得数据有误。周四得时候给了我新的数据，但我到现在都没有时间来进行再次处理。
5）跟UMN 的Steen Moeller 往来通信，试图解决Matlab recon的问题。到现在位置得到三次code得update。希望这次之后就一起OK了。
6）跟 Junqiang, Gordon, Wang 和NKI得 Dr Matt Hotpman取得联系，问了DTI相关的问题。Matt指出我的DTI处理结果看上去有问题。Gordon给了个解决方案，还没有试验。
7）Deface 了一些Anat MRI数据，交给了 Dr. Arno Klein。
周六也工作了一天。好累。明天好好休息。神马也不做！

青青穿了汉服去上课，回来给我发了照片。不错

娱乐，基本上没有做什么。接着读《unbroken》这书好长，这都好几个星期了，我读了一半都不到。
锻炼了一次。
健康：
这周睡得都很晚，有三次3 am才睡，8点就起床了。

朋友：
Lingxi和Nic快要来NYC啦。


然后，今年很有可能我有生以来第一次一个人过春节吧。
春节快乐！

[习惯养成]周总结 2012/01/08～01/14

这一周总的感觉是累。很多事情都没有能安排好。整天疲惫，脸上又起包了。苦逼的一周。
需要时间来重新来校正一下自己。要开始锻炼 并且track自己每天的工作时间！
这周是OHBM的abstract deadline。我没有提交任何东西。Chao-Gan, Brian 和 Lingxi 提交的abstracts 把我列为了co-author


工作：
看了一下自己上周的工作计划，完成度在80％左右。
1 DTI 数据
全部用recon处理了一遍，36个文件中17个失败。
剩下的数据，已经生成了FA maps，下一步是要把他们进行空间对准，然后是ICC map。目前进度是空间对准又问题。
2 Sharad‘s Pipeline
 对比了fcon bash script和Sharad's pipeline, 结果一致。
 顺便升级了自己改编的那个bash scipt到最新版本，可以使用非线性对准。
3 得到了更多的REST_CAP 数据，需要进一步处理，然后生成ICC map，mike
4 拿到了一些REST_645 和REST_1400的数据，下一周要开始处理他们，需要弄一个data repository
5 开始recon eye movement 数据
6 给了Josh 安装软件的code。下一步需要处理DTI数据，使用nipype
7 修改了paper，交给了J，有两个比较难的问题我不知道怎么回答。


其他需要做的：
why DTI recon fail？
why 4022_2's eyemovement_645 data look odd?
这一写总结，把下周要做的事情的大概也整理出来了。不错。
找到UG07的原始数据，plot histogram， 确定是否有express saccade


阅读: 接着读《unbroken》


其他：
回家的路上遇到两个艺人在N车上表演。一个base一个吉他，各有一个音箱。不记得他们时在哪一站上的，估计是在Union Square。反正他们一直在我们的车厢弹，弹了得有7，8站，至少半小时。我本来说自己不要在地铁上随便给人钱了，可是他们弹了一曲超级马力，立即就把我征服了。一路上他们还弹了The Beatles 和Michael Jackson，还有许多好听的歌。一周一来的stress就这样，被两个街头艺人大约半个小时的表演，一扫而空了！


看了机票，计划下周二三买票，2月份飞去NC看mm。


加油！

[习惯养成]周总结 2012/01/01～01/07

从今天起，周总结要写得简短些。


工作
本周的focus是 NKI TRT数据。
Data processed by Sharad's pipeline，modified fcon_1000 bash scripts. ICC maps generated to assess inter-session reliability for ALFF, fALFF, RSFC maps (seeds: PCC MT MPF FEF IPS and...)
DTI data are being reconstructed. will gen FA maps and ICC maps for FA.
 Touble-shooting Sharad's pipeline

学习
DTI preprocessing

阅读
<Unbroken>

Others
Hongying went back to China. Chao-gan, Xiaomeng, Qingqing and I went to Flushing to give him a farewell party.
Qing went back to NC. School starts next week.